Longread это: 37 лонгридов с отличным дизайном

Содержание

16 лонгридов, которые хочется пересматривать и перечитывать — Моноклер

Рубрики : Культура, Последние статьи, Шоу-рум

Become a Patron!

Когда мне говорят, что Интернет — это мусорная куча, где полно недостоверных и наспех сделанных материалов, я не спорю, я думаю о том, что есть лонгриды (Longread) и сноуфолы (Snow fall), глубине и эстетике которых может позавидовать любое печатное издание.

Что такое лонгриды и сноуфолы? Если с первыми всё понятно (дословно переводится «длинное чтение» — вполне себе логичное развитие Интернет-сторителлинга, которое, по сути, является простой адаптацией крупных статей к онлайн-среде), то сноуфолы, или, по-русски, «снегопады» требуют небольшого пояснения. Несколько лет назад в журнале The New York Times вышел большой материал «Снегопад»(Snow Fall), который рассказывал о сходе лавины в Каскадных горах США и нескольких горнолыжниках, погребённых под снегом. Перед читателем был не просто великолепный текст, а целое интерактивное представление, в котором завывала вьюга, менялись картинки 3D-моделей гор, появлялись карты, фотографии, видеозаписи, которые помогали читателю полностью погрузиться в атмосферу грустной снежной были. С этого момента название проекта стало нарицательным для обозначения подобных мультимедийных историй и «снегопады» прочно вошли в интернет-журналистику.

Собственно, к чему всё это?

Моноклер устал от новостного фастфуда, который сам не хочет читать и вам не советует, поэтому решил составить для вас список красивых и качественных мультимедийных лонгридов и сноуфолов для приятного и полезного чтения.
 

«ДЕНЬ, КОГДА НАЧАЛАСЬ ВОЙНА»

Потрясающий проект издания «Коммерсантъ», который посвящён 22 июня — дню, когда началась Великая Отечественная война. Как жили тогда люди? Чем они занимались? О чём думали? Как отреагировали на внезапное нападение? Через фотографии, газетные вырезки и воспоминания современников, шаг за шагом, час за часом, авторы воссоздают картину того дня, столь обычного и столь рокового.

 

«ПОКОЛЕНИЕ»

Новый проект «Ленты.ру» и LiveJournal, цель которого — разобраться, какое поколение выросло за время правления Владимира Путина и что собой представляет самая активная часть россиян.

В декабре исполнится 15 лет, как Владимир Путин стал главой государства. За это время выросло целое поколение россиян. Кто они? Какими стали? Оказывается, мы о них почти ничего не знаем — об этом поколении нет ни одного фундаментального исследования. У него в России нет даже устоявшегося названия — внутриполитические особенности не позволяют снять кальку с американских «поколения Y» и «миллениумов», а термин «поколение П» за авторством политолога Дмитрия Абзалова только-только начинает входить в обиход.

 

«INTO THE ARCTIC»

Пожалуй, самый лаконичный и самый пронзительный визуальный спецпроект, который создан для одной-единственной цели — привлечь внимание мира к проблемам Арктики, которую скоро погубят нефтяные компании.

Это Арктика. Наслаждайтесь её красотами, пока есть такая возможность, потому что скоро она может исчезнуть.

 

«ЧЕРНОБЫЛЬ. ЗЕМЛЯ ОТЧУЖДЕНИЯ»

Если вы когда-то хотели побывать в шкуре сталкера, то проект «Чернобыль. Зона отчуждения» — настоящая находка для вас. В этом визуальном спецпроекте собраны все подробности трагедии 1986 года, описана хроника развития событий и представлены мрачные фотографии сегодняшней Припяти. Брр.
 

«50 STATES, 50 SPOTS: NATURAL WONDERS»

Спецроект CNN — настоящий подарок для тех, кто интересуется заповедными местами Америки. Собрать всё многообразие достопримечательностей штатов в одной статье, пусть и мультимедийной, — дорогого стоит, поэтому и вечера не жалко для изучения такого лонгрида.
 

«ВСЕМ МИРОМ, ГОД СПУСТЯ»

Это проект Первого канала, который посвящён самому масштабному наводнению за 115 лет, случившемуся на Дальнем Востоке в 2013 году. Подробная хроника событий и истории спасения людей, потерявших всё, делают нас частью трагедии, с которой удалось справиться всем миром.
 

«OUT IN THE GREAT ALONE»

Невероятно красивый спецпроект, посвящённый самым крупным на Аляске гонкам на собачьих упряжках Iditarod Trail Sled Dog Race, во время которых участникам нужно преодолеть 1868 километров. История гонок, фотографии весёлых и выносливых ездовых собак, карта самого большого гоночного маршрута и куча историй из жизни — всё это собрано в мультимедийном лонгриде «Out in the Great Alone».
 

«БАМ: 40 ЛЕТ»

Проект “Бам: 40 лет” посвящён истории строительства одной из крупнейших в мире железных дорог — Байкало-Амурской магистрали (БАМ). Всё в лучших традициях советских мотивационных статей.
 

«ЗАБЫТАЯ РОССИЯ»

Ещё один потрясающий репортаж, который вышел в NYT, материал «Забытая Россия» (The Russia Left Behind) Эллен Барри. Снегопад посвящён небольшому путешествию из Петербурга в Москву, которое однажды проделала автор, видимо, в надежде разгадать ту самую загадочную русскую душу. Даже если вы не владеете английским, просто посмотрите — оно того стоит.

 

«СТРАНА ВЕЛИЧЕСТВЕННОГО ПОКОЯ: ЗАПИСКИ ИЗ ИОРДАНИИ»

Проект украинского издания “Новое время” позволяет заглянуть в один из самых интересных уголков земли, иорданский город Акаба. Must-read для всех, кто хочет прикоснуться к истории священного города и узнать о нём больше.
 

«ВИКИНГИ, ЛЮДИ САГИ: ЖИЗНЬ И НРАВЫ»

Это в некотором смысле необычный проект. Он создан не СМИ, а издательством «Новое литературное обозрение», которое адаптировало фрагменты одноимённой книги профессора истфака МГУ Аделаиды Сванидзе. В итоге мы имеем не слишком нагруженный мультимедиа, но тем не менее очень содержательный лонгрид, посвящённый выяснению обстоятельств жизни викингов.
 

«КРАТКАЯ ИСТОРИЯ НЕБОСКРЁБОВ»

The New York Times не остановилась на своём первом “Снегопаде” и создала ряд других мультимедийных проектов. «Краткая история небоскрёбов» (A Short Нistory of the Hightrise) — один из самых удачных. Созданный совместно с канадским режиссёром Катериной Чижек, этот сноуфол приковывает к себе внимание с первого же взгляда. Всё настолько качественно сделано, что даже если вам особо не хочется изучать 2500-летнюю историю колоссальных сооружений, вы задерживаетесь на этом сайте, чтобы посмотреть, как всё это работает.

 

«РЕАЛЬНЫЙ ГОТЭМ-СИТИ, ИЛИ ПОЧЕМУ Я ЛЮБЛЮ НЬЮ-ЙОРК»

Лонгрид “Модного СПб”, который интересен не столько своей интерактивностью (которой, в общем-то, нет), сколько хорошим текстом и незамутнённым взглядом на вожделенный город.
 

«THE WORLD’S BALL»

Очередной лонгрид от The New York Times. На сей раз — о легендарных футбольных мячах. Ну, не всё же о катастрофах и трагедиях.
 

«ЛУЧШИЕ ФОТО 2014 ГОДА»

Материал Mashable не будет грузить вас данными или большим количеством текста. Вы просто заходите и смотрите в отличном качестве лучшие фото ушедшего года, по версии издания. Да, мультимедийные лонгриды могут быть и такими.

 

«КОНЕЦ СОВЕТОВ: 20 ЛЕТ»

Проект, запущенный Lenta.ru, посвящён России 1993-го года. Задача, которую ставило для себя издание, — постараться воссоздать всю мозаику событий того времени и взглянуть на прошлое свежим взглядом. Получилось у них это или нет, смотрите сами.


P.S.

С момента публикации статьи появилось много новых сноуфолов, мимо которых пройти просто невозможно. Мы очень рекомендуем вам посмотреть лонгрид The Guardian, в котором опубликовали первую главу из книги Харпер Ли «Go Set a Watchman» («Пойди поставь сторожа»), являющейся продолжением знаменитого романа писательницы «Убить пересмешника». Кроме того, заслуживают внимания спецпроект «Медузы» «Вежливые люди», посвящённый годовщине присоединения Крыма к России (которое проходило при участии тех самых «вежливых людей»), сноуфол «Сталин. Проводы» (как хоронили вождя и почему он до сих пор не «похоронен»), созданный командой «Московских новостей», лонгрид «Наука своими руками», созданный редакцией Look at me на основе прямой речи Александра Семёнова, морского биолога, пытающегося в одиночку организовать кругосветную экспедицию для изучения биоразнообразия мирового океана, и материал Wired «The most wanted man in the world», посвящённый небезызвестному Эдварду Сноудену.

Читайте только качественные тексты. Хороших вам выходных!

Если вы нашли ошибку, пожалуйста, выделите фрагмент текста и нажмите Ctrl+Enter.

Похожие статьи

Лонгрид (longread) — новый формат подачи информации

Статья описывает мультимедийный лонгрид, как новый формат передачи информации читателю. Указаны его преимущества перед другими форматами, отличительные черты и возможная структура.

Лонгрид (longread). В век технологических открытий в интернет-журналистике стали появляться не только новые жанры, но и новые форматы подачи информации. Наряду с формами, рассчитанными на быстрое восприятие небольших объемов информации (карточки, анонсы, заметки), появились и большие форматы, предназначенные для долгого чтения. Это отдельный пласт текстов, который отличается качеством и особой формой подачи информации — мультимедийный лонгрид (от англ. longread – длинное чтение).

Мультимедийный лонгрид ставит на первый план не столько сам текст, сколько его визуальную составляющую, которая воедино сливается с его содержанием. Она играет не меньшую роль, чем текстовая. Мультимедийный лонгрид – это идеальная эволюция журнальной статьи в интернете. Это объемный текст, погружающий читателя в определенную историю, исследующий глубинные закономерности общественных процессов, включая бытие отдельной личности.

Лонгрид включает в себя разные жанры (статья, репортаж, фото, инфографика и т.д.), поэтому назвать его новым конвергентным жанром нельзя. Мультимедийный лонгрид можно определять только как формат.

Структура лонгрида. В каждом лонгриде текст разбивается на части: через 1-1,5 тыс. знаков вставляются фото-, видеоиллюстрации или другие инфомолекулы (карты, инфографика, анимированные иллюстрации, подкасты, элементы геймификации). Структура материала зачастую линейная с элементами свободного перемещения: представлены элементы навигации — заголовки разделов, оглавление.

Содержательные признаки определяют смысловую составляющую всего текста. Главным содержательным признаком мультимедийного лонгрида является его тематика. Лонгриды всегда посвящены какой-либо тенденции или истории, например, проникновение социальных сетей в реальную жизнь, война в Сирии или судьба английского регби. Роль автора в мультимедийных лонгридах невелика. Информация подается в полном объеме со всех возможных сторон ее рассмотрения. Используется не менее 5 источников информации: это и статистика, и комментарии участников и очевидцев истории, и мнения экспертов.

Лонгрид сегодня. На сегодняшний день мультимедийный лонгрид – вершина качественной журналистики в Интернет-СМИ. Форма и содержание в этом формате едины, подчинены тому, чтобы рассказать определенную историю. Целью текста может быть рассказ о проблеме, привлечение к ней внимания аудитории. Однако мультимедийный лонгрид может использоваться не только в целях журналистики, но и для продвижения бренда или управление его репутацией. Мультимедийные лонгриды являются еще и удачным форматом для воплощения нативной рекламы.

Также это весьма удачный формат организации материала, позволяющий полноценно раскрыть заданную проблему. Набор жанров и инфомолекул, которые могут быть использованы в тексте, делают лонгрид привлекательным для аудитории. Современные люди больше не хотят пассивно взирать на телеэкран, а лонгрид — это именно тот формат, который позволяет максимально вовлечь читателя в текст.

Примеры интересных мультимедийных лонгридов: http://www.kommersant.ru/projects/chernobyl
http://vsemmirom.1tv.ru/http://tass.ru/bam-40
http://nv.ua/project/jordan.htmlhttp://modny.spb.ru/articles/i-love-ny
http://age.lenta.ru/1993/features/prolog/

Понравился материал? Расскажите о нем друзьям. Спасибо!

Лонгрид: понятие и построение — NIT for You

Лонгрид (от англ. “long read” – длинное чтение) – это принципиально новый способ подачи объемного текста в Интернете. Также этот формат называют deep read («глубокое чтение»), и второе определение куда ближе по смыслу.

Качественный лонгрид – отнюдь не километровая простыня текста, а продуманная статья, раскрывающая тему максимально полно. Выделим основные принципы.

Принцип мультисенсорного опыта

Лонгрид должен восприниматься как целостная история. При этом он  интересен только в том случае, если он будет прямо-таки «фонтанировать» интересными фактами, яркими цитатами, малоизвестными деталями.

Среди пользователей Интернета закрепился минимальный объем публикации – 1500 знаков, хотя их количество не ограничено и определяется глубиной разработки темы.

Сторителлинг позволяет не только узнать о чем-то, но и испытать это на себе: видео, аудио, типографика и анимация создают атмосферу и позволяют получить цельное впечатление от истории.

Принцип скимминга (избирательное чтение)

При избирательном чтении мы обращаем внимание прежде всего на картинки и подписи, и visual storytelling создан как раз для такого образа чтения. Правильная расстановки визуальных акцентов позволяет усваивать информацию быстро и комфортно.

Лонгрид оформляется как отдельный сайт, со своей уникальной версткой, дизайном, что опять-таки отличает его от обычной статьи. Как известно, длинный текст в сети не приветствуется, ведь зачастую в Интернет люди приходят получить информацию быстро и в максимально сжатые сроки. Но лонгрид – дело совершенно другое. Это не сплошной массив текста, а целый комплекс, состоящий из текста, разбавленного видеороликами, инфографикой, презентацией, фоновой музыкой, иллюстрациями (в том числе интерактивными), сносками, встроенными цитатами и т. д. Самое важное, что все они взаимосвязаны между собой − они не просто дополняют текст, а являются его равноправными партнерами. В таком материале крайне важна последовательность изложения, гармоничное сочетание всех его частей – размер и количество иллюстративного ряда, шрифтов, цветов и другое.

Лонгрид : чем поможет в учебном процессе?

Типы лонгридов

На сегодняшний день принято выделять несколько типов лонгридов:

  1. Репортаж. Раскрывает все подробности события (чаще всего спустя время после него).Фишки, которые можно использовать:
    • аудиовставки;
    • анимированный фон;
    • интервью с участниками;
    • видеонарезки с мероприятия.
  2. Реконструктор. Этот материал является реконструкцией цепи каких-то определенных событий, попыткой проанализировать их, выяснить причины и последствия. В таком типе лонгрида крайне важную роль играют дополнительные эффекты: фоновая музыка, видеовставки – именно они задают нужное настроение при прочтении.
  3. Портреты (второе название − people stories). К этому типу относятся и портретные интервью, и очерки, и биографические зарисовки. Главная задача – раскрыть личность героя, его жизненные принципы, взгляды. Фишки, которые можно использовать:
    • цитаты героя статьи и его близких;
    • фотографии;
    • уникальные факты, которых нигде нет.
  4. Коммерческие лонгриды – это не рекламные материалы, не лендинги, не продающие тексты. Они предназначены для того, чтобы предоставить постоянным и потенциальным клиентам исчерпывающую информацию о компании, о том, как производится продукт, о самом продукте, о тенденциях сферы деятельности компании.
  5. Мультимедийный лонгрид. Это – статьи, щедро разбавленные картинками, анимацией, яркими надписями, видеороликами и т.д. Собственно, любой из лонгридов можно отчасти отнести к этому типу, однако здесь есть один важный нюанс. Как правило, в лонгридах главную роль играет текст – остальной «декор» его только дополняет. В мультимедийной же версии все детали равноправны, а иногда текст идет связующим звеном между графическими элементами.

Основные шаги построения

Инструкция: Как писать и оформлять лонгрид: ссылка

Кроме того, не стоит забывать и про две основные модели потребления контента современным читателем: leanback (читают, откинувшись назад) и leanforward (наклонившись вперед). Если новости, короткие видео и небольшие заметки относятся к последнему типу, то лонгриды ложатся в одну категорию с кинофильмами, сериалами, журналами и книгами – их читают, удобно расположившись в кресле или на диване.

Источники:

  • https://tilda.cc/ru/longreads/
  • http://vashredaktor.com/chto-takoe-longrid/
  • https://internet-marketings.ru/kak-sozdat-longrid/
  • http://madcats.ru/content-marketing/longreads-how-to/
  • http://wordfactory.ru/prodayushhij-longrid-glavnyj-format-kommercheskogo-teksta/
  • https://geniusmarketing.me/lab/kak-napisat-longrid/
  • http://mediatoolbox.ru/longread/
  • https://tjournal.ru/stories/93040-instrukciya-kak-pisat-i-oformlyat-longrid

Комбуча — популярный некофейный напиток

Сбои могут быть, это то, чего мы совсем не хотим. Сбои будут всегда. На выходе может получиться комбуча, но вкус не будет нас устраивать. Может произойти разное: комбуча может заразиться нежелательными бактериями извне. Микрофлора, которая сложилась вокруг скоби, может резко стать неблагоприятной из-за одной лишней бактерии. Во многом все зависит от нашего контроля. Поскольку такие моменты, как температура, контакт с воздухом, влажность — мы можем контролировать, и так как мы подходим со всей ответственностью к производству — у нас не было такого, чтобы наши скоби заразились. Дисбаланс может произойти, и мы знаем об этом. Что угодно может повлиять на культуру-«комбуча»: она может заболеть, из-за перепадов температуры, может умереть, может не дать больше потомства. Каждый раз, когда формируется новый диск — это значит, что все в порядке, скоби здоров. Если же нет, скоби — живой продукт, он может выйти из строя и наша обязанность — понять, что случилось, что делать с этим и принимать решение как можно быстрее.

Здесь в Омске у нас есть лаборатория, куда мы периодически приносим нашу комбучу на «осмотр». Понять, что комбуча заражена можно и по запаху, и по вкусу в том числе. Если вдруг что-то случилось — это просто огромная беда для производителя. В этом случае приходится не просто выливать целый чан готовой комбучи, а выбрасывать вообще все, что даже рядом стоит.

Кстати, хоть у нас и на этикетке написано «Raw» — переводится как живой, натуральный напиток, совсем сырым и необработанным продуктом комбучу не назовешь. На газировке, к примеру, «raw» написано быть не может, потому что это не живой и не настоящий напиток. Комбуча имеет натуральное начало. В его составе напитка «комбуча»-культура, которая в составе имеет витамин B, С различные пробиотические культуры, которые благоприятно влияют на организм человека. К тому же, мы добавляем во вторую степень ферментации не просто какие-то концентрированные соки или пюре, непонятного происхождения, а то, что сделали сами. Поэтому комбуча и есть «Raw».

Вакансия: редактор статей в Т—Ж

Марина Сафонова

шеф-редактор

Профиль автора

Привет, меня зовут Марина, в Т⁠—⁠Ж я управляю Открытой редакцией, в которой мы редактируем и выпускаем статьи о личном опыте. Ищем для этого еще одного удаленного редактора.

В Открытой редакции у нас выходят статьи на самые разные темы, например:

Важно: сразу предупреждаю, что этого редактора мы ищем очень вдумчиво и не торопясь. Поэтому для этой вакансии предусмотрено сложное тестовое задание, которое потребует много времени.

Кто нам нужен

Ищем самостоятельного редактора, который изучит наши стандарты и форматы и будет помогать авторам писать, оформлять и выпускать статьи.

Большинство наших авторов никаких статей никогда не писали. Многие из них больше никогда не будут этого делать. Задача редактора — не научить автора писать, а помочь ему рассказать о своем уникальном опыте в стиле Т⁠—⁠Ж. Для этого редактор сам структурирует статью, задает автору наводящие вопросы, вытаскивает из него чувственный опыт, редактирует написанное, сокращает, запрашивает подтверждающие ссылки и иллюстрации — фотографии и скриншоты, — а иногда и ищет их самостоятельно или вместе с фоторедактором.

Чтобы понять, что мы вообще за люди и как работаем, почитайте наш мануал для новых авторов.

Условия

Работа удаленная.

Занятость постоянная: в неделю редактору приходит 2—4 новых статьи. Можно брать больше, это как пойдет.

Оплата сдельная, за итерации. Можно совмещать с чем-то еще, кроме работы в других банках и финансовых организациях. Если всех все устраивает, можно со временем перейти на фикс-оплату.

Платим раз в месяц до 12 числа. Оплата белая, по договору-оферте. Платить можем только резидентам РФ на карту российского банка.


Тестовое задание

По нашему опыту, редакторами в Т⁠—⁠Ж становятся люди, которые сначала какое-то время были нашими авторами. Нам очень важно, чтобы наш редактор знал, как устроены в Т⁠—⁠Ж процессы и какие требования у нас есть к статьям. Поэтому новому редактору предстоит пройти весь этот путь с самого начала — и в качестве тестового задания написать статью в Т⁠—⁠Ж.

Для этого надо придумать тему, заполнить нашу стандартную заявку на статью и принести мне в телеграм @rumspringa. Обязательно при этом надо предупредить, что вы хотите в будущем стать редактором.

Когда мы с вами согласуем тему и заявку, вам надо будет написать статью вместе с редактором. Разумеется, статья оплачивается по нашей стандартной ставке — 10 000 Р. Недоделанные статьи оплачиваться не будут.

Для статей подойдут все темы о вашем личном опыте, как-то связанном с деньгами. Круто писать про экономию, бюджет, еду, недвижимость, автомобили, семью и детей, кредиты, инвестиции, работу, подработку, бизнес и не только. К сожалению, в рамках этого тестового задания мы не готовы брать темы про путешествия.

Если сомневаетесь, подходит тема или нет, напишите мне в телеграм @rumspringa — обсудим и постараемся придумать подходящую.

Сроки для этого тестового задания не ограничены.

плюсы использования лонгридов для дистанционного обучения.

Лонгрид становится одним из основных трендов в e-learning. Главное преимущество long read в том, что он позволяет сделать так, чтобы большой объем текста не пугал обучающегося, а вовлекал. Вовлечь в чтение и изучение информации помогают мультимедийные элементы: изображения, видео, графика.

Такие элементы наглядно разъясняют и дополняют текст, усиливают эмоцию, помогают выразить суть, которую сложно отобразить словами.

Кроме этого, отдельные текстовые части в лонгриде можно выделить с помощью типографики:

  • примечания,
  • пояснения, сноски,
  • факты,
  • перечисления,
  • цитаты,
  • блоки внимание.

В результате упрощается восприятие и запоминание обучающей информации. Если в текст добавить яркие примеры, то процесс обучения станет еще более интересным и увлекательным.

Еще одно достоинство лонгрида как средства обучения в том, что в него можно поместить большой объем обучающей информации. Например, создавая слайдовые курсы, мы делаем полезную выжимку из нескольких нормативных документов, помещая на слайды только основную информацию, ключевые мысли и краткие выводы.

Работая над созданием лонгридов, мы также перерабатываем исходную информацию, полученную от заказчика, с той разницей, что у нас появляется возможность добавить в обучающий материал больше примеров и пояснений.

Какой материал можно изложить в формате лонгрид

В формате лонгрид можно изложить практически любую обучающую информацию. Это может быть разъяснение локально-нормативных актов, которые  регламентируют трудовую деятельность компании и персонала, например: регламенты, инструкции, руководства, положения и др.

Сегодня в связи с массовым переводом предприятиями сотрудников на дистанционный режим работы в домашних условиях, становятся актуальны лонгриды на такие темы, как:

  • Политика безопасности при работе на дому
  • Правила организации эффективных онлайн встреч
  • Тайм-менеджмент
  • Адаптация в новых условиях работы
  • Руководство удаленными сотрудниками  и др.

Большое внимание при создании лонгрида мы уделяем структурности, ясности и полноте информации. Как правило, обучающий материал делится на главы, подразделы и логические блоки. Обучающийся при изучении материала имеет возможность ознакомиться с дополнительными примерами, пояснениями или видео к курсу.

Кроме этого, мы стремимся сделать текстовый материал визуально красивым, интересным и захватывающим. По желанию заказчика мы добавляем уникальные сюжеты, сценарий и примеры, чтобы обучающийся вовлекался в чтение, и ему было проще запомнить информацию.

Например, в лонгриде могут быть приведены примеры решений сложных задач командой, мнение экспертов вашей отрасли, результаты исследований по теме обучения, прогноз или статистика.

Завершаться курс может тестированием для проверки знаний. Анализируя ответы, вы сможете оценивать прогресс обучающихся, а также проводить работу над ошибками: давать пояснения, добавлять полезные факты и др.

Заказать разработку лонгрида

Компания «Дискус» имеет успешный опыт разработки лонгридов и слайдовых курсов для обучения сотрудников. Мы знаем, как сделать процесс обучения интересным и захватывающим.

По вашему заданию наши методисты переработают нормативные документы или материал ваших авторов (руководителей, тренеров, педагогов), составят сценарий и структурируют информацию.

Затем наши дизайнеры разработают концепцию и стилистику дизайна, подберут визуальный контент, а технические специалисты разместят лонгрид в Вашей СДО. Мы используем адаптивную верстку лонгрида, чтобы он корректно отображался на всех устройствах, которые могут использоваться обучающимися (компьютер, ноутбук, планшет, смартфон).

Если перед вами стоит задача по обучению сотрудников, партнеров или руководителей, то обращайтесь в нашу компанию. Мы сможем порекомендовать оптимальный формат для обучающего курса и ответим на все ваши вопросы.

Посмотрите Наше Портфолио и Готовые курсы

 

Заявка на презентацию

«Маршрут56: Едем на Восток!»: как это было

Читайте также:

Экспедиция «Маршрут56: Едем на Восток!» состоялась! Два дня команда портала Урал56.Ру и победители проекта колесили по дорогам и бездорожью востока Оренбургской области. За это время мы посетили самые красивые и интересные места родного края, узнали их историю и особенности и сделали памятные фотографии.
Сбор перед офисом субботним утром

Рано утром в субботу, 26 июля, участники собрались возле офиса медиахолдинга Урал-ТВ. Получив брошюры, кепки и магнитики на память о поездке, а также модемы 4G и сим-карты от партнера проекта — компании МегаФон, мы отправились в путь.
Корреспондент Урал56.Ру Эльвира Алиева раздает сувениры


МегаФон — надежная связь проекта!


Спустя полтора часа мы оказались возле действующего глиняного карьера в Кваркенском районе.
На территории глиняного карьера Погуляв по окрестностям, наша команда направилась к мраморному утесу. Это место по истине завораживающее! Река Суундук богата рыбой, а сам утес — шикарное место для фотографий и медитации. Проверено нашей командой 🙂
На мраморном утесе Вбив памятную табличку на утесе, участники проекта поехали на Байтукские палатки (второе название этого места — кваркенские каменные палатки).  
Байтукские каменные палатки Они находятся на левом берегу реки Суундук, в 6 километрах севернее села Кваркено. Палатки представляют собой группу гранитных останцев, возвышающихся над степью, окруженных соснами.
Редакция информационного портала Урал56.Ру: Анна Золотова, Сергей Корносенков, Анна Вандыш и Эльвира Алиева

Обед прошел в фестивальной роще. Колбасные изделия от партнера акции птицефабрики «Чебаркульская птица», чай, кофе, овощи и другие вкусности подкрепили нас для дальнейшего путешествия.


Едим вкусно в фестивальной роще в Кваркенском районе


Музыкальная пауза от Андрея Смагина и Павла Бижанова

Отдохнув, мы поспешили в Аландское городище — крупное поселение Бронзового века. Две тысячи лет до нашей эры поселение входило в систему так называемой Страны городов наряду с Аркаимом и Синташтой, но оно самое древнее и крупное из них.
Именно здесь располагалось городище

К сожалению, это городище не так раскручено и подготовлено для туристов, как Аркаим, поэтому нам оставалось только включать фантазию и ориентироваться по зарослям чилиги.


Под вечер мы приехали в дом отдыха в Болотовске. Пока мужчины готовили шашлык, предоставленный партнером акции — мясоперерабатывающим предприятием «ЖеЛеН», девушки резали колбасные изделия от «Чебаркульской птицы» 🙂
Шашлычник Евгений Васильченко


Продукция птицефабрики «Чебаркульская птица»


Общее фото за ужином на базе отдыха

Четырехчасовой марафон игры в «Крокодила», разговоры, байки, песни от Андрея Смагина и Павла Бижанова стали отличным завершением субботнего вечера.
Андрей Михайлович показывает слово «менталитет»

А утром снова в путь. Аландский бор встретил нас хвойными запахами и ягодами.


В Аландском бору


Последняя точка в Кваркенском районе, которая точно не оставила равнодушным ни одного участника экспедиции, — мраморный плес. Смотрите сами:
Уголок рая в степи

Водопады каменного плеса

В нескольких километрах от Уртазыма на полевой дороге прямо перед подъемом в гору на нас обрушился сильнейший ливень. Дороги развезло, а техника решила проверить нас на прочность. Так что без происшествий не обошлось. В гору автобусы подняться не смогли, а потом произошло микро-ДТП: один из автомобилей въехал в колесо автобуса. Пришлось искать пути объезда. Оказалось, к счастью, что рядом есть грейдер.
Колеса просто обросли грязью

Вот, наконец, она — уртазымская церковь — некогда самое красивое строение в округе. Теперь же она представляет собой развалины, в которых гуляет скот, а на стенах оставляют надписи «посетители».
Уртазымскую церковь строили 82 года — с 1747 по 1829 годы

Пока мы гуляли, вновь сгустились и тучи и пошел дождь. Решив не рисковать, мы направились в Орск, оставив непосещенной последнюю точку нашей экспедиции — уртазымские скалы на Ириклинском водохранилище.

Под проливным дождем мы доехали до Акъяра, а потом до Гая и до Орска. Только на въезде в родной город мы увидели радугу. Ну что ж, получается, что «Маршрут56» без дождя — это не «Маршрут56» 🙂


Вот так прошли два дня. Два незабываемых выходных под лозунгом «Маршрут56: Едем на Восток!».

До встречи в следующем году!



P.S. Еще больше фото и видео будет доступно в ближайшее время.

Комментарии участников проекта
 «Маршрут56: Едем на Восток!»



Екатерина Громыко и Юлия Ким

Юлия Ким, победительница проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»:

 — Эмоции только самые положительные, пребываю в состоянии легкой эйфории ))) Больше всего понравились Байтукские палатки и Мраморный плес. Очень очень понравился дружный, позитивный коллектив. Все было супер-пупер!!! Спасибо большое, что взяли нас с собой.

Екатерина Громыко, подруга победительницы:  — Вчерашняя усталость прошла после ночного сна! Мне понравилось ВСЕ! Вчера думала, что палатки, а сегодня, вспоминая, понравились: природные достопримечательности, веселая и интересная компания, экстремальные моменты, теплая банька на турбазе, шашлычки, а самое главное — участники, с такими людьми хоть на край света можно поехать!Спасибо большое организаторам и всем, всем, всем!



Алексей и Татьяна Муркины

Алексей и Татьяна Муркины, победители проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»:

 — Рад новым знакомствам и полученным эмоциям. До сих пор под впечатлением. Хотелось бы продолжить, например, отправится в путешествие с двумя ночевками. Больше всего понравились Байтукские палатки. Это очень загадочное место. Такое ощущение, что были не в Оренбургской области.




Михаил и Ирина Андреевы

Михаил и Ирина Андреевы, участники проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»:
 
 — Здорово! Путешествие очень понравилось. Было весело. С удовольствием бы съездили еще раз! Все понравилось: и коллектив, и природа. Открыли для себя много красивых мест. Иногда казалось, что попали в какую-то сказку: то древний город среди полей, то мраморный плес с водопадом. Зарядились здоровьем, воздух витаминный 🙂


 
Иван Сотников, «Академия приключений и экстрима»

Иван Сотников, эксперт проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»:
 
 — Маршрут, как всегда, познавателен и интересен, много мест силы, из которых участникам не хотелось уезжать, когда-нибудь мы отвяжемся, надеюсь, от дороги и еще увидим потрясающие ландшафты, и почувствуем себя первооткрывателями. Больше всего понравился Андрей Смагин и его миссия, убеждения и принципы. Ваша компания понравилась. Хотя мне она давно нравится 🙂


Евгений Васильченко, «Академия приключений и экстрима»


Евгений Васильченко, эксперт проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»:

 — Эмоции только положительные! Отличная организация маршрута, красивые места, приятная компания. Большое спасибо организаторам и спонсорам. Больше всего впечатлили Байтукские палатки. Жаль, что не доехали до одного из красивейшим мест маршрута — Уртазымских скал, как и в том году помешал дождь. Но несмотря на непогоду, я получил море позитивных эмоций и впечатлений.



Сергей Корносенков

Сергей Корносенков, главный редактор портала «Урал56.Ру»:

 — «Маршрут56: Едем на Восток!» — вторая по счету экспедиция, и уже можно говорить об определенных традициях. Это позитивные эмоции от красивых мест, чистого воздуха и приключений. Костер, шашлыки, баня, гитара и живое общение. Чуток экстрима как и в прошлом году добавил дождь: подрифтовали на склонах на Ирикле. Я рад, что поездка состоялась, спасибо за это партнерам и спонсорам и, конечно, компании «Урал-ТВ» — организатору поездки. Все было здорово, лучше слов все расскажут фотографии!




Михаил Кузнецов и Анна Вандыш

Анна Вандыш и Михаил Кузнецов
:

 — Второй сезон экспедиции пролетел также весело, сложно и интересно, как и первый. «Традиционные» погодные и технические неприятности снова не сумели нас остановить. Веселая и дружная компания не без приключений вернулась домой с хорошим настроением, массой впечатлений и гигабайтами фотографий и видео. «Маршрут56» на этот раз был более компактным, но это не сказалось на разнообразии и зрелищности поездки. А для следующей экспедиции у нас снова есть маленький прошлогодний должок — Уртазымские скалы остались непосещенными. Надеемся, в 2015 году мы исправимся и покажем всем читателям неизвестные красоты Оренбургской области в новых свежих красках.




Анна Золотова

Анна Золотова, корреспондент портала Урал56.Ру

 — Вот, оказывается, в какой красивой области мы живем! Особенно понравились Байтукские палатки. Такого путешествия у меня еще не было! Дружная компания, хорошее настроение, взаимовыручка — одни из составляющих успешности проекта «Маршрут56: Едем на Восток». Всем спасибо! Было здорово!



Эля и Максим: О путешествии в двух словах — восторг и недоумение … Эля Алиева и Максим Моляков:

 — Стыдно признаться, но мы не знали и никогда не думали, что в Оренбургской области столько замечательных, незабываемых, красивых мест! Загадочные Байтукские палатки, Мраморный плес — оазис среди бескрайних степей, разрушенная Уртазымская церковь, в которой еще сохранились фрески XVIII века, древнее Аландское городище, которое старше Аркаима на 500 лет, — это все Восточное Оренбуржье! Однако особые эмоции вызвал Мраморный утес… Едешь, и кажется, что вокруг тебя только степь, и тут бац, ты уже на краю обрыва, а под тобой — невероятной синевы река Суундук. Действительно, место силы (еще один камень в сторону Аркаима). Зачем нам заморские чудеса света, когда у нас есть свои? Отменяйте путевки в турции и египты, берите фотоаппараты и вперед — покорять Оренбургскую область вместе с нами, журналистами Урал56.Ру!




Сергей Скрыпников

Сергей Скрыпников, директор по развитию медиахолдинга Урал-ТВ
 
 — «Маршрут56: Едем на Восток!» закончился еще вчера, а эмоции живут до сих пор :). Мы попали в пятиминутный, но сильный ливень прямо на полевой дороге, прямо перед подъемом в гору (да, мы хотели приключений – мы их получили). Не поднялись и даже немного поездили боком (то еще ощущение быть внутри автобуса, который боком скатывается с холма, снаружи – ничего особенного, внутри – все не так :). Попали в микро-ДТП со своими же членами экипажа. Отменили поездку на самую красивую и самую дальнюю точку – Уртазымские скалы – так как все-таки хотели попасть на работу в понедельник (на самом деле – домой в воскресенье). Самая сильная точка – Байтукские палатки – там было не только сочетание свежего воздуха с запахом хвои, солнца, огромных каменных образований, но и какая-то особенная энергетика. Даже смотря на фотографии, ее чувствуешь. Оренбургская область – это не только бесконечные поля и Кувандыкские горы, но и какие-то невообразимые природные образования. Второй год убеждаемся в этом. В следующем – будет еще интереснее. Ну и да, четырехчасовой марафон игры в «Крокодила» мы запомним надолго.


Яна Сариева

Яна Сариева, менеджер по маркетингу и PR медиахолдинга Урал-ТВ:

 — «Я жду от этой поездки ярких впечатлений и позитива, что бы с нами не случилось, а с нами обязательно что-то случится!» — первое, что я сказала всем участникам во время знакомства. Так и получилось: красивые и живописные места, исторические и «доисторические» архитектурные творения, небольшие природные катаклизмы (5-минутный ливень и жуткий холод ночью), мини-ДТП и выбор не той дороги — все это сопровождалось только позитивом со стороны участников. Я считаю, что у нас была самая лучшая команда! Спасибо всем за эту экспедицию, вы — самые позитивные и клевые!




Вера Ремезова

Вера Ремезова, участница проекта «Маршрут56: Едем на Восток!»
 
 — В подобной экспедиции я участвовала впервые, для меня это был неоценимый опыт. Мне безумно понравились такие природные памятники, как Байтукские палатки и мраморный плес. Когда видишь эту красоту, удивляешься, что это могла сотворить природа: ветер и вода годами делали своё дело. Они старались также, как и вся команда Урал56.Ру. Ребята молодцы! Все продуманно, рассчитано по времени. Если бы не дождик под конец экспедиции, то все было бы ещё радужней. Но, как говорится, погоду не закажешь 🙂 Хочется, конечно, надеяться, что и власти и историки заинтересуются церковью в Уртазыме, так как такое наследие надо сохранять и беречь. Она нестандартной планировки, в ней местами сохранились фрески. Природа берет свое, и через десяток лет церкви может и не стать. Поэтому остаётся сказать: МЫ там были, мы ЭТО видели. Хочется, чтобы многие другие жители Орска и области последовали нашему примеру и захотели еще лучше узнать наш край. Огромнейшее спасибо организаторам за такое маленькое приключение!


Виктория Тополева

Виктория Тополева, официальный видеограф проекта:
 
 — Казалось, что после первой поездки уже сложно будет удивиться новым пейзажам Оренбургской области, но предположения оказались ошибочными. Насколько разнообразна наша местность: невозможно представить, что Байтукские палатки геологического происхождения, а оазис Мраморного утеса находятся в степи. Жаль, конечно, что на второй день погода перестала нас баловать и серое небо не дало добраться до Уртазымских скал. Оставим их до следующего года!


Рустам Алимбеков

Рустам Алимбеков, альтернативный видеограф проекта:

 — Эмоций и впечатлений много, все понравилось! Организация на достойном уровне. Единственное погода подвела, но без приключений никуда. В первом дне больше всего понравилось, что все точки прибытия были рядом. Для меня было бы вообще идеально если бы данное мероприятие проходило бы три дня. А в целом, я люблю путешествовать и с радостью поеду еще раз. У нас в области очень много красивых мест, о которых мы даже не знаем. Нужно дальше развивать данную акцию, я думаю идем в правильном направлении. Большое спасибо всем организаторам и участникам это было круто!



Юлия и Артем Толоконниковы Юлия и Артем Толоконниковы:

 — «Маршрут56: Едем на Восток» оправдал все наши ожидания уже во второй раз. В этом году посетили совершенно другие места. Те, в которых бы не побывали скорее всего никогда. И конечно же, ещё раз убедились, что в нашей области очень много красивейших мест. Природа творит чудеса: невероятно красивые скалы, захватывающие дух, мраморный плес, Байтукские палатки, где окутывает чудесный запах сосен, загадочная уртазымская церковь и многие другие места. Жалко, что из-за погоды не удалось только посмотреть одно из планируемых мест — уртазымские скалы. В общем, нам все очень понравилось. Отдохнули на все 100. Спасибо Урал-ТВ и всем, кто принимал участие.




Максим, Мария и Матвей Фролкины

Максим, Мария и Матвей Фролкины:

 — Общее впечатление от поездки положительное! Доброжелательная атмосфера, высокий уровень организации. Из посещенных мест больше всего произвели впечатление Байтукские палатки и мраморный плёс. Немного омрачило настроение повреждение машины, но это все решаемо)))). Еще хотелось бы немного больше информации о местах, которые мы посещали (историческое значение и т.п., если такая информация имеется). Ждем новых мест в следующем году.

— В экспедиции участвовала в первый раз, получила от неё невероятные впечатления. Больше всего понравилось место под названием Мраморный плёс. Красота большинства мест просто поразила меня! Надеюсь, что поеду в следующем году.

Организатор — информационный портал Урал56.Ру


Блог: Лонгриды

Тони Перротте | Журнал «Атавист» | Октябрь 2021 г. | 9 минут (2476 слов)

Это отрывок из выпуска The Atavist . 120, «Гаванский мясник», написанный Тони Перротте и иллюстрированный Патриком Леже.

Часть первая

Мягкой ночью 9 апреля 1959 года, чуть более трех месяцев после того, как Фидель Кастро и Че Гевара захватили власть на Кубе, группа известных международных писателей собралась в популярном ресторане Эль Флоридита в Старой Гаване.Они были вежливыми — Теннесси Уильямс, Джордж Плимптон, Элейн Данди и ее муж Кеннет Тайнан — и ожидали, что они будут пьянствовать с самым любимым янки Кубы, Эрнестом Хемингуэем. Вместо этого они столкнулись с другим эмигрантом со Среднего Запада, носившим широкий военный пояс и громадный служебный револьвер 45-го калибра.

«Атавист», наше дочернее издание, ежемесячно публикует по одной подробно освещенной и элегантно оформленной истории. Поддержите The Atavist , став участником.

Крепкий и татуированный, мужчина имел грубую внешность. Ему было чуть больше тридцати — более чем на два десятка лет моложе Хемингуэя — ростом пять футов десять дюймов, густые каштановые волосы и, по словам его призывного билета, «румяная» кожа. Позднее английский журналист описал его как «высокого, прямого и подлого дружелюбного», с поразительными голубыми глазами, которые «пожелтели уже после нескольких кружек пива, что наводило на мысль о компании, которую опасно держать в пьяном виде». В словах американца звучал отчетливо носовой акцент человека из «синих воротничков» из Милуоки.Он произнес «то» как «дат» и уронил свои г ‘s. Он был необразованным сыном польских иммигрантов, типа человека, которого один из вымышленных снобов Уильямса мог бы назвать быдлом.

Но если его происхождение было скромным, то в Эль-Флоридите этот человек не нуждался в представлении. Его изображение появилось на первых полосах газет США. Фактически, после Хемингуэя он был, вероятно, самым известным американцем на Карибах. Его звали Герман Маркс, и он поднялся в рядах повстанческой армии Кастро, чтобы командовать революционными расстрельными командами.По Гаване ходили слухи, что у него были садистские наклонности; Говорили, что его версия coup de grâce заключалась в том, чтобы выстрелить из пистолета в лицо осужденного, чтобы родственники не могли узнать труп. Жестокая работа Маркса принесла ему прозвище: он был Эль Карнисеро — Мясник.

Литераторы засыпали его вопросами, и Маркс с гордостью отвечал. Он хвастался тем, что был заместителем самого Че в тюрьме Ла Кабанья, и заявил, что он так занят, что проводил ночные казни до 2 часов ночи.м., а иногда и до рассвета. Он назвал происходящее «праздником» и продемонстрировал свои запонки, сделанные из гильз.

Маркс знал, чего на самом деле хотели собравшиеся писатели. В Гаване не было секретом, что он приглашал избранных посетителей на казни, которые проводились в пустом каменном рву вокруг Ла Кабанья, под гигантской освещенной прожекторами статуей Христа с распростертыми руками. Американские политики, журналисты, старлетки и светские люди — все осторожно наводили справки о том, как расстрельная команда делает свою работу.Уильямс, чей дед был священником, отчаянно чувствовал, что может утешить осужденного, предложив «легкую ободряющую улыбку» перед тем, как его застрелили.

В ту ночь, как сказал Маркс группе в Эль-Флоридите, у него был плотный график. Среди ожидающих казни заключенных был немецкий наемник. «Он сделал приглашение так же легко, как мог бы предложить коктейль у себя дома», — вспоминал позже Плимптон. Маркс отсчитал посетителей: «Посмотрим… вас пятеро… довольно легко… мы поедем на машине… плотно прижмемся…»

Незаметный для остальных, Тайнан слушал Марка с нарастающим ужасом, а теперь англичанин вскочил на ноги и начал кричать.По словам Плимптона, краснолицый театральный критик прищурился и замахал руками, как огромная птица, осуждая Маркса. Он не хотел находиться в одной комнате с палачом, ахнул Тайнан, не говоря уже о том, чтобы наблюдать за его работой. Он приходил на казнь только для того, чтобы бежать перед расстрельной командой, чтобы защитить осужденных. Затем Тайнан вылетел из бара, а вслед за ним — Данди.

«Что, черт возьми, это было?» — спросил Маркс. Он сказал остальным писателям встретиться с ним в вестибюле соседнего отеля в 8 часов вечера.м.

* * *

Почти ничто из о ранней жизни Германа Маркса не предполагало, что он когда-нибудь сыграет ключевую роль в латиноамериканской революции. Он родился в Милуоки в 1921 году и вырос в районе плохих кирпичных домов и голых улиц. Его отец, Фредерик, был безработным алкоголиком, который избил его; его мать, Марта Елич, едва удерживала семью на плаву, работая поваром в закусочной. Похоже, он не был близок со своей старшей сестрой Элси или младшей Дороти; но он оставался преданным своей матери на протяжении всей своей жизни в своей эксцентричной манере.

Неустойчивый брак Марксеса распался во время Великой депрессии, когда Герману было 12 лет. После того, как его мать снова вышла замуж, у Германа начались проблемы. Он прогуливал уроки и был исключен из каждой школы, которую посещал; В 14 лет его отправили в исправительное учреждение, где он трижды сбегал и однажды был пойман на краже автомобиля. В течение следующих двух десятилетий его арестовывали 32 раза в десяти штатах, от Гавайев до Мэна, в основном за пьянство, мелкую кражу и хулиганство.

Он никогда не оставался больше трех месяцев в одном месте, работая случайными заработками на фабриках, в доках и на конных фермах.В апреле 1939 года он поступил в торговый флот и служил на Тихом океане во время Второй мировой войны. (Позже он заявил в суде, что «сидел в тюрьмах по всему региону, в том числе во время отпуска на берегу в Австралии.) После войны Маркс бесцельно путешествовал по Соединенным Штатам, Мексике и Канаде, пополняя свой список обвинений. : бродяжничество в Техасе, публичное пьянство в Огайо и Северной Дакоте, покушение на кражу в Нью-Йорке и «бродяжничество» в Лас-Вегасе — преступление, за которое он был приговорен к 30 дням тюрьмы, а затем велел покинуть город.В 1949 году в Лос-Анджелесе он ограбил пожилую женщину, пьяно схватив ее за горло. Согласно отчету полиции, он уничтожил нафталиновые шарики только «на сумму 29 центов». Он получил шесть месяцев за нападение, но сбежал из тюрьмы с двумя друзьями. Во время бегства все трое серьезно повредили лодыжки после прыжка с опасной высоты; Маркс и еще один мужчина хромали неделями, пока их не поймали в Галвестоне, штат Техас, и отправили обратно в Калифорнию, чтобы закончить свои приговоры.

Вернувшись домой в Милуоки, в возрасте 27 лет Маркс поссорился с третьим мужем своей матери и физически выгнал его из дома. (Елич встал на сторону ее сына; местные власти оштрафовали его на пять долларов.) Позже в том же году он был арестован и осужден за половые связи с 16-летней девушкой. Согласно отчету полиции, Маркс работал конюхом и встретил девушку в баре, где, как признала полиция, она показала бармену свидетельство о рождении, в котором говорилось, что она взрослая.Затем пара присутствовала на шумном празднике в сарае, где, как отметил следователь, «пьянки и секс-вечеринки продолжались почти каждую ночь». Маркс был приговорен к трем с половиной годам тюремного заключения.

Его племянница, Пенло Хоббс, помнила, как ее родственники боялись дяди Германа задолго до того, как он попал в государственную тюрьму в Ваупуне. «Он был призраком», — сказала она. «Нам не разрешили иметь с ним ничего общего». Даже мать Маркса сомневалась в своем сыне. «Я не знаю, что с ним случилось», — сказала она однажды корреспонденту Milwaukee Sentinel .«Во всем, что он сделал, я не виновата. Я отправил его в церковно-приходскую школу и хорошо его вырастил ».

Она сказала, что Маркс был щедрым, когда он не был разоренным, щедро одаривал ее букетами цветов, но в основном он тратил свои деньги на девочек и выпивку. И у него был взрывной характер. «Он всегда пил и дрался», — сказала его мать. «Как только кто-то сказал что-то не так, он взбесился». Неустойчивый характер Марка символизировали его татуировки. На его левой руке было двойное сердце с надписью «С любовью, Нелли».(Нет никаких данных о том, кем была Нелли.) На его правой руке был череп, пронзенный кинжалом, рядом с военным девизом «Смерть перед бесчестием».

Его мать забрала Марка после того, как он был освобожден из тюрьмы Ваупун в 1955 году. Через несколько месяцев он снова ушел из дома. «Однажды он поцеловал меня и сказал, что уходит», — вспоминала его мать. Кто-то сфотографировал его загорелым и подтянутым, и Елич носила его в сумочке до самой смерти. «Не думаю, что он знал, куда идет, — сказала она.«Он что-то искал».

Он нашел его на корабле для выращивания креветок во Флориде. Вытаскивая сети в конце 1957 года, он столкнулся с людьми, которых знал со времен своей работы на торговом флоте. Они были с Кубы, острова, который Маркс посетил несколько раз во время службы и один раз в качестве туриста. Теперь он был втянут в гражданскую войну между левыми революционными партизанами, возглавляемыми молодым юристом по имени Фидель Кастро, и военной диктатурой Фульхенсио Батисты. В то Рождество Маркс узнал, что один из его кубинских друзей был убит в Гаване военной полицией; Они якобы ворвались в дом этого человека однажды ночью и застрелили его за кухонным столом.Вскоре после того, как он услышал эту новость, Маркс пошел в магазинчик армейских излишков в Ки-Уэст и купил темно-коричневую униформу и сапоги для десантников. С револьвером Colt .45, 400 долларами наличными и «примерно десятью словами по-испански», как он позже выразился, Маркс сел на лодку на Кубу. Его план был столь же смелым, сколь и простым: он присоединится к революции.

В Гаване действовал военный комендантский час, а грозные офицеры разведки Батисты в синей форме патрулировали улицы. Бродя по барам города, Маркс не смог найти агентов М-26-7, подпольного движения Кастро 26 июля, названного в честь даты первого вооруженного восстания группы.Итак, Маркс сел на автобусе на восток, в сонный городок Мансанильо, расположенный в тропических предгорьях Сьерра-Маэстры, где он встретил двух молодых кубинцев, также надеющихся присоединиться к партизанам. Трио путешествовало три ночи, пока не достигло форпоста в джунглях, где находилось около 40 повстанцев под командованием капитана Пако Кабреры. Англоговорящий офицер допросил Маркса. Как и многие из примерно двух десятков янки , которые в конечном итоге присоединились к восстанию Кубы, Маркс переписал свою личную историю. По словам одного партизана, он утверждал, что был ветераном Корейской войны; другим он объяснил, что его мастерская с оружием родилась из детского увлечения оружием.Его приняли в группу с трапезой из говядины и праздничным ромом.

Профиль

Маркс среди партизан повысился, когда он увидел трех подростков, возившихся с пулеметом армии США 30-го калибра, и вошел, чтобы показать им, как его разбирать и чистить. К тому времени, как он закончил, вокруг него собралась толпа с людьми, державшими ржавое и сломанное оружие, безмолвно взывая о помощи. Вскоре ему было поручено починить арсенал огнестрельного оружия, используемого повстанческими силами, от спортивных винтовок до дробовиков и карабинов, созданных еще в колониальные времена Кубы.

Марка было приписано к отряду под командованием Че Гевары, который понес самые высокие потери в повстанческой армии — одна из его когорт была названа отрядом самоубийц. Маркс быстро поднялся по служебной лестнице и стал капитаном. Весной 1958 года Че перевел его в Минас-дель-Фрио, оплот повстанцев, где Маркс помог создать военную школу и обучить новобранцев отражению надвигающейся операции «Финиш Фидель», массового вторжения в Сьерра-Маэстру армии Батисты, превосходившей численностью армии Батисты. партизан 100 к 1.К маю Маркс оказался на передовой. В одной стычке он сломал три зуба о камень, когда споткнулся, возглавляя атаку; в другом он возглавил группу из 18 повстанцев, которые в засаде вывели из строя колонну из 250 человек.

К августу генералам Батисты пришлось признать, что они не могут вытеснить партизан, и армия покинула Сьерра-Маэстра. В следующем месяце Маркс вызвался присоединиться к Че в мучительной 350-мильной миссии через заполненные комарами болота восточной низменности.Повстанцы надеялись основать новую базу в горах Эскамбрай в центральной части Кубы и использовать ее, чтобы захватить достаточно земли, чтобы фактически разрезать остров пополам. В биографии Кастро журналист Тад Шульц заметил, что экспедиция, в ходе которой люди покидали известную местность Сьерры, чтобы продвигаться по незащищенной, неизвестной и враждебной территории, «должна была казаться безумным планом». Че предупредил добровольцев, что условия будут ужасными, будет мало еды, а жертвы, вероятно, будут близки к 50 процентам.Маркс все равно подписался.

Хотя большинство людей миссии пережили переход, все согласились, что это будет самая изнурительная кампания за всю войну. Колонна Че шла в основном ночью, чтобы избежать армейских патрулей и обстрелов самолетов. Они переходили реки обнаженными и однажды пересекли мелкую лагуну, заполненную острыми как бритва растениями. Они страдали от ужасного голода и пережили дождь, вызванный ураганом. «Я прошел через достаточно грязи и воды, чтобы продержаться на всю оставшуюся жизнь», — написал Че Кастро.«Голод, жажда, усталость, чувство бессилия перед вражескими силами, которые все больше приближались к нам, и, прежде всего, ужасная болезнь ног, которую крестьяне называли мазаморрой, которая превращала каждый шаг наших солдат в невыносимые мучения. сделал нас армией теней ».

Во время перестрелки Маркс был ранен в колено и лодыжку. Началась инфекция. «Гной и кровь непрерывно текли, и я не мог натянуть туфлю на ногу», — сказал он позже. Он плелся с Че больше месяца, чтобы добраться до гор Эскамбрей, но теперь ему угрожала смертельная гангрена.Че решил спрятать yanqui . В начале ноября сторонники М-26-7 переправили Маркса с фермы в город Санта-Клара, откуда его самолетом отправили в Ки-Уэст для оказания медицинской помощи.

Хотя он приложил немало усилий, чтобы убедиться, что Маркс не поддастся травме, в частном порядке Че не был недоволен его уходом, написав в своем военном журнале, что американец «принципиально … не вписался в отряд». Один из ближайших помощников Че, Энрике Асеведо, сказал биографу Джону Ли Андерсону, что Маркс был «храбрым и сумасшедшим в бою, тираническим и деспотичным в мирном лагере».По словам Асеведо, безжалостный характер американца беспокоил кубинских новобранцев — особенно его готовность добровольно участвовать в исполнении служебных обязанностей, что он делал с «неподобающим энтузиазмом».

Реакция кубинцев на Марка перекликалась с реакцией психиатра из реформаторской школы, который встретил его, когда ему было 16 лет. Психиатр сообщил, что Маркс был странно отстраненным — «очень флегматичный бесстрастный человек, когда он не возбужден», который «показывает почти полное отсутствие эмоций. адекватного чувства по отношению к ситуациям, в которых он находится.Позже, когда Маркс находился в тюрьме Ваупун, психиатр учреждения обнаружил, что он был «скорее аморальным, чем аморальным» и «самовлюбленным по своему характеру».

Эти оценки найдут отклик на протяжении всей своеобразной карьеры Марка на Кубе.

Прочтите всю историю на сайте The Atavist

Нравится:

Нравится Загрузка …

Longread | Ошеломленный

  • Новости
  • Мода
  • Музыка
  • Искусство и фотография
  • Кино и ТВ
  • Наука и техника
  • Жизнь и культура
  • Политика
Значок / Социальные сети / TikTok
  • Ошеломленный100
  • Открыт для изменений
  • Красота
  • Журнал
  • Поиск
  • Контакт
  • О
  • Вакансии
  • Юридический
Ошеломленные медиа-сайты
Жизнь и культура Суссексский университет поддерживает «гендерных критиков», в то время как сексуальное насилие разрастается. Музыка Амапиано: звук свободы в Южной Африке. КейптаунЖизнь и культураВьетнамский клубный коллектив нарушает все правила рейваЖизнь и культураВстречаются 8 Converse All Stars под наставником Сэмюэля РоссКонверсМузыкаКак клубная культура научилась процветать в ИнтернетеЖизнь и культураРадиостанция борется с ложными новостями о COVID в ГватемалеФильмы и ТВТейлор Пейдж и Райли Кио о вирусной стриптизёрше Сага ZolaLife & КультураКакие клубы в Англии будут выглядеть после COVID, по мнению ClubMusicTOMORROW X ВМЕСТЕ с флагом 4-го поколения K-pop, науки и техники Романа Протасевича и нового поколения цифровых протестовПолитика # EndSARS: Что будет дальше с нигерийской активностью? Life & CultureMarcus Рэшфорд: по-своему WordsLife & CultureОткройте для себя новую эру Dazed и историю вакцины МузыкаJay B переключает это со своего прошлого кумира K-popMusicMdou Moctar: ​​крупная звезда SaharaMusicDeb Никогда и медленно Жизнь и культура Внутри меняющегося ландшафта порно в условиях пандемииПолитика Борясь за освобождение моей сестры, заключенный в тюрьму женский активист Луджайн аль-ХатлулМузыка Джек Харлоу держит мир у своих ног Музыка актерский состав новой кампании Ck One, рассказ об американской молодежиCALVIN KLEINLife & CultureАд студенческих общежитий с запертыми новичками Контакт О Вакансии Юридический Политика конфиденциальности Dazed Media Другой Другой человек Известность Ошеломленная студия

считываний HiFi — высокоточная секвенирование длинных считываний

Соглашение об использовании изображения

Загружая, копируя или используя изображения, размещенные на этом веб-сайте («Сайт»), вы подтверждаете, что прочитали, поняли и согласны с условиями настоящего Соглашения об использовании изображений, а также с условиями, приведенными на веб-страницу Юридические уведомления, которые вместе регулируют использование вами изображений, как указано ниже.Если вы не согласны с такими условиями, не загружайте, не копируйте и не используйте изображения каким-либо образом, если у вас нет письменного разрешения, подписанного уполномоченным представителем Pacific Biosciences.

В соответствии с условиями настоящего Соглашения и условиями, приведенными на веб-странице Юридических уведомлений (в той степени, в которой они не противоречат условиям настоящего Соглашения), вы можете использовать изображения на Сайте исключительно для (а) редакционного использования в прессе. и / или отраслевых аналитиков, (б) в связи с обычной, рецензируемой, научной публикацией, книгой или презентацией и т.п.Вы не можете изменять или модифицировать любое изображение, полностью или частично, по любой причине. Вы не можете использовать какое-либо изображение таким образом, который искажает связанный продукт, услугу или технологию Pacific Biosciences или любые связанные с ними характеристики, данные или свойства. Вы также не можете использовать какое-либо изображение таким образом, который обозначает какое-либо представление или гарантию (явную, подразумеваемую или установленную законом) от Pacific Biosciences в отношении продукта, услуги или технологии. Права, предоставляемые настоящим Соглашением, являются личными для вас и не могут быть переданы вами другой стороне.

Вы, а не Pacific Biosciences, несете ответственность за использование изображений. Вы признаете и соглашаетесь с тем, что любое неправильное использование изображений или нарушение настоящего Соглашения нанесет компании Pacific Biosciences непоправимый вред. Pacific Biosciences является владельцем или лицензиатом изображения, но не агентом владельца. Вы соглашаетесь предоставить Pacific Biosciences следующую кредитную линию: «Предоставлено Pacific Biosciences of California, Inc., Menlo Park, CA, USA», а также включаете любые другие кредиты или благодарности, отмеченные Pacific Biosciences.Вы должны включить любое уведомление об авторских правах, изначально включенное в изображения, на всех копиях.

ИЗОБРАЖЕНИЙ ПРЕДОСТАВЛЯЮТСЯ Pacific Biosciences «КАК ЕСТЬ». Pacific Biosciences ОТКАЗЫВАЕТСЯ ОТ ВСЕХ ЗАЯВЛЕНИЙ И ГАРАНТИЙ, ЯВНЫХ, ПОДРАЗУМЕВАЕМЫХ ИЛИ ЗАКОНОДАТЕЛЬНЫХ УСЛОВИЙ, ВКЛЮЧАЯ, НО НЕ ОГРАНИЧИВАЯСЬ ​​НАРУШЕНИЕМ, СОБСТВЕННОСТЬЮ, КОММЕРЧЕСКОЙ ЦЕННОСТЬЮ И ПРИГОДНОСТЬЮ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕННОЙ ЦЕЛИ. НИ ПРИ КАКИХ ОБСТОЯТЕЛЬСТВАХ Pacific Biosciences НЕ НЕСЕТ ОТВЕТСТВЕННОСТИ ЗА ЛЮБЫЕ ПРЯМЫЕ, КОСВЕННЫЕ, СЛУЧАЙНЫЕ, КОСВЕННЫЕ ИЛИ КОСВЕННЫЕ УБЫТКИ ЛЮБОГО ТИПА, КАКИЕ-ЛИБО В ОТНОШЕНИИ ИЗОБРАЖЕНИЙ.

Вы соглашаетесь с тем, что Pacific Biosciences может прекратить ваш доступ и использование изображений, размещенных на веб-сайте PacificBiosciences.com, в любое время и без предварительного уведомления, если компания сочтет, что вы нарушили какое-либо из условий настоящего Соглашения об использовании изображений. Вы соглашаетесь возмещать, защищать и оградить Pacific Biosciences, ее должностных лиц, директоров, сотрудников, агентов, лицензиаров, поставщиков и любых сторонних поставщиков информации на Сайт от всех убытков, расходов, убытков и издержек, включая разумные гонорары адвокатам. в результате любого нарушения вами условий настоящего Соглашения об использовании изображений или прекращения Pacific Biosciences вашего доступа к Сайту или его использования.Прекращение действия не повлияет на права Pacific Biosciences или ваши обязательства, возникшие до прекращения.

Я очень важный лонгрид. Все говорят о

.

Вот анекдот об очень небольшом и, казалось бы, несущественном происшествии, которое произошло где-то в далеком 2009 году. В нем нет никого, о ком вы когда-либо слышали, и, честно говоря, это не так уж интересно. Но поверьте мне, как только вы дойдете до конца, все обретет смысл, и вы почувствуете, что все — буквально каждый вопрос, который у вас когда-либо возникал о мире — внезапно встал на свои места.Вы испытаете чувство удовлетворения, которое когда-либо испытывали немногие люди. Серьезно, поверьте мне! Будет здорово.

Все, что вам нужно сделать, это прочитать оставшиеся из этих 18 564 слова.

Ой, привет! Извините, мне следовало представиться. Я просто хотел дать вам немного повествования в будущем! Я очень важный лонгрид, о котором все говорят, тот, который все, кого вы знаете, уже прочитали. Правильно, я — невероятно многословный журналист, который ваш начальник, ваши коллеги и ваш самый раздражающий в Twitter друг уже распространили в социальных сетях комментарий «Это.» Добро пожаловать!

Прежде всего, я рад, что вы здесь. Это показывает, что вы, наконец, испытали достаточно интеллектуальной вины, чтобы взять этого поистине гигантского быка за его излишне многословные рога. Для меня большая честь, что для этого потребовалось всего около четырнадцати разговоров, в которых люди спрашивали, закончили ли вы меня, а затем вы ответили фальшивым стыдливым тоном: «Ух, нет, извините, это было в моем списке!» чтобы вы действительно смогли это сделать.

Наверное, лучшее во мне то, что я совмещаю глубокие политические исследования, расследования чрезвычайно запутанных судебных процедур в большой, но скучной организации, множество диаграмм с данными или еще одним дерьмом и одним очень длинным разделом о том, как все это влияет на экономика.Просто подождите, пока не дойдете до той части, где мы опробуем экспериментальное форматирование, потому что мы запугали нашу команду дизайнеров и заставили работать допоздна на неделю. Ты будешь умолять о смерти!

Я так долго , чувак.

Прямо сейчас вы, вероятно, жонглируете своими вариантами. Вы думаете: «Хорошо, я могу просто пролистать часть чисел-y и перейти к более интересным моментам, и я все равно получу общий вывод, верно?» Неправильный! Фактически, не прочесывая каждое слово из сверхдлинного и абсолютно необходимого раздела об экономических эффектах, вы даже не поймете, о чем идет речь во второй половине этой статьи.

Кроме того, я должен вас предупредить: вообще-то не так уж и много интересных моментов!

Осмотрите свой офис. Все остальные меня уже прочитали. Видишь тех людей у ​​маленькой дерьмовой кофеварки? У них действительно интересный в интеллектуальном плане разговор обо мне. Один из них очень важен. Бьюсь об заклад, второй производит большое впечатление на важного. Бьюсь об заклад, она скоро получит большое повышение из-за того, насколько умно она сейчас звучит. Это мог бы быть ты, если бы ты просто покончил с этим на прошлой неделе, как ты и обещал.😞

А теперь мы переходим к той части статьи, которая требует прохождения reeeeal . Ой, это отстойно для тебя. Просто полная резня того количества концентрации, которое, как вы думали, у вас осталось. Сейчас самое подходящее время, чтобы проверить Instagram, да? Вы ведь делаете это прямо сейчас, не так ли? Ага. Я знал, что вам лень закончить это безрадостное колоссальное литературное произведение.

Вы думали, я забыл о юридических материалах? Это будет продолжаться на следующих девяти страницах, так что пристегнись, подруга! Когда вы думаете, что собираетесь перевернуть страницу и, наконец, понять, что такое рэкет, вы этого не сделаете, потому что у вас будет еще восемь страниц.На данный момент вы даже не уверены, хорошо это или плохо — рэкет! Все, что вам нужно, — это одна очень тонкая контекстная подсказка, и все будет готово, но дадим ли мы ее вам? Хаахахахаха, нет!

Честно говоря, вы обманываете себя. Просто переходите к концу.

Даже не беспокойтесь об этой детали. Я ухожу в целую отдельную тему, ввожу в микс новых людей и — да, даже не переживаю по этому поводу.

Вообще-то, и не этот.

Серьезно, все в порядке.Вы даже не поймете следующие несколько графов. (Извините, «граф» — это сокращение от «абзац». Вы бы это знали, если бы знали что-нибудь о журналистике.)

Христос. Нам обоим становится неловко. Просто переходите к концу. Сделай это. Я сделаю вид, будто не смотрю.

Поздравляем! Вы добрались до последнего абзаца этой свирепо огромной груды писем. Просто шучу. Я знаю, что вы просмотрели его, жалкий червяк, за исключением той части в середине, которая, как вы думали, была фото-эссе, а на самом деле была серией рекламных объявлений Target.Но это нормально, потому что все настоящие умные люди в вашей жизни уже перешли к моему кузену, невероятно поляризационному горячему выводу, что вы слишком эмоционально истощены, чтобы заниматься прямо сейчас. Просто вернитесь к чтению Viral Buzz Panda или к другому контенту, который ваши покрытые коркой Дорито пальцы прокручивают.

И не то, чтобы вас это волновало, но моя последняя строка на самом деле является красиво построенным заключением к более раннему анекдоту. Большинство людей плакали, когда читали это. Хотя это нормально.

Неудачник.

Выравниватель длинного чтения для последовательностей и контигов

Abstract

Выявление вариаций путем сопоставления считываний последовательностей одиночных молекул (SMS) или контигов из сборок SMS представляет собой сложную с вычислительной точки зрения задачу. Один из подходов к эффективному выравниванию считываний SMS — это разреженное динамическое программирование (SDP), при котором находятся оптимальные цепочки точных совпадений между последовательностью и геномом. В то время как прямые реализации SDP наказывают зазоры стоимостью, которая является линейной функцией длины зазора, биологическая вариация более точно представлена, когда стоимость зазора является вогнутой функцией длины зазора.Мы разработали метод lra, который использует SDP со штрафом за вогнутую стоимость зазора, и использовали lra для выравнивания последовательностей с длинным считыванием из инструментов PacBio и Oxford Nanopore (ONT), а также контигов сборки de novo. Такой подход к выравниванию увеличивает чувствительность и специфичность для обнаружения SV, особенно для вариантов размером более 1 Кбайт и при обнаружении отклонений от чтений ONT, имея время выполнения, сопоставимое (1,05–3,76 ×) с текущими методами. Применительно к вызову вариации из контигов сборки de novo существует 3.На 2% больше очков Truvari F1 по сравнению с minimap2 + htsbox. lra доступен в bioconda (https://anaconda.org/bioconda/lra) и github (https://github.com/ChaissonLab/LRA).

Сведения об авторе

Любые два генома человека будут иметь различия в последовательности в разных масштабах: от однонуклеотидных вариантов до больших приростов, потерь или перестроек ДНК, называемых структурными вариантами. Было показано, что секвенирование одной молекулы с длительным считыванием помогает обнаружить структурные вариации, поскольку считывания охватывают весь вариант.Вычислительная проблема для обнаружения структурного варианта состоит в том, чтобы найти оптимальное выравнивание считываемого изображения с геномом с пробелами, которые точно отражают вариант. Здесь мы демонстрируем метод lra, который использует эффективную реализацию выравнивания вогнутой стоимости для обнаружения структурных вариантов с использованием длинных чтений. На стандартизированных эталонных данных мы показываем, что обнаружение структурных вариантов улучшается для нескольких комбинаций алгоритмов обнаружения вариантов и последовательности с длинным считыванием с использованием выравниваний, созданных lra, по сравнению с существующими методами.Наконец, мы показываем, что можно использовать lra для точного обнаружения полного спектра структурных вариантов, используя сборки de novo, построенные на основе данных длинночитаемых последовательностей. Это подразумевает будущую модель сравнительной геномики, в которой варианты обнаруживаются только путем сравнения сборок de novo, а не сравнения прочтений с эталоном.

Образец цитирования: Ren J, Chaisson MJP (2021) lra: выравниватель длинного чтения для последовательностей и контигов. PLoS Comput Biol 17 (6): e1009078.https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078

Редактор: Ферхат Ай, Институт аллергии и иммунологии Ла-Хойя, США

Поступила: 04.12.2020; Принята к печати: 13 мая 2021 г .; Опубликован: 21 июня 2021 г.

Авторские права: © 2021 Ren, Chaisson. Это статья в открытом доступе, распространяемая в соответствии с условиями лицензии Creative Commons Attribution License, которая разрешает неограниченное использование, распространение и воспроизведение на любом носителе при условии указания автора и источника.

Доступность данных: HG002 Данные сборки hifisam можно загрузить по ссылкам: https://zenodo.org/record/43/files/NA24385.HiFi.hifiasm-0.12.hap1.fa.gz?download=1 https: //zenodo.org/record/43/files/NA24385.HiFi.hifiasm-0.12.hap2.fa.gz?download=1 Чтения ONT HG002 доступны в базе данных NCBI под регистрационным номером BioProject PRJNA678534. Чтения HG002 HiFi можно загрузить по ссылкам: https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_b207m1Q20.fastq https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_HiFi/19kb/m628_2011_190 us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_HiFi/20kb/m64011_1_220126.Q20.fast-qus.com /human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_HiFi/20kb/m64011_1_095311.Q20.fastq https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_HiFi/25kb/m64011_190 us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_HiFi/25kb/m64011_1_220327. /s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_CLR/WUSTL_SV-HG002-CLR14043_A01/.subreads.bam https://s3-us-west-2.amazonaws.com/human-pangenomics/index.html?prefix=NHGRI_UCSC_panel/HG002/hpp_HG002_NA24385_son_v1/PacBio_CLR/WUSTL_SV-103_CLR/WUSTL_SV-104_CLR_WUSTL_SV-105_C_04_04_04_04_05_04_04_04.js Варианты вызовов и набор специально подобранных инверсий доступны по адресу: https://figshare.com/articles/dataset/lra-supplemental-HG002-SV_vcf_tar_gz/13238717.

Финансирование: M.J.P.C. поддерживается NHGRI U24HG007497 и NHGRI 1U01HG010973. Финансирующие организации не играли никакой роли в дизайне исследования, сборе и анализе данных, принятии решения о публикации или подготовке рукописи.

Конкурирующие интересы: Авторы заявили об отсутствии конкурирующих интересов.

Это статья PLOS по вычислительной биологии «Методы».

Введение

Исследования генетической изменчивости часто начинаются с выравнивания последовательностей образца обратно с эталонным геномом и вывода вариации как различий в выравнивании. Долгое чтение, секвенирование одной молекулы (LRS) становится обычным методом секвенирования геномов.Две технологии, которые производят технологии LRS, Pacific Biosciences (PacBio) и Oxford Nanopore (ONT), генерируют чтения более 50 КБ с частотой ошибок 15% или меньше. Выравнивание этих последовательностей является сложной вычислительной задачей, для которой доступно несколько методов, включая minimap2, ngmlr и BLASR [1–3]. Доказано, что они довольно быстрые и точные, но имеют ограничения, особенно когда есть большие различия в последовательности между чтением и ссылкой. Эта проблема усиливается в сложных повторяющихся областях, таких как тандемные повторы с переменным числом, которые составляют всего 3% генома человека, но составляют почти 70% наблюдаемых структурных вариаций: вставки и делеции не менее 50 оснований (SV), и в более крупных SV [4].

Обычным подходом к картированию считываний LRS является заполнение и сцепление, при котором приблизительное выравнивание формируется на основе подмножества (цепочки) точных совпадений между последовательностью и геномом. Точные совпадения могут быть найдены с использованием различных структур данных, включая совпадения переменной длины с использованием индекса BWT-FM или массивов суффиксов [3], а также индексации на основе минимизатора [1]. Алгоритм связывания, используемый BLASR, использует линейную функцию разрыва стоимости для разреженно-динамического программирования (SDP) [5]. Хотя алгоритм сцепления эффективен, давно известно, что функции разрыва с линейной стоимостью не точно отражают биологическую вариацию [6], и было показано, что они уменьшают чувствительность для обнаружения SV из выравниваний LRS [2].

Как средства выравнивания Minimap2, так и ngmlr используют штрафы за пропуски, которые являются вогнутой функцией длины зазора, и продемонстрировали свою эффективность для сопоставления считываний LRS через SV с зазорами выравнивания, которые отражают биологические вариации. В Minimap2 для связывания используется эвристический алгоритм, в то время как ngmlr использует алгоритм динамического программирования, подобный Smith-Waterman. Существует точное решение для разреженного динамического программирования с функцией вогнутого зазора (CG-SDP) [7], которое немного менее эффективно, чем SDP с линейной стоимостью.Однако, как представлено, алгоритм требует асинхронной обработки и никогда не применялся для выравнивания последовательностей в вычислительной биологии. Кроме того, алгоритм не принимает во внимание такие структуры генома, как инверсии.

Дополнительной проблемой для открытия вариантов является эффективное выравнивание контигов, собранных из LRS, которые теперь имеют смежность наравне с начальным высвобождением генома человека [8-10]. Существующие методы существуют для выравнивания целых геномов, но не реализуют штрафов за вогнутые промежутки [11], являются низкими разрешениями [12] или разделенными выравниваниями между большими вариантами [1].Чтобы исследовать применение точного решения цепочки начальных значений разреженного динамического программирования с функцией вогнутого зазора для чтения и выравнивания сборки, мы разработали метод выравнивания — lra. Мы упростили реализацию алгоритма CG-SDP [7] и расширили его, чтобы учесть инверсии и транслокации. Наконец, мы демонстрируем, что этот подход может улучшить обнаружение SV, имея время выполнения наравне с современными методами.

Результаты

Мы сравнили метрики выравнивания и обнаружение вариантов на моделированной выборке данных из сборки генома человека GRCh48 и реальных данных секвенирования из HG002, включая три набора данных секвенирования: согласованное чтение PacBio (HiFi), однопроходное чтение PacBio (CLR) и ONT читает, как и на контигах из сборки de novo с разрешенным гаплотипом [10].Смоделированные данные были сопоставлены с GRCh48 для оценки точности картирования с геномом, который включает центромерные последовательности. Все реальные данные были нанесены на карту для построения GRCh47 с использованием специально отобранных вариантов для анализа точности [13]. Данные PacBio HiFi характеризуются высокой точностью чтения (> 99%) со средней длиной 19 Кбайт, по сравнению с чтением CLR, которое имеет точность около 80% и среднюю длину чтения 21 Кбайт. Данные ONT: точность 88% и средняя длина чтения 1,2 КБ. Распределение длин чтения показано на S1 и S2 рис.Все считанные наборы данных имеют более чем 40-кратный охват генома человека.

Результаты выравнивания и наборы вызовов структурных вариантов сравнивались с результатами, сгенерированными Minimap2 и ngmlr. При вычислении выравниваний в формате SAM с помощью minimap2 время выполнения lra и minimap2 сопоставимо. lra и minimap2 достигают одинаковой скорости на данных HiFi и ONT, хотя все они находятся в пределах 1,12. Minimap2 в 3,7 раза быстрее, чем lra в наборе данных CLR (Таблица 1). lra в 4–6 раз быстрее, чем ngmlr. Разница баз, выровненных lra и minimap2, находится в пределах 0.06–1%. Мы сравнили точность сопоставления lra, minimap2 и ngmlr на смоделированных данных HiFi, CLR для длин чтения от 5 до 50 кбайт и данных ONT для длин чтения от 1 до 50 кбайт. Чтения HiFi и CLR моделировались PBSIM (https://github.com/pfaucon/PBSIM-PacBio-Simulator), а данные ONT моделировались с помощью alchemy2, который распространяется с источником lra. Мы использовали paftools.js mapeval для оценки точности сопоставления по трем процентам перекрытия (10%, 40%, 70%), чтобы измерить изменение точности сопоставления с метрикой оценки процента перекрытия.Точность сопоставления lra для считываний с качеством сопоставления не менее 20 составляет 99,89%, 99,97% и 99,97% для HiFi, CLR и ONT соответственно, когда для правильного выравнивания требуется 40% перекрытие с смоделированным интервалом (рис. 1). По мере увеличения процента перекрытия с 10% до 70% точность сопоставления lra-выравнивания снижается на 0,1%, 0,09%, 0,03% для HiFi, CLR и ONT в mapqv 20 из-за различий в длинах последовательностей, выровненных в повторяющихся областях. В lra второй локальный индекс минимизатора используется для уточнения привязанных якорей и улучшения выравнивания (методы).Мы оценили точность отображения lra без шага уточнения локальными минимизаторами (S1 Text). Для смоделированных данных HiFi точность сопоставления почти не отличается по всем показателям процента перекрытия 10%, 40%, 70%, в то время как точность сопоставления на 70% упала ниже 0,90 и 0,97 для смоделированных чтений CLR и ONT, соответственно.

Рис. 1. Точность отображения.

Точность сопоставления lra, minimap2 и ngmlr на моделированном HiFi, CLR читает для длин от 5 до 50 кбайт, а ONT читает для длин от 1 до 50 кбайт.Смоделированные чтения были сопоставлены с геномом GRCh48. Считывание считается правильным отображением, если указанный интервал отображения имеет ≥ 10%, 40%, 70% перекрытия с интервалом истинности. paftools.js mapeval использовался для оценки точности отображения.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.g001

Распространенным применением LRS в генетике человека является обнаружение структурных вариаций [2, 14]. Мы оценили обнаружение SV из сопоставленных считываний с использованием комбинаций технологий, выравнивателей и алгоритмов вызова SV как на имитированных наборах данных, так и на реальных наборах данных.Чтения были сопоставлены с lra, pbmm2 / minimap2 и ngmlr, а варианты были обнаружены с помощью pbsv, Sniffles и cuteSV [2, 15, 16]. Метод pbmm2 инкапсулирует мини-карту 2 с параметрами, специфичными для технологии и обнаружения SV. Метод pbsv не выполнялся с использованием чтения ONT, поэтому анализ данных ONT методом pbsv опускается. В исследовании моделирования мы использовали SUVIVOR (https://github.com/fritzsedlazeck/SURVIVOR) для моделирования вставок, удалений, инверсий и более сложных вложенных SV, включая делеции-инверсии-удаления (INVDEL) и инвертированные дупликации (INVDUP).Мы смоделировали 195 вставок и делеций длиной от 50 до 10000 оснований, 97 инверсий с длиной от 600 до 2000 оснований и 100 INVDEL и INVDUP с длиной от 600 до 1000 оснований, соответственно, используя хромосомы 20-22 GRCh47 человеческого генома в качестве эталона. Считывания HiFi и CLR моделировались PBSIM, а чтения ONT моделировались alchemy2. Truvari (https://github.com/spiralgenetics/truvari) использовался для тестирования набора вызовов вставок, удалений и инверсий. Результаты вызовов pbsv и cuteSV показывают одинаковый результат F1 (> = 0.974, 0.979, 0.974) для выравнивания lra, minimap2 и ngmlr при вставке и удалении по всем типам данных. Все три выравнивателя достигли сопоставимых баллов F1 (> = 0,97) по инверсиям результатов вызова cuteSV по всем типам данных (таблица S3). Был более низкий балл F1 для вариантов, обнаруженных Sniffles при сопоставлении lra имитированных считываний CLR, что несовместимо с двумя другими вызывающими объектами. Сложные вложенные SV, такие как INVDEL, представляли большую проблему, особенно для считывания с более низкой точностью. Используя моделирование чтения Hi-Fi, lra правильно вызвала 98 из INVDEL и 94 из INVDUP, при этом все методы выравнивания выявляли по крайней мере 93 варианта в каждом наборе данных.Большинство вариантов INVDEL, обнаруженных выравниванием lra с использованием данных CLR (79), пропустили одну делецию, в то время как вызовы вариантов из minimap2 и ngmlr правильно определяют 94 и 74 варианта INVDEL соответственно. Другой шаблон существовал для данных ONT, где 1–2 правильных вызова были обнаружены от minimap2 / ngmlr, а 37 — от lra. Вызовы INVDUP были успешно обнаружены при выравнивании lra и ngmlr и представлены как вставки с помощью minimap2. Выравнивание lra привело к 99 и 100 вызовам от CLR и моделированного чтения ONT, а также к 98 вызовам ngmlr от обоих наборов данных (таблица S4).

Мы использовали pbsv и Sniffles для обнаружения изменений в данных HiFi, CLR и ONT; вызовы вариантов cuteSV имели более низкую точность данных PacBio при использовании нескольких методов выравнивания (таблица S7) и были исключены из анализа. Большинство SV имеют менее 500 оснований [14] и охватываются выравниванием LRS. Следовательно, вариантные вызовы с похожими представлениями пробелов должны иметь сходящиеся наборы вызовов, что может быть подтверждено путем сравнения вызовов SV из различных комбинаций алгоритмов. Наиболее последовательный вызов вариантов был обнаружен с использованием pbsv на обоих типах PacBio с использованием выравнивания lra и pbmm2.Эти наборы вызовов варьировались от 21 439 до 22 325 SV с разницей в 2,6–3,3% между алгоритмами выравнивания и 0,7–1,5% между типами данных (Таблица 2). По сравнению с вызовами pbsv, было больше различий между наборами вызовов, сгенерированными с помощью Sniffles, как для типов данных, так и для алгоритмов выравнивания, с диапазоном 16 689–27 001 SV на набор вызовов. Было меньше различий между размером наборов вызовов разных типов данных и одним и тем же алгоритмом выравнивания (средняя разница 624 для наборов вызовов pbsv) по сравнению с разными алгоритмами выравнивания, примененными к одним и тем же данным (средняя разница 2290 для наборов вызовов pbsv).Различия между наборами вызовов, не связанными с размещением пробелов, в целом измерялись путем сравнения наборов вызовов с фильтром низкой строгости: в пределах 50% длины и не более 1 КБ. Используя это определение перекрытия, наборы вызовов из данных PacBio с использованием pbsv были наиболее похожими: не более 20% вызовов были уникальными для метода выравнивания. При стратификации вариантов PacBio, уникальных для набора данных, они перекрываются с геномными особенностями, 29–46% вариантов перекрывают тандемные повторы и 15–56% перекрывают сегментные дупликации (SD) (таблица S2).Это указывает на то, что вызовы в тандемных повторах могут иметь разные точки останова и их трудно сравнивать с использованием стандартных подходов с перекрытием [13].

Большее количество вызовов может отражать более чувствительное обнаружение SV или просто фрагментацию вариантов. Чтобы оценить точность вариантных наборов вызовов, мы сравнили наборы вызовов с вызовами уровня 1 GIAB [13], используя Truvari. Наборы вызовов на основе lra и pbmm2 превосходят вызовы на основе ngmlr по точности и отзыву для всех типов данных (таблица 3 и рис. 2). В то время как оценки F1 фактически эквивалентны между вызовами вариантов на основе lra и pbmm2 на HiFi (0.970 против 0,968) и CLR (0,967 против 0,967) с использованием pbsv, наблюдается существенное улучшение вызовов по данным ONT, сделанным Sniffles (0,942 против 0,910). Это указывает на то, что большее количество вызовов в данных ONT, по крайней мере, частично связано с увеличением отзыва, особенно в больших (> 500 базовых) вставках, не влияя на точность в высококачественных областях, которые были установлены.

Рис. 2. Точность и отзывчивость наборов вызовов HG002 SV.

Точность и отзывчивость наборов вызовов SV из HG002 HiFi, CLR, ONT, сборки hifiasm, измеренная Truvari с использованием контрольных наборов вызовов SV Genome in a Bottle.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.g002

Хотя оценки F1 почти эквивалентны по данным PacBio, комбинация алгоритмов может способствовать более полной оценке генома LRS. Вызовы из выравниваний lra и pbmm2 составляют 83 и 43 уникальных вызова, соответственно, которые были аннотированы как истинные положительные результаты в наборах вызовов HiFi / pbsv, и 134, 133 уникальных вызова из наборов вызовов CLR / pbsv. Средняя длина однозначно названного истинно положительного SV среди этих наборов вызовов составляет 1986 п.н., что подчеркивает проблему обнаружения более длинных SV из выравниваний на основе чтения.Для дальнейшей оценки возможности набора вызовов быть более полными, варианты тестов, помеченные как ложноотрицательные, сравнивались с вариантами, обнаруженными непосредственно из выравниваний чтения. Каждый вызов, в котором не менее 20% считываний, перекрывающих вызов, имел SV того же типа с соотношением длин между 0,6–1,4, аннотировался как поддерживаемый ложноотрицательный (s / FN). От 14,5% до 83,2% аннотированных ложноотрицательных вызовов из наборов вызовов варианта pbsv и от 35,0% до 93,6% ложноотрицательных вызовов в наборах вызовов Sniffles считались s / FN.Кроме того, число поддерживаемых ложноотрицательных вызовов в наборах вызовов PacBio lra / pbsv на 13% больше по сравнению с наборами вызовов pbmm2 / pbsv, возможно, в результате настройки алгоритма обнаружения вариантов pbsv на вход, сгенерированный конкретным алгоритмом выравнивания.

Точность контрольных точек измерялась путем сравнения границ истинно положительных SV с контрольными точками истинных данных GIAB для каждой комбинации выравниватель / вызывающий. Мы измерили процент SV с идеальными границами контрольных точек и среднее расстояние смещения между самой левой координатой границ SV.Среднее расстояние смещения lra составляет 53 бит / с для всех типов данных и алгоритмов вызова SV, по сравнению со средним расстоянием смещения 46 бит для всех методов вызова выравнивателя / данных / SV. Процент SV с точными точками останова, вызванных из выравнивания lra, находится в диапазоне от 31 до 64% ​​по всем данным и алгоритмам вызова SV (таблица S5), что указывает, помимо выравнивания, точность точек останова также зависит от вызывающего SV.

Сравнение наборов вызовов показывает, что обнаружение инверсий и SV в сегментарных дупликациях остается сложной задачей.Вызовы инверсии были сгенерированы Sniffles. Мы отфильтровали вызовы, которые перекрывали центромеру. Каждый результирующий набор вызовов был вручную обработан с использованием точечных графиков сборок генома по сравнению с эталоном. Вызовы классифицировались как истинно положительные, если хотя бы один гаплотип демонстрировал инверсию, инвертированную дупликацию, если подпись точечной диаграммы была фиксированной инвертированной дупликацией или инвертированной транспозицией, ложноположительные, если оба гаплотипа не демонстрировали инверсию или инвертированную дупликацию, и NA, если невозможно подтвердить с помощью сборки, обычно в перицентрических областях.Для всех типов данных выравнивание на основе ngmlr обнаружило наибольшее количество инверсий и инвертированных дубликатов, помеченных как истинно-положительные, с вызовами в диапазоне от 8077 до 44 538 оснований (таблица 4). В среднем 75 инверсий и инвертированных дубликатов были обнаружены с использованием выравнивания ngmlr по сравнению с 61 для Minimap2 и lra, что указывает на то, что может потребоваться дополнительная разработка для точного обнаружения реаранжированной ДНК с минимальной вычислительной нагрузкой.

Когда глубина секвенирования является достаточно высокой, можно использовать комплексные сборки de novo с разрешенными гаплотипами для обнаружения вариаций вместо считывания выравниваний.Как lra, так и minimap2 использовали для выравнивания контигов сборки de novo HG002 с разрешенным гаплотипом, сконструированной ассемблером hifiasm [10]. Сборки гаплотипов разрешают 2,97 ГБ и 3,07 ГБ со значениями N50 50,55 и 42,92 МБ. Оба метода выравнивания имеют одинаковое время выполнения для выравнивания контигов сборки de novo и GRCh47, хотя lra требует 1,5-кратного объема памяти. С помощью каждого метода было картировано более 95% каждой сборки гаплотипа; 2,92 / 2,97 Гб были отображены с помощью minimap2, а 2,87 / 2.97 ГБ, сопоставленный lra. Невозможно было использовать ngmlr для выравнивания контигов. Варианты были обнаружены из выравнивания lra и minimap2 с помощью htsbox pileup -cuf . Звонки от разных гаплотипов, которые перекрываются не менее чем на 30%, определялись как гомозиготные, а остальные классифицировались как гетерозиготные. Кроме того, были удалены вызовы в областях центромер для наборов вызовов Minimap2 и lra. Это сгенерировало 25 982 вызова от lra и 26 341 от minimap2. Анализ вызовов Truvari дает оценку F1 0.955 для вызовов lra и 0,933 для вызовов миникарты 2 (таблица 5). 233 вызова из истинно-положительных аннотаций набора вызовов lra HiFi / pbsv отсутствуют в наборе вызовов сборки lra. При проверке, большинство этих пропущенных вызовов происходит из-за комбинации процесса, используемого для слияния вызовов гаплотипа в диплоидный набор вызовов, смещенных точек останова относительно аннотации GIAB и выпадения / замены гаплотипа de novo сборочных последовательностей.

В исследованиях разнообразия все чаще используются сборки SMS de novo для измерения вариации [17, 18], а не на основе секвенирования считываний.Интегрированный анализ областей генома, охваченных выравниванием сборки и вызовами необработанного считывания базовых методов множественного выравнивания и обнаружения SV, может помочь выявить степень, в которой вариации обнаружены и потенциально отсутствуют в высококачественном разрешенном гаплотипе de novo. сборка. Во всех технологиях чтения, алгоритмах выравнивания и методах обнаружения вариантов 167 уникальных вызовов, представляющих 0,6% среднего набора вызовов SV на основе чтения, находились в регионах, не отображаемых ни одним из гаплотипов сборки.Из них 113 находятся в сегментарных дупликациях (SD). Поскольку SD составляют примерно 5% генома человека, большинство областей SD, которые картируются с помощью чтения SMS в этом исследовании, собраны в геноме hifiasm. Выравнивания lra обнаруживают 53 и 60 больших SV (> 20 КБ) на общую сумму более 3 МБ из сборок гаплотипа 1 и гаплотипа 2, которые не встречаются в наборах вызовов чтения SV (текст S2). Поскольку длина SV отрицательно коррелирует с частотой аллелей и связана с обогащением значимых локусов общегеномных ассоциативных исследований [19], эти более крупные варианты представляют собой класс вариаций, который является биологически важным для открытия.

Набор вызовов с высокой степенью достоверности, используемый в анализе Truvari, содержит менее 10 000 SV, что составляет менее половины того, что ожидается в геноме человека. Чтобы измерить специфичность вызовов на основе сборок за пределами этого набора, SV, содержащийся в выравнивании чтения, сравнивался с SV, обнаруженным из сборок. SV, обнаруженный при отдельном чтении, поддерживал SV на основе сборки, если вызов был того же типа (например, вставка или удаление), находился в пределах 1 КБ, а соотношение длин SV было между 0.5–2. При использовании выровненных чтений PacBio CLR почти все (99,998–100%) SV, аннотированные Truvari как истинно-положительные, имели по крайней мере четыре поддерживающих чтения, выровненных lra или minimap2. При использовании этого подхода 98,3% SV с делецией lra и 98,7% SV с удалением минимальной карты 2 поддерживаются чтениями, а 99,1% / 99,7% SV вставки из lra / minimap2 поддерживаются чтениями (Таблица 6). Это больше, чем точность, измеренная Truvari для вызовов на основе сборки: 0,955 для lra и 0,933 для minimap2, что указывает на недооценку точности набора вызовов.При проверке вызовов SV, которые не поддерживаются выравниванием чтения, многие из них происходят из-за различного размещения промежутков, вызывая несогласованность длины SV между вызовами чтения и вызовами на основе сборки.

Материалы и методы

Выравнивание считываний и контигов с эталоном обычно определяется максимальной оценкой локального выравнивания запроса q с набором целевых последовательностей, вместе именуемых целевым t с бонусом совпадения и штрафы за несоответствие, пробелы и инверсии / транслокации.lra использует эвристику, чтобы найти приблизительное локальное выравнивание, используя обычно используемый подход посева, цепочки и уточнения, который был применен ко всем масштабам выравнивания от короткого, длинного чтения и выравнивания всего генома [3, 20, 21 ]. Каждое выравнивание проходит в четыре основных этапа: сопоставление исходной последовательности, кластеризация, сцепление и, наконец, уточнение выравнивания.

Многие недавние достижения были сделаны в отображении последовательностей с использованием субдискретизированного индекса по ссылке с использованием минимизаторов или локально чувствительного хеширования [22, 23].Индекс минимизатора параметризуется размером k-мер k и размером окна w и индексирует положение лексикографически наименее канонического k-мер в каждой последовательности длиной w в геноме. Мы разрабатываем вариант подхода минимизаторов, который использует адаптивные пороги, чтобы ограничить общее количество позиций, отобранных в уникальных областях генома, и увеличить выборку позиций рядом с паралоговоспецифичными вариантами, которые различают повторяющиеся области.

Оптимальные наборы совпадений между запросом и ссылкой выбираются в два этапа с помощью CG-SDP. Учитывая набор фрагментов Φ = { α 1 ,…, α n }, каждый фрагмент определяется начальной и конечной точками на декартовой плоскости и весом:. Основная формулировка CG-SDP состоит в том, чтобы определить цепочку фрагментов C ⊂ [1,…, n ], которая максимизирует (1) такая, что находится выше и правее, и зазор является вогнутой функцией.Алгоритм был представлен для цепочки с использованием модели стоимости вогнутого зазора [7], однако не существует методов согласования, которые реализуют этот подход. Этот метод был реализован в lra и расширен, чтобы разрешить инверсии в оптимальной цепочке. Кроме того, исходное описание алгоритма требует асинхронной обработки, которую мы обновили, чтобы использовать стандартные последовательные вычисления. Подробности определения минимизаторов и алгоритма цепочки приведены ниже.

Построение индекса минимизатора и сопоставление последовательностей

Мы добавляем три дополнительных параметра для создания индекса минимизатора: F M , N M и W G , которые ограничивают плотность выбранных минимизаторов.Исходный набор минимизаторов определяется в стандартном подходе с параметром минимизатора k-mer k и окном w [22]. Затем удаляются минимизаторы с кратностью больше F M . Затем ссылка разбивается на интервалы длиной W G , и остальные минимизаторы, начиная с каждого интервала, выбираются в порядке их множественности в геноме до тех пор, пока не будут получены первые N M минимизаторов. , в более упрощенной версии выборки взвешенного минимизатора [24].Различные настройки параметров используются для индексации генома для различных технологий секвенирования и выравнивания контигов. При индексировании генома для выравнивания считываний HiFi после фильтрации по порогу частоты F M осталось 867M минимизаторов из общего числа 1015M. Всего после финальной фильтрации было отобрано 117 млн ​​минимизаторов на основе N M и W G . Все минимизаторы из последовательности запроса сопоставляются с отфильтрованным набором минимизаторов из ссылки.Результатом сопоставления последовательностей является набор якорей A = { β 1 ,…, β n }, где β i — кортеж ( x i , y j , k ), где q [ x i , x i4 , +1 i4 , +1 i + k −1 ] запроса соответствует t [ y j , y j +1 ,…, y j j + k −1 ] цели.

Цепочки якорей для однопроходного чтения SMS с низкой точностью могут быть редкими или иметь ложные недиагональные совпадения в повторяющихся последовательностях. Подробное выравнивание может быть вычислено с использованием динамического программирования в области, которая связана цепочкой, однако, чтобы ограничить вычисления, необходимые для уточнения выравнивания, мы реализуем дополнительный индекс локальных минимизаторов, которые используются для уточнения выравнивания после выполнения грубой цепочки. Локальный индекс параметризован как k l < k , w l < w , а длина плитки W l и состоит из набор отдельных индексов минимизатора для интервалов последовательности длиной W l мозаичное размещение как по запросу, так и по цели.

Кластеризация

Хотя CG-SDP может применяться ко всем якорям A , для повышения эффективности используется жадный подход к кластеризации якорей, которые, вероятно, будут вместе в оптимальной цепочке. Эти кластеры могут использоваться для фильтрации ложных совпадений при считывании с низкой точностью или могут быть связаны непосредственно при считывании с высокой точностью и отображении контигов. При формировании выравниваний из связанных кластеров необходимо иметь этап уточнения кластера, который делит грубые кластеры на неперекрывающиеся мелкие кластеры, чтобы избежать цепочки, которая пропускает биологическую вариацию в повторяющихся последовательностях.

Грубая кластеризация.

Грубая кластеризация разбивает якоря на кластеры, представляющие приблизительные интервалы в запросе и цели, которые выровнены (рис. 3a), и служит для исключения зашумленных якорей, которые вряд ли будут связаны при выравнивании с помощью CG-SDP. Обозначение передней диагонали каждого анкера β i как f i = y i x i , обратная диагональ i = x i + y i , сортированный порядок анкеров O = [ o 1 ,…, o 4 ] определяется порядком расположения якорей по прямой диагонали, а затем по координате x .Обратный отсортированный порядок определяется аналогично сортировке по обратной диагонали и координате x . Это будет использоваться для обнаружения совмещений на обратной цепи, но поскольку операции такие же, как и на прямой цепи, даются только последующие шаги с использованием порядка сортировки вперед. Набор грубых кластеров определяется путем разделения O на неперекрывающиеся интервалы таким образом, чтобы каждая привязка, проиндексированная в интервале, имела диагональ в пределах D R предыдущей привязки в интервале.Интервалы назначаются жадно, причем первый интервал начинается с первого индекса в O , а последующие интервалы начинаются после промежутка более D R между якорями. Интервалы с небольшим количеством элементов (определяемые параметром minClusterSize ) отбрасываются, а грубые кластеры R = { R 1 ,…, R NR } определяются из набора якорей. включены в каждый интервал.Значение D R выбрано таким образом, чтобы грубые кластеры, вероятно, содержали не менее истинных привязок minClusterSize после чтения (по умолчанию 3 для CLR и ONT и 10 для HiFi / контигов). Для данных CLR и ONT мы эмпирически определили достаточное значение D R , равное 200 и 150 для HiFi и выравнивания контигов сборки. Для считывания с низкой точностью цепочки формируются путем запуска CG-SDP для всех совпадений, сохраненных в грубой кластеризации. Для обеспечения высокой точности чтения кластеры должны быть подвергнуты постобработке с тонкой кластеризацией перед объединением в цепочку.

Рис. 3. Пример кластеризации якорей до CG-SDP.

a , Два грубых кластера (синий и оранжевый), которые находятся далеко друг от друга на эталоне. b , начальные четыре мелких кластера, образованные непрерывными участками уникальных якорей. c , точный кластер-1 и точный кластер-2 объединяются, потому что их диагональная разница меньше, чем D F , а прогнозируемые расстояния между их конечными точками меньше, чем G dist .тонкий кластер-3 и тонкий кластер-4 не объединяются из-за большой диагональной разницы. d , Неуникальные якоря в трапеции между точным кластером-1 и точным кластером-2 добавляются к объединенному точному кластеру-1 вместе с неуникальными якорями в трапеции, определяемой началом грубого кластера-2 и начало штрафного кластера-3. e , Три мелких кластера получаются после грубой кластеризации и точной кластеризации. f-h , разделение перекрывающихся мелких кластеров: f , перекрытие кластеров. g , Границы разделенных кластеров, определяемые началом (красная точка) и концом (синяя точка). х , оптимальная цепочка расщепленных супер-фрагментов.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.g003

Тонкая кластеризация.

Для сопоставления показаний с высокой точностью каждый грубый кластер обрабатывается независимо путем разделения на неперекрывающиеся мелкие кластеры, где каждый тонкий кластер состоит из якорей на близкой диагонали D F , с конечными точками, которые не перекрываются.Первый шаг CG-SDP будет применен, чтобы связать мелкие кластеры и найти приблизительное выравнивание между q и t . Каждый точный кластер C j определяется всеми якорями, содержащимися в кластере, и конечными точками, и, где, — минимальные координаты x , y начальных точек всех привязок в C j , и, являются максимальными x , y координатами конечных точек всех якорей в C j .Чтобы определить мелкие кластеры, якоря в каждом грубом кластере сначала сортируются по декартовой координате. Внутри каждого грубого кластера привязка определяется как уникальная, если k-мер совпадения не повторяется в кластере. Тонкие кластеры инициализируются как серии уникальных якорей в декартовом порядке, которые находятся на близкой диагонали, а расстояние между концом одного якоря и началом следующего невелико (рис. 3b). Каждая пара мелких кластеров C j и C k объединяются, если их конечные точки имеют диагональную разность меньше D F и находятся в пределах декартовых расстояний G 90 dist (Рис. 3c), и все неуникальные якоря внутри трапеции, определенной с помощью, включаются в объединенный тонкий кластер (Рис. 3d и 3e).Оставшиеся неуникальные якоря, которые не добавлены в точный кластер, отбрасываются. На этапе точной кластеризации мы эмпирически обнаружили, что D F = 500 может различать якоря кластеризации в разных тандемных повторах и позволяет включать достаточное количество повторяющихся якорей в точные кластеры.

Разделение и объединение кластеров

Каждый тонкий кластер C j C определяет суперфрагмент F j , который в отличие от фрагментов минимизатора, которые имеют начальную и конечную точки на одной диагонали, конечные точки C j и не может располагаться по диагонали.Набор всех таких фрагментов — F , и оптимальная цепочка фрагментов будет определена с помощью CG-SDP. Однако, учитывая прямоугольники, определяемые границами каждого фрагмента, алгоритм CG-SDP выбирает только фрагменты с неперекрывающимися прямоугольниками в оптимальной цепочке. Из-за повторяющейся природы геномов это может привести к ошибочно пропущенным фрагментам. Чтобы учесть это, мелкие кластеры разделяются по перекрывающимся границам (рис. 3g). Координаты начала и конца всех мелких кластеров хранятся в наборе, который запрашивается для поиска граничных точек, появляющихся в диапазоне каждого мелкого кластера.Координаты каждого разбитого кластера устанавливаются в соответствии с первым / последним якорями, появляющимися после / перед граничной точкой. Затем с помощью CG-SDP на F находят оптимальную цепочку фрагментов F SDP F с соответствующими кластерами C SDP .

Доработка кластера

Оптимальная цепочка суперфрагментов C SDP содержит якоря, по которым будет определяться оптимальное выравнивание.Попарное выравнивание может быть создано с использованием динамического программирования на подстроках между совпадениями минимизатора, однако для считывания с высокой частотой ошибок совпадения разрежены, а длина подстрок может быть слишком большой для эффективного вычисления или иметь слишком большой диагональный зазор для использования. полосатое выравнивание. Второй шаг привязки с использованием индекса локального минимизатора используется для обнаружения более коротких и более плотных привязок. Индекс локального минимизатора содержит и отдельные индексы минимизатора для целевой и запрашиваемой последовательностей, которые индексируют каждую подстроку листов длиной W l , с учетом относительного положения подстрок в каждой последовательности.Каждая пара подстрок из q и t , которые имеют привязку в C OPT , сравниваются с использованием их индексов локального минимизатора для создания результирующего набора привязок A local . Чтобы сократить время выполнения CG-SDP на A local , якоря, расположенные рядом в декартовом порядке сортировки и расположенные на одной диагонали, объединяются. Длина любого объединенного якоря — это разница от последней конечной точки до первой начальной точки.Полученные объединенные фрагменты объединяются в цепочку с помощью CG-SDP, как описано в разделе «Постановка задачи цепочки», а якоря в этой цепочке обозначаются как A local opt .

Уточнение центровки

Линейное выравнивание используется для создания попарного выравнивания между анкерами в A локальное opt . Мы предполагаем, что большие промежутки между якорями могут быть смоделированы с использованием аффинного выравнивания, которое допускает один большой промежуток без штрафов.Учитывая две последовательности q local и t local , матрицу соответствия M , штраф за пропуск δ и полосу выравнивания B , предположим, что | q местный | <| т местный | — Б . Матрица с более низким значением S с более низким рассчитывается для типичной полосовой полосы выравнивания B и штрафа за разрыв δ , e.г, если | i j | ≤ B , иначе —∞. Затем вычисляется матрица с верхней диагональю, которая допускает один переход от нижней матрицы с полосатым выравниванием. Обозначение длины q local и t local как l q и l t : (2)

Постановка проблемы сцепления

Определим набор фрагментов Φ = { α 1 ,…, α n }.Каждый фрагмент α i связан с нижней левой начальной точкой и верхней правой конечной точкой, а также оценкой l i . Для фрагментов минимизатора верхние правые конечные точки находятся на фиксированном расстоянии от нижних точек, например . Для суперфрагментов, определяемых мелкими кластерами, конечные и начальные точки могут не находиться на одной диагонали. Начальная точка фрагмента α обозначена s ( α ), а конечная e ( α ).Точка ( x i , y i ) выше ( x j , y j ), если x x 9 > x j , y i > y j (наоборот ( x j , 4 4 j , 43 y , 43) ниже ( x i , y i )).Оценка сцепления определяется уравнением 1, где — вогнутая функция от разности прямых диагоналей конечной точки и начальной точки α C j + 1 . Наивный способ решения этой проблемы занимает O ( n 2 ) по времени. При применении CG-SDP [7] время выполнения составляет O ( n log ( n ) 2 ). Ниже решение, предоставленное Эппштейном, Галилом и Джанкарло, описано как с большей ясностью по сравнению с исходным описанием, так и с модификацией, которая позволяет выполнять вычисления с синхронным вычислением.Наконец, метод расширен, чтобы учесть обращения, аналогичные [25].

Алгоритм SDP с функцией стоимости вогнутого зазора — определение подзадач.

Для простоты предположим, что обе последовательности имеют одинаковую длину l и что все точки находятся в [0, l ) (например, сдвинуты на минимальную координату x и y ) и находятся на l. × л сетка. Чтобы ускорить алгоритм связывания, поиск фрагмента, который предшествует другому в оптимальной цепочке, делится на несколько перекрывающихся подзадач, которые могут быть решены независимо и более эффективно, чем наивное сканирование, и глобально оптимальная оценка для каждой точки выбирается из каждой из подзадачи, которые перекрывают его.Каждая подзадача делит блок из t под столбцов или строк пространства поиска на A -часть и B -частное покрытие и столбцы / строки соответственно, где -часть содержит все endpoints и B -part содержит все начальные точки в соответствующих столбцах / строках. Когда размер подзадачи составляет только один столбец / строку, A -часть соответствующей подзадачи устанавливается пустой. Каждая подзадача описывается меткой d ∈ { столбец , строка }, начальной и конечной строками и столбцами подзадачи A . с , А . e , B . с , B . e , а также набор списков, совместно называемых DATA , которые используются при вычислении оптимальных цепочек. Полный набор подзадач Sub ( d , s , e ) генерируется рекурсивно как: (3)

Более подробный псевдокод для этого разбиения приведен в алгоритме S1. На рис. 4 показано разделение подзадач на столбцы и строки в простом случае с шестью фрагментами.

Рис 4. Визуализация разделов подзадач.

Структуры данных, необходимые для каждой подзадачи: D I , D V , D P , E I 9034 V , E P , E L и E B после обработки всех 12 точек.Точки нумеруются в порядке обработки (декартово отсортировано). 12 точек назначаются на три подзадачи столбца, и подзадачу одной строки, где начальные точки назначаются части A , а конечные точки — части B . Подзадачи Leaf для простоты не показаны. Начало и Конец используются для отслеживания оптимальной цепочки. Start сохраняет подзадачи — индекс подзадачи, который дает оптимальную оценку цепочки до начальной точки и ind φ ( E I , f i ), где f i — диагональ начальной точки. End сохраняет оптимальное значение для каждой конечной точки. В этом примере с игрушкой бонус совпадения каждого фрагмента равен 2, а функция стоимости разрыва для добавления фрагмента α j до фрагмента α i is, где конечная точка α i и является начальной точкой α j . Конец указывает на то, что есть три оптимальные цепочки, достигающие оптимального значения: 2.8. При обратном отслеживании цепочка-1: точка-1, точка-2, точка-3, точка-6, цепочка-2: точка-1, точка-2, точка-5, точка-9 и цепочка-3: точка-7, точка-10, точка-11, точка-12.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.g004

Каждая подзадача обрабатывается путем нахождения оптимальной конечной точки из части A , которая предшествует каждой начальной точке в соответствующей части B . Для начальной точки p i , которая назначена частям B набора подзадач на основе столбцов, объединение частей A этих подзадач формирует всю плоскость слева точки.Точно так же для начальной точки, назначенной части B набора подзадач строки, объединение частей A этих подзадач образует плоскость ниже точки. После решения для оптимальной предыдущей конечной точки во всех подзадачах, в которых содержится p i , точка с максимальной оценкой среди этих конечных точек является глобальной оптимальной, которая представляет оптимальную цепочку от всех конечных точек ниже и до слева от p i .

После определения подзадач элементы списка DATA выделяются и инициализируются. Следующие элементы связаны с A -частью подзадачи столбец / строка:

  • D I : Прямые диагонали в порядке возрастания / убывания перекрываются конечными точками в части A .
  • D V : Оптимальная оценка цепочки для диагоналей, перекрываемых конечными точками в A -части. D V [ s ] содержит оптимальное значение прямой диагонали D I [ s ].
  • D P : Указатель точки с оптимальной оценкой по диагонали. D P [ s ] указывает точку с наилучшей оценкой D V [ s ].

Следующие элементы связаны с B -частью подзадачи столбец / строка:

  • E I : Прямые диагонали в порядке возрастания / убывания перекрываются начальными точками в части B .
  • E V : аналогично D V , локально лучшее значение цепочки.
  • E P : Индекс передней диагонали в D I , что приводит к лучшему значению цепочки E V [ s ] для передней диагонали E I [ s ].
  • E B : структура блока, используемая при вычислении E V .
  • E L : Индекс последнего значения в D V , используемый для вычисления значений в E V .

Для каждой точки у нас есть два списка, которые ссылаются на подзадачи, в которых содержится точка:

  • SA , Список подзадач, которые содержат точку, которая находится в A -части подзадачи.
  • SB , Список подзадач, которые содержат точку, которая находится в B -части подзадачи

Для краткости описания метода операции φ ( D I , f ) и φ ( E I , f ) равны определено, чтобы дать индекс диагонали f в D I и E I , соответственно.

Алгоритм SDP с функцией стоимости вогнутого зазора — решение подзадач.

Исходное описание CG-SDP, использует асинхронную обработку при решении подзадач [7]. Здесь мы даем альтернативное описание алгоритма и предлагаем подход к решению подзадач таким образом, который позволяет синхронную обработку точек в декартовом порядке для более простой реализации. Сначала описывается структура для решения подзадачи, а затем приводится порядок точек обработки для решения оптимальной цепочки фрагментов.

Для любой подзадачи оптимальные цепочки между конечными точками в части A и начальными точками в части B находятся с помощью D I , D V , D P , E I , E V , E P массивы, переменные E E и список блоков Б .Рассмотрим две точки p a в части A и p b в части B , которые находятся на диагоналях f a и 4 b соответственно. Инвариант для любой подзадачи состоит в том, что если оптимальная цепочка, заканчивающаяся фрагментом, имеющим конечную точку p a , была решена и обозначена как Оценка ( p a ), оценка сцепление p a с p b is Оценка ( p a ) + разрыв (| f f 9000 f a |).Поскольку стоимость зазора зависит только от диагонали, а не от координат точки, все точки в части A на той же диагонали f a будут иметь одинаковую стоимость для цепочки с p b . В более общем смысле, оценка для связывания любой начальной точки в B -части с конечной точкой в ​​ A -части равна оценке связывания диагонали в B с диагональю в A . Оценка оптимальной цепи до точки p b в B -часть, E V [ j ], где j = φ ( E I , f b ), для задач на основе столбцов можно найти как: (4)

Для подзадач на основе строк: (5)

Наивный подход к решению для всех значений E V масштабируется квадратично как O (| E V || D V |).Проблема такой формы: (6) где w — вогнутая функция, а D [ k ] — линейное преобразование E [ k ], было решено в O (| D | log | E |) время с использованием структуры данных вспомогательного блока E B [26, 27]. В этом решении итерация выполняется за один проход по массиву D . После каждой итерации i инвариант сохраняется: каждый элемент в E был установлен для ссылки, какой элемент префикса D [1,…, n ] дает минимальное значение для уравнения (6).Эффективность достигается за счет не обновления E явно, а за счет сохранения индексов в структуре данных E B , которые могут быть обновлены в журнале (| E |) времени, применяя функцию Update ( D [ i ], E B ) на каждой итерации. В структуре данных E B есть операция, которая может восстановить E , E [ k ] = Ω ( E B , k ).Подробности E B и Обновление могут быть получены из [27]. В приложении к CG-SDP D заменяется на D V и E на E V , а уравнения (4) и (5) решают оптимальные цепочки. между диагоналями подзадачи A и диагоналями B подзадачи столбца и строки соответственно. Важной деталью в нашей реализации является то, что в задачах на основе столбцов операция Update влияет только на ссылки в E V , которые находятся на большей или равной диагонали, чем текущий элемент в D V , а для элементов задач на основе строк в E V затрагиваются только диагонали, которые меньше текущего элемента в D V .Однако напрямую применить уравнения (4) и (5) невозможно. Поскольку точки обрабатываются в декартовом порядке, но D V в прямом диагональном порядке, значения D V не решаются в порядке возрастания и не все значения D V гарантированно решается при вычислении значений E V . В [7] это объясняется асинхронными вычислениями.Ниже описан подход к решению с использованием стандартной модели вычислений путем вызова Update ( D V [ i ], E B ) с использованием подмножеств D V по мере того, как они стали известны. В отличие от обычной модели «разделяй и властвуй», где подзадачи полностью решаются перед объединением в глобальное решение, это решает части подзадач на каждой итерации.

точек обрабатываются в порядке x и затем y координаты, определяя значение оптимальной цепочки до текущей обработанной точки.Значение начальной точки — это значение оптимальной цепочки, которая связывает начальную точку с конечной точкой под ней. Когда ни одна конечная точка не находится ниже начальной точки, значение этой начальной точки тривиально устанавливается на 0. Значение конечной точки — это просто значение оптимальной цепочки, предшествующей соответствующей начальной точке, плюс значение фрагмента.

При обработке конечной точки p i , начальная точка p s соответствующего фрагмента α i была решена, поскольку точки обрабатываются в декартовом порядке.Ценность цепочки в конечной точке составляет Оценка ( p s ) + l i , где l i — бонус матча α и . Чтобы p i использовалось при решении для начальных точек, которые находятся выше него, значение D V должно быть обновлено в подзадачах, для которых p i является точкой в ​​части A .Список SA используется для определения, какие подзадачи содержат p i в A -частях. Предположим, что передняя диагональ p i равна f i . В каждой подзадаче в SA , Оценка ( p i ) передается в D V [ j ] и D V ] установлен на максимальное значение { Оценка ( p i ), D V [ j ]}, где j = φ ( D I D I D I , f i ) и D P [ j ] устанавливается на i , если D V [ j.

При обработке начальной точки p i , оптимальное значение должно быть вычислено в каждой из B -частей подзадач, которые включают p i , а глобальное оптимальное значение будет выбранный среди них. Для любой подзадачи это может быть достигнуто путем решения для E V [ j ] с использованием уравнения (4) для подзадач на основе столбцов или уравнения (5) для подзадач на основе строк, где j = φ ( E I , f i ) и f i — это диагональ p i .Для подзадачи на основе столбцов это требует, чтобы значения D V [ k ] были решены, где D I [ k ] ≤ f i , а для подзадач на основе строк должны быть решены значения D V [ k ], где D I [ k ]> f я .Они соответствуют точкам перекрытия диагоналей, которые попадают в область ниже и слева от p i , и это именно то, что было обработано при решении для точек в декартовом порядке сортировки. Таким образом, все требуемые значения в массивах D V (но не во всем массиве D V ) доступны при решении для p i .

Значение E V [ j ] является оптимальным сразу Обновление ( D V [ k ], E B ) было вызвано на всех диагоналях, которые содержат потенциальных предшественников точек на диагонали E I [ j ].Функция Обновление ( D V [ k ], E B ) должна вызываться только один раз для каждого элемента в D V и в порядке возрастания. Однако, поскольку точки обрабатываются в декартовом порядке сортировки, значения E V решаются в произвольном порядке и вызывается Update ( D V [ k ], E B ) может ссылаться на элементы в D V несколько раз.Чтобы учесть это, мы поддерживаем индекс E L для каждой подзадачи, который отслеживает последний элемент D V , который был обработан Update ( D V [ k ], E B ). Перед решением любых точек E L инициализируется значением -1 в каждой подзадаче, а при обработке точки будут назначены для ссылки на самую последнюю обновленную диагональ из D V .При обработке начальной точки p i в подзадаче на основе столбцов необходимо решить E V [ j ], где j = φ ( E I , f i ). Если D I [ E L ]> f i , Обновление было вызвано для всех значений D 4 V V V [ j ], и состояние E B содержит оптимальное значение для E V [ j ], так что его можно вычислить сразу из Ω ( E B , j ).В противном случае Обновление ( D V [ k ], E B ) вызывается для E L < k <, где D I [ C ] — первая диагональ слева, которая больше f i в массиве D I и E [ j ] может быть вычислено из Ω ( E B , j ).Аналогично, для подзадач на основе строк, если f i D I [ E L ], значение E j 90 ] может быть назначен сразу из Ω ( E B , j ), где j = φ ( E I , f i ). В противном случае Обновление ( D V [ k ], E B ) вызывается для E L < k <, где D I [ C ] — первая диагональ слева, которая меньше или равна f i в массиве D I и E В [ j ] можно получить из Ω ( E B , j ).Сравнивая значения E V [ j ] из всех подзадач в списке начальных точек SB p i , максимальное значение для p i будет быть полученным и сохраненным. Псевдокод и подробный пример решения точек и решения подзадач приведены в алгоритме S2 и на рис.

на S3.
Расширение до инверсионных случаев.

Это расширение вдохновлено работой [25].Как объяснялось в предыдущем разделе, при объединении фрагментов в прямом направлении две точки — нижняя левая начальная точка и верхняя правая конечная точка будут связаны с каждым фрагментом α i . может быть привязан к конечной точке ниже и слева от нее и может быть предшественником начальной точки выше и справа от нее. Чтобы позволить инверсии происходить, фрагменты должны быть связаны в обратном направлении. Чтобы учесть это, мы связываем еще две точки с каждым фрагментом α i , которые являются верхней левой начальной точкой и нижней правой конечной точкой.Начальная точка может быть связана только с конечной точкой некоторого другого фрагмента α j , который удовлетворяет. Конечная точка может предшествовать начальной точке некоторого другого фрагмента α k , который удовлетворяет. « и могут быть представлены как s 1 ( i ), e 1 ( i ), s 2 ( i ) и e 2 ( i ) соответственно. Привязка фрагмента α i к фрагменту α j в обратном направлении равна привязке начальной точки с 2 ( α i ) к конечной точке 9 2 ( α j ).Стоимость добавления с 2 ( α i ) к с 2 ( α j ) в обратном направлении составляет зазор об. ( α j , α i ), которая является вогнутой функцией разницы между обратными диагоналями фрагментов α i и α j .Короче говоря, s 2 ( α ) и e 2 ( α ) каждого фрагмента α будет отвечать за возможное сцепление α в обратном направлении, а s 1 ( α ) и e 1 ( α ) будут отвечать за прямое направление.

Мы использовали ту же схему разделения подзадач столбцов и строк, чтобы отсортировать все точки s 1 и e 1 и распределить их по подзадачам столбца 1 и строки 1.Затем все точки s 2 и e 2 сортируются и таким же образом назначаются для подзадач столбца 2 и строки 2. Массивы D I , D V , D P , E I , E E 9034 , E 9034 9034 P , структура блока E B и переменная E L выделяются и инициализируются для каждой подзадачи.Перечисляет SA 1 и SA 2 ссылочные подзадачи столбец-1 / строка-1 и столбец-2 / строка-2, в которых находится каждая конечная точка e 1 и e 2 соответственно. Точно так же списки SB 1 и SB 2 ссылаются на подзадачи столбец-1 / строка-1 и столбец-2 / строка-2, начальные точки которых составляют s 1 и s 2 соответственно. Единственная разница между подзадачами столбец-2 / строка-2 и столбец-1 / строка-1 заключается в том, что столбец-2 / строка-2 хранит обратную диагональ вместо прямой диагонали в D I и E I массивов.

Шаги для решения подзадач, позволяющие создавать цепочки как в прямом, так и в обратном направлениях, очень похожи на алгоритм раздела SDP с функцией стоимости вогнутого промежутка — преодоление подзадач. Точки обрабатываются в порядке x , а затем y координаты. Когда начальная точка с 1 ( α i ) обрабатывается, E V [ j ], где j = φ ( E I , f i ) и f i — прямая диагональ, будет вычисляться из подзадач столбца 1 / строки 1 в SB 1 .Максимальное значение E V [ j ] из этих подзадач является значением оптимальной цепочки до с 1 ( α i ), Оценка ( с 1 ( α i )), где s 1 ( α i ) напрямую привязан к конечной точке e 1 ( α j ) ниже и к слева от него. Аналогично, когда обрабатывается начальная точка s 2 ( α i ), E V [ j ], где j = φ ( E I , r i ) и r i — обратная диагональ, будет вычисляться из подзадач столбца 2 / строки 2 в SB 2 .Максимальное значение E V [ j ] этих подзадач является значением оптимальной цепочки до с 2 ( α i ), Оценка ( с 2 ( α i )), где s 2 ( α i ) обратно привязан к конечной точке e 2 ( α k ) вверху и к слева от него.

После решения с 1 ( α i ) и с 2 ( α i ) для фрагмента α i , значение оптимальной цепочки вверх к фрагменту α i можно рассчитать как Оценка ( α i ) = макс { Оценка ( с 1 ( α i ), ) Оценка ( с 2 ( α i ))} + l ( α i ), где l ( α i) 9000 Матчевый бонус фрагмента α i .Эта оптимальная цепочка выбирается из всех возможных цепочек, в которых фрагмент α i прямо или обратно связан с предшественником слева. При решении e 1 ( α i ), Score ( α i ) будет передан в массив D V [ j ] где j = φ ( E I , f i ) и f i — передняя диагональ, для подзадач столбца 1 / строки 1 в SA 1 D P [ j ] будет обновлено до индекса точки e 1 ( α i ), если Score ( α i 90 )> D V [ j ]. Аналогичным образом, когда обрабатывается e 2 ( α i ), Score ( α i ) будет передан в массив D V столбца- 2 / строка-2 подзадачи в SA 2 и D P будут обновлены.

Таким образом, добавление двух точек s 2 ( α ) и e 2 ( α ) для каждого фрагмента α позволяет связать α в обратном направлении. При этом общая временная сложность и объем памяти остаются ограниченными O ( n (log ( n ) 2 )), где n — общее количество фрагментов.

Временная сложность.

Предположим, что всего имеется n фрагментов, список SB / SA содержит O (log ( n )) подзадач, в которых находится точка.В разделе «Алгоритм SDP с функцией стоимости вогнутого зазора — решение подзадач» мы упоминаем, что когда обрабатывается начальная точка p i с прямой диагональю f i , выполняется обновление Update ( D ). V [ k ], E B ) вызывается для E L < k < C , где D I C ] — первая диагональ слева, которая больше / меньше или равна f i в подзадачах столбца / строки.И E V [ j ] можно получить за O (log ( n )) времени из структуры блока E B , позвонив в Ω ( E ) B , j ), где j = φ ( E I , f i ). Процедура Обновление может вызываться несколько раз для отправной точки в каждой подзадаче.Чтобы упростить количественную оценку общей временной сложности процедур Update , мы считаем, что каждая процедура Update вызывается сразу после обновления D V [ j ] некоторой конечной точкой p i с диагональю f i , где j = φ ( E I , f i ).Когда конечная точка решается, с ней связано O (log ( n )) подзадач, и в каждой подзадаче Update требуется O (log ( n )) для выполнения. Следовательно, для решения подзадач, связанных с конечной точкой, требуется O ((log ( n )) 2 ) времени. Когда начальная точка обрабатывается, существует O (log ( n )) подзадач, в которых она находится, и в каждой подзадаче E V [ j ] можно вычислить из структуры блока E B в O (log ( n )) времени.Следовательно, для решения подзадач, связанных с начальной точкой, требуется O ((log ( n )) 2 ) времени. Поскольку всего имеется n фрагментов, временная сложность обработки всех точек и подзадач ограничена O ( n log ( n ) 2 ).

Обсуждение

Первоначальное описание CG-SDP было дано в 1992 году в двух публикациях, одна посвящена функции разрыва аффинной стоимости, а другая — функции разрыва вогнутой стоимости [7, 28].Хотя было много реализаций SDP по аффинной стоимости, методы выравнивания последовательностей не были реализованы с использованием SDP с функцией разрыва вогнутой стоимости. В исходном описании алгоритма обработка начальной точки блокируется до тех пор, пока не будут решены все подзадачи, на которые она опирается, а затем процесс разблокируется и обработка возобновится. Мы обнаружили, что в этой стратегии блокировки и разблокировки нет необходимости, и добавление структур данных для отслеживания состояния вычисления подзадач позволяет решить проблему со стандартной моделью вычислений.Мы использовали две дополнительные стратегии для эффективного использования SDP в lra: итеративный процесс уточнения, когда большое количество якорей из начального поиска минимизатора группируется в небольшие суперфрагменты, которые объединяются в цепочку с помощью SDP, и как только было обнаружено грубое выравнивание, новый набор совпадений с меньшими якорями рассчитывается с использованием локальных индексов миминизатора. В результате выравнивание имеет ту же скорость, что и современные алгоритмы, без необходимости обработки множества данных с одной инструкцией (SIMD); время выполнения было медленнее при использовании библиотеки выравнивания SIMD [29], возможно, из-за накладных расходов на вызов функций библиотеки.

Выравнивания lra имеют конкурентоспособное время выполнения и использование памяти по сравнению с minimap2. Используя два разных алгоритма обнаружения SV, pbsv и Sniffles, мы показываем, что можно использовать выравнивание lra для обнаружения SV с использованием PacBio HiFi, CLR и чтения Oxford Nanopore, а также непосредственно из выровненных контигов сборки de novo . Производительность обнаружения SV с использованием операций чтения PacBio и алгоритма pbsv одинакова для lra и minimap2, при этом lra демонстрирует небольшой выигрыш в запоминании по сравнению с более крупными событиями SV.Важно отметить, что наличие нескольких алгоритмов выравнивания может помочь улучшить результаты исследований, требующих высокой чувствительности и специфичности, таких как менделевский анализ. Значительное улучшение показателей обнаружения SV для данных ONT, согласованных lra, дополнительно подчеркивает полезность использования нескольких алгоритмов для анализа данных секвенирования.

Наконец, поскольку сборка геномов de novo становится все более рутинной, важно иметь точные методы обнаружения SV из выравнивания контигов.Мы использовали lra для выравнивания генома с разрешенным гаплотипом, собранного из PacBio HiFi считывает и обнаруживает SV. По сравнению с данными теста GIAB SV, выравнивание lra показывает немного более низкую точность и отзыв, чем обнаружение SV на основе чтения. Однако, когда SV на основе сборки сравнивается с SV, обнаруженным в наборе данных ортогонального чтения, почти все (> 98,8%) варианты, обнаруженные из сборок, поддерживаются выравниванием чтения. Это указывает на то, что некоторые различия между сборкой на основе HiFi и эталоном связаны с ошибкой сборки, а аннотированная точность набора вызовов, вероятно, недооценена.Вариант набора вызовов — это, по сути, список операций, которые могут быть применены к эталонному геному для реконструкции образца генома. Поскольку сборка HiFi имеет несколько ошибок сборки в той же шкале размера, что и SV, это поддерживает разработку альтернативной модели для проверки наборов вызовов SV, в которой реконструированный геном сравнивается со сборкой с разрешенным гаплотипом, а не путем сравнения наборов вызовов. Это может использоваться для проверки вызовов внутри областей с высокой степенью достоверности, определенных, где сборка с разрешенным гаплотипом была уверенно сгенерирована.

Вспомогательная информация

S3 Рис. Подробный пример визуализации разделения подзадач.

Структуры данных для каждой подзадачи: D I , D V , D P , E I 9034 E V , E P , E L , E B и процесс решения подзадач.Горизонтальная ось представляет запрос, а вертикальная ось — цель. Точки нумеруются в декартовом порядке сортировки, что соответствует порядку обработки. 12 точек назначаются на три подзадачи столбца, и подзадачу одной строки, где начальные точки назначаются части A , а конечные точки — части B . Подзадачи Leaf для простоты не показаны. Начало и конец используются для отслеживания оптимальной цепочки. Start сохраняет подзадачи — индекс подзадачи, который дает оптимальную оценку цепочки до начальной точки, и ind — индекс f i в массиве E I , то есть φ ( E I , f i ), где f i — диагональ начальной точки. End сохраняет оптимальное значение для каждой конечной точки. В этом примере с игрушкой стоимость зазора для добавления фрагмента α j к фрагменту α i равна, где конечная точка α i и начальная точка α к . m , показывает области, которые покрывает каждая подзадача, и инициализированные структуры данных для каждой подзадачи. Есть три подзадачи столбца и подзадачи одной строки (листовые подзадачи не показаны для простоты):,, и. a l показывает, как обновляются структуры данных подзадач, связанных с точкой, обрабатываемой на каждом этапе. Обратите внимание, что обновляемые записи выделяются оранжевым цветом. a , показывает для начальная точка — 1, это конечная подзадача, которая дает значение оптимальной цепочки до начальной точки — 1. b , показывает при обработке конечная точка — 2, оптимальное значение увеличивается к нему Оценка ( начальная точка — 1) + 2, где 2 — это бонус матча для фрагмента.Затем обновляется массив End . Поскольку конечная точка -2 находится в«, соответствующие записи D V обновляются до 2, а соответствующие D P записи обновляются до индекса конечной точки — 2. c , показывает при обработке startpoint -3, он находится в B -частях подзадач и. начальная точка — 3 расположена в E I [2] оф, поэтому будет вызвано обновление ( D V [0], E B ) чтобы получить значение E V [2].Выделение фиолетовым цветом показывает, какие прямые диагонали в E V будут обновлены на D V [0]. E P [2] будет обновлено, чтобы указать на D I [0]. начальная точка — 3 расположена в E I [2] из и без прямых диагоналей в D I используется для обновления E V [2].Следовательно, в Start , sub и ind для startpoint — 3 обновляются до, 2. d , показывает при обработке startpoint -4, он находится в E И [0] оф. Поскольку в D нет прямой диагонали I можно использовать для обновления E V [0], это листовая подзадача, которая дает оптимальное значение цепочки до начальной точки — 4 в Старт . e , показывает при обработке startpoint -5, он находится в и. В случае отсутствия прямой диагонали можно использовать для обновления E V [1]. В, Обновление ( D V [0], E B ) вызывается для обновления структуры блока E B , поэтому E E [1] и E V [2] будут вычисляться из E B Start , sub и ind для startpoint -5 обновляются до, 1. f , g , h , i , j , k , l : показать решение подзадач и обновление структур данных для остальных точек. После обработки всех 12 точек можно получить три оптимальные цепочки путем обратного отслеживания: цепочка — 1 = [ начальная точка — 1, конечная точка — 2, начальная точка — 3, конечная точка — 6], цепочка — 2 = [ начальная точка — 1, конечная точка — 2, начальная точка — 5, конечная точка — 9] и цепочка — 3 = [ начальная точка — 7, конечная точка — 10 , начальная точка — 11, конечная точка — 12].

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s003

(PDF)

S3 Стол. Сравнение результата Truvari для всех комбинаций выравнивателей и вызывающих SV на смоделированных наборах данных HiFi, CLR и ONT с смоделированными SV.

SV: Indels (вставки и удаления), инверсии моделировались SUVIVOR. Все КА были смоделированы SUVIVOR. Считывания HiFi и CLR моделировались PBSIM, а чтения ONT моделировались alchemy2. Мы смоделировали 195 инделей (вставок и удалений) длин между 50–10000 оснований, 97 инверсий длин между 600–2000 оснований.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s010

(PDF)

S4 Таблица. Сравнение результатов Truvari для всех комбинаций выравнивателей и вызывающих SV на смоделированных наборах данных HiFi, CLR и ONT со сложными вложенными SV.

Сложные вложенные SV: делеция-инверсия-делеция (INVDEL), инвертированные дупликации (INVDUP), которые были смоделированы SUVIVOR. Чтения HiFi и CLR моделировались PBSIM, а чтения ONT моделировались с помощью alchemy2, который распространяется с исходным кодом lra.Мы смоделировали 100 делеций-инверсий-делеций и инвертированных дупликаций длиной от 600 до 1000 оснований соответственно. Инверсия-делеция — это тип вложенных SV, где инверсия фланкируется двумя делециями, а инверсия-дупликация означает, что дублированная последовательность инвертирована. Для удаления-инверсии-удаления были обнаружены инверсия и два удаления, чтобы их можно было засчитать как TP. Случаи, когда обнаруживалась инверсия и только одна фланкированная делеция, считались частичными. Для инвертированного дублирования необходимо найти как инверсию, так и дублирование, чтобы их можно было засчитать как TP.Мы обнаружили, что выравнивание Minimap2 находит перевернутые дубликаты как вставки, поэтому мы не считали это TP.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s011

(PDF)

S5 Стол. Сравнение точек останова на реальных наборах данных.

Анализ точности контрольных точек был проведен путем сравнения границ истинно положительных SV из результата Truvari с контрольными точками выбранных SV для каждой комбинации выравниватель / вызывающий. Точность контрольных точек измеряется процентным соотношением SV с точными границами контрольных точек и средним расстоянием смещения между самой левой координатой границ SV.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s012

(PDF)

S6 Стол. Сравнение точек останова на смоделированных КА.

Анализ точности контрольных точек проводился путем сравнения границ истинных положительных SV с границами наземных истинных SV для каждой комбинации выравниватель / вызывающий. Точность контрольных точек измеряется процентным соотношением SV с точными границами контрольных точек и средним расстоянием смещения между самой левой координатой границ SV.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s013

(PDF)

S7 Таблица. Классификация Truvari вариантов вызовов cuteSV.

Truvari сравнения lra, minimap2 и ngmlr с использованием набора SV Genome in a Bottle. Оптимальные результаты в каждой категории выделены жирным шрифтом. TP-base означает истинные положительные вызовы в контрольном наборе SV, в то время как TP-call означает истинно положительные вызовы в наборе SV от каждого выравнивателя. Ложно-положительное значение означает количество несовпадающих вызовов из набора SV от каждого выравнивателя.Ложноотрицательное значение означает количество несовпадающих вызовов из набора курирования SV.

https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1009078.s014

(PDF)

Благодарности

Мы ценим помощь Питера Аудано в тестировании и исправлении различных проблем lra. Мы благодарим пользователей lra за предложения функций и указание на проблемы.

Ссылки

  1. 1. Ли Х. Minimap2: попарное выравнивание нуклеотидных последовательностей. Биоинформатика. 2018; 34 (18): 3094–3100.pmid: 29750242
  2. 2. Sedlazeck FJ, Rescheneder P, Smolka M, Fang H, Nattestad M, Von Haeseler A и др. Точное обнаружение сложных структурных изменений с помощью секвенирования одной молекулы. Природные методы. 2018; 15 (6): 461–468. pmid: 29713083
  3. 3. Чейссон М.Дж., Теслер Г. Картирование считываний секвенирования одной молекулы с использованием базового локального выравнивания с последовательным уточнением (BLASR): применение и теория. Биоинформатика BMC. 2012; 13 (1): 238. pmid: 22988817
  4. 4.Роуэлл В.Дж., Венгер А., Колесников А., Чанг П., Кэрролл А., Холл Р. и др. Комплексное обнаружение вариантов в геноме человека с высокоточными длинными считываниями. В: ЕВРОПЕЙСКИЙ ЖУРНАЛ ГЕНЕТИКИ ЧЕЛОВЕКА. т. 27. NATURE PUBLISHING GROUP MACMILLAN BUILDING, 4 CRINAN ST, LONDON N1 9XW, ENGLAND; 2019. стр. 1723–1723.
  5. 5. Бейкер Б.С., Джанкарло Р. Разрезанное динамическое программирование для самой длинной общей подпоследовательности из фрагментов. Журнал алгоритмов. 2002. 42 (2): 231–254.
  6. 6.Fitch WM, Смит TF. Оптимальное выравнивание последовательностей. Труды Национальной академии наук. 1983; 80 (5): 1382–1386. pmid: 165
  7. 7. Эппштейн Д., Галил З., Джанкарло Р., Итальяно Г.Ф. Разреженное динамическое программирование II: выпуклые и вогнутые функции стоимости. Журнал ACM (JACM). 1992. 39 (3): 546–567.
  8. 8. Шафин К., Песоут Т., Лориг-Роуч Р., Хокнесс М., Олсен Х.Э., Босуорт С. и др. Секвенирование нанопор и инструментарий Shasta обеспечивают эффективную сборку de novo одиннадцати геномов человека.Природа Биотехнологии. 2020; п. 1–10. pmid: 32686750
  9. 9. Колмогоров М, Юань Дж, Лин Ю, Певзнер П.А. Сборка длинных, подверженных ошибкам операций чтения с использованием повторяющихся графиков. Биотехнология природы. 2019; 37 (5): 540–546. pmid: 302
  10. 10. Cheng H, Concepcion GT, Feng X, Zhang H, Li H. Сборка de novo с разрешением гаплотипов с использованием поэтапных графов сборки с hifiasm. Природные методы. 2021. 18 (2): 170–175. pmid: 33526886
  11. 11. Марсайс Г., Делчер А.Л., Филлиппи А.М., Костон Р., Зальцберг С.Л., Зимин А.MUMmer4: быстрая и универсальная система выравнивания генома. Вычислительная биология PLoS. 2018; 14 (1): e1005944. pmid: 281
  12. 12. Джейн С., Корен С., Дилтей А., Филлиппи А.М., Алуру С. Быстрый адаптивный алгоритм для расчета карт гомологии всего генома. Биоинформатика. 2018; 34 (17): i748 – i756. pmid: 30423094
  13. 13. Зук Дж. М., Хансен Н. Ф., Олсон Н. Д., Чепмен Л., Малликин Дж. К., Сяо С. и др. Надежный тест для обнаружения крупных делеций и вставок зародышевой линии. Биотехнология природы.2020; п. 1–9.
  14. 14. Чейссон М.Дж., Сандерс А.Д., Чжао Х, Малхотра А., Порубский Д., Рауш Т. и др. Мультиплатформенное открытие структурных вариаций в геномах человека с разрешенными гаплотипами. Связь природы. 2019; 10 (1): 1–16. pmid: 309
  15. 15. Венгер AM, Peluso P, Rowell WJ, Chang PC, Hall RJ, Concepcion GT и др. Точное циклическое консенсусное долгосрочное секвенирование улучшает обнаружение вариантов и сборку генома человека. Биотехнология природы. 2019; 37 (10): 1155–1162.pmid: 31406327
  16. 16. Jiang T, Liu Y, Jiang Y, Li J, Gao Y, Cui Z и др. Обнаружение структурных вариаций генома человека на основе длинного чтения с помощью cuteSV. Геномная биология. 2020; 21 (1): 1–24. pmid: 32746918
  17. 17. Audano PA, Sulovari A., Graves-Lindsay TA, Cantsilieris S, Sorensen M, Welch AE, et al. Характеристика основных структурных вариантов аллелей генома человека. Клетка. 2019; 176 (3): 663–675. pmid: 30661756
  18. 18. Эберт П., Аудано П.А., Чжу К., Родригес-Мартин Б., Порубски Д., Бондер М.Дж. и др.Разнообразные человеческие геномы с определением гаплотипов и комплексный анализ структурных вариаций. Наука. 2021; 372 (6537). pmid: 33632895
  19. 19. Sudmant PH, Rausch T., Gardner EJ, Handsaker RE, Abyzov A, Huddleston J, et al. Интегрированная карта структурных вариаций в 2 504 геномах человека. Природа. 2015; 526 (7571): 75–81. pmid: 26432246
  20. 20. Кент В.Дж., Бэрч Р., Хинрихс А., Миллер В., Хаусслер Д. Котел эволюции: дупликация, делеция и перестройка в геномах мыши и человека.Труды Национальной академии наук. 2003. 100 (20): 11484–11489. pmid: 14500911
  21. 21. Sedlazeck FJ, Rescheneder P, Von Haeseler A. NextGenMap: быстрое и точное картирование считывания в высокополиморфных геномах. Биоинформатика. 2013. 29 (21): 2790–2791. pmid: 23975764
  22. 22. Робертс М., Хейс В., Хант Б.Р., Маунт С.М., Йорк Дж. Снижение требований к хранению для сравнения биологических последовательностей. Биоинформатика. 2004. 20 (18): 3363–3369. pmid: 15256412
  23. 23.Джайн С., Дильтей А., Корен С., Алуру С., Филлиппи А.М. Быстрый приближенный алгоритм сопоставления длинных операций чтения с большими справочными базами данных. В: Международная конференция по исследованиям в области вычислительной молекулярной биологии. Springer; 2017. с. 66–81.
  24. 24. Джайн С., Ри А., Чжан Х., Чу С., Валенц Б.П., Корен С. и др. Взвешенная выборка минимизатора улучшает отображение длинного чтения. Биоинформатика. 2020; 36 (Приложение_1): i111 – i118. pmid: 32657365
  25. 25. Брудно М., До CB, Купер Г.М., Ким М.Ф., Давыдов Э., Грин Э.Д. и др.LAGAN и Multi-LAGAN: эффективные инструменты для крупномасштабного множественного выравнивания геномной ДНК. Исследование генома. 2003. 13 (4): 721–731. pmid: 12654723
  26. 26. Галил З., Джанкарло Р. Ускорение динамического программирования с приложениями к молекулярной биологии. Теоретическая информатика. 1989. 64 (1): 107–118.
  27. 27. Гусфилд Д. Алгоритмы на жалах, деревьях и последовательностях: информатика и вычислительная биология. Новости Acm Sigact. 1997. 28 (4): 41–60.
  28. 28.Эппштейн Д., Галил З., Джанкарло Р., Итальяно Г.Ф. Разреженное динамическое программирование I: функции линейных затрат. Журнал ACM (JACM). 1992. 39 (3): 519–545.
  29. 29. Шошич М., Шикич М. Edlib: библиотека C / C ++ для быстрого и точного выравнивания последовательностей с использованием расстояния редактирования. Биоинформатика. 2017; 33 (9): 1394–1395. pmid: 28453688

Долгое чтение — Новости, исследования и анализ — Разговор — страница 1

Массимо Боттури / Unsplash

Пол Хаскелл-Доуленд, Университет Эдит Коуэн и Эндрю Вудворд, Университет Эдит Коуэн

Первая атака с использованием программ-вымогателей была предпринята в 1988 г. и была предпринята грубая попытка с использованием зараженных вирусами дискет.Но за прошедшие с тех пор десятилетия изощренность вредоносного ПО и деньги, получаемые преступниками, стремительно выросли.

Натали МакДермотт

Натали Макдермотт, Королевский колледж Лондона

Натали Макдермотт регулярно появлялась на BBC News, Sky New и ITV. Затем в ее больнице вспыхнул COVID.

АЛЕКСАНДАР ПЛАВЕВСКИЙ / EPA

Наступает век «искусственной близости».Что это значит для того, как мы любим, занимаемся сексом и строим дружбу?

Этот человек посетил советское посольство в Мехико, когда Ли Харви Освальд был в Мексике в 1963 году. Официальные лица думали, что это мог быть Освальд. Корбис через Getty Images

Гонсало Солтеро, Национальный автономный университет Мексики (UNAM)

В 1967 году мексиканский репортер сообщил ЦРУ, что встречался с Ли Харви Освальдом в Мехико незадолго до убийства Джона Кеннеди.Новое исследование и недавно рассекреченные разведывательные данные пробивают брешь в его истории.

FrankHH / Shutterstock

Том Бакстер, Университет Абердина ; Эрнст Уоррелл, Утрехтский университет ; Ху Ли, Университет Лидса ; Петра Э. де Йонг, Утрехтский университет ; Стивен Карр, Университет Южного Уэльса , и Валеска Тинг, Университет Бристоля

Водород считается ключом к динамичной зеленой экономике.Но во всех ли случаях это лучший выбор для обезуглероживания?

Джек Грубер / EPA

Клода Харрингтон, Университет Де Монфор и Алекс Ваддан, Университет Лестера

От здравоохранения до окружающей среды, иммиграции и расовой справедливости — какие области наследия Барака Обамы были наиболее уязвимыми — и наиболее устойчивыми — во время первого срока Дональда Трампа?

Shutterstock

Адам Эльшауг, Сиднейский университет

Основополагающее неравенство, нехватка ресурсов для системы общественного здравоохранения и социально-политическая напряженность привели к головокружительному и трагическому исходу для самой богатой страны мира.

Ричард Уэйнрайт / AAP Image

Кэтрин Беннет, Университет Дикина

По данным Австралийского статистического бюро, в январе-марте 2020 года в Австралии было зарегистрировано более 800 «дополнительных смертей» по сравнению со средним показателем, но на данный момент подтверждено только 103 случая смерти от COVID-19.

Бедность, неравенство и социальная изоляция влияют на психическое здоровье.Хуан Игнасио Ронкорони / EPA

Мэтью Смит, Стратклайдский университет,

Социальная психиатрия упала в немилость. Пришло время вернуться к этому.

Бегство от реальности на выходных. simona pilolla 2 / Shutterstock

Грейс Аллен, The Conversation

Долго читает, чтобы заблудиться.

Демократия должна применяться как к нашей экономике, так и к нашей политике. Амани А / Shutterstock

Эндрю Камберс, Университет Глазго

В отличие от прежних представлений об экономической демократии, которые начинались с класса или коллектива, отправной точкой сейчас должен быть индивидуум.

quietbits / Shutterstock.ком

Для чего существуют компании и кому они служат — это давняя дискуссия, но почти всегда в основе ее лежит практический результат.

Вселенная является домом для головокружительного количества звезд и планет. Но большая часть Вселенной считается невидимой темной материей. Совместная работа с Illustris

Майкл Дж.И. Браун, Университет Монаша

Почему астрономы верят, что существует темная материя, если ее нельзя обнаружить напрямую? Давайте посмотрим на доказательства и посмотрим, что означает присутствие темной материи для нашей Вселенной.

Заместитель управляющего Резервным банком Ги Дебелль, управляющий Филип Лоу и помощники управляющих Люси Эллис и Мишель Буллок на парламентских слушаниях в пятницу в Канберре. Лукас Кох / AAP

Питер Мартин, Кроуфордская школа государственной политики, Австралийский национальный университет

В лучшем случае Резервный банк ошибается в своих прогнозах.

Уволен: бывший министр обороны Великобритании Гэвин Уильямсон был уволен после предполагаемой утечки конфиденциальной правительственной информации. EPA-EFE / Факундо Аррисабалага

Пол Лашмар, Сити, Лондонский университет

Политики сливают секреты журналистам, пока существуют газеты. Но с технологиями наблюдения становится все труднее.

Сена и Нотр-Дам, физически и духовно сердце Парижа. Яков Калинин через Shutterstock

Майкл Раппорт, Университет Глазго

От коронаций до революции и примирения Нотр-Дам стал свидетелем почти 900-летней истории Франции.

Бананы Кавендиш могут не существовать намного дольше.Стив Хопсон / википедия

Стюарт Томпсон, Вестминстерский университет

Ученые пытаются генетически создать новое растение, устойчивое к разрушительной болезни, которая угрожает уничтожить банан.

Фишер выгружает свой улов. Уилл Оливер / EPA

Энди Форс, Портсмутский университет ; Бен Дрейкфорд, Портсмутский университет , и Джонатан Поттс, Портсмутский университет

Появление пара изменило рыбную промышленность после 500 лет парусного траления.Но чрезмерный вылов рыбы и сокращение запасов поставили британскую промышленность в противоречие с промышленностью других стран.

Городенков / Shutterstock

Джеймс С. Хортон, Батский университет и Николас К. Прист, Батский университет

Долго читаю: как природа борется с нашими попытками использовать биохакинг, чтобы жить вечно.

WeChat — это универсальная платформа для социальных сетей, которая сочетает в себе такие услуги, как WhatsApp, Facebook, Uber и Apple Pay. Shutterstock

Том Сир, UNSW ; Майкл Дженсен, Канберрский университет , и Титус Чен, Национальный университет Сунь Ятсена

Социальные сети на китайском языке в Австралии все больше привлекают внимание местных политических партий.

The Taper Авторские права и информационная политика в библиотеке UVA

30 сен.2021

В новом сообщении в блоге Джонатан Бэнд (поверенный по авторскому праву и эксперт по политике, который долгое время консультировал библиотечные ассоциации и связанные с ними группы) дает обзор нового иска, поданного против Чегга издателем учебников Пирсоном. В иске утверждается, что Чегг нарушает авторские права на учебники Пирсона, предлагая дополнительный продукт, который дает ответы на вопросы исследования вместе с текстами Пирсона.Хотя часть жалобы является довольно традиционной, поскольку в ней утверждается, что Чегг буквально скопировал вопросы, которые публикует Пирсон, другая часть аргумента, как говорит Джонатан, является «более абстрактной». Похоже, что Pearson утверждает, что, поскольку он владеет авторскими правами на вопросы исследования, он имеет исключительное право публиковать ответы, которые, по его словам, являются «производными работами», находящимися под их исключительным контролем в соответствии с законом об авторском праве. Джонатан отлично справляется с изложением того, как аргументы могут развиваться оттуда — аргументы, которые Чегг может выдвинуть в ответ, и т. Д.Но Джонатан также отмечает тревожно широкие политические последствия теории Пирсона: она заморозит каждый дополнительный или дополнительный продукт, предназначенный для помощи студентам, проходящим курсы по конкретному учебнику.

Узнать больше
24 сен.2021

Прошла минута с тех пор, как мы публиковали что-либо о наших друзьях, поставщиках академических изданий Big Deal. Отчасти это, вероятно, связано с тем, что сейчас, когда мы оставили ее позади, трудно сердиться на эту разрушенную бизнес-модель.К сожалению, как раз тогда, когда мы думали, что мы вышли, кажется, что они втягивают нас обратно.

Узнать больше
26 июля 2021 г.

Я рад поделиться этой новостью о новой ООР по юридической грамотности в области интеллектуального анализа текста и данных. Прошлым летом я работал над проектом «Построение LLTDM» — это был летний институт, спонсируемый NEH, который объединил экспертов в области права, библиотечных специалистов и ученых для отработки набора основных навыков работы с текстами и методологиями интеллектуального анализа данных с использованием авторских прав. и иным образом обремененный контент.Я поделился черновиками материалов внутри компании с коллегами из UVA, потому что мне не терпелось передать их в руки других людей, но теперь есть окончательная, опубликованная / доработанная ООР, размещенная на Pressbooks. Поделитесь, пожалуйста, повсюду — мы надеемся, что это будет полезно для людей!

Узнать больше
19 марта 2021 г.

В качестве продолжения моей статьи о новой сделке между UC и Elsevier, я хочу порекомендовать это мнение Шона Ку, чье исследование гиперинфляции APC добавило эмпирического веса моим интуитивным предположениям о том, могут ли APC способствовать изменениям в академической публикации. .Сегодня утром я утверждал, что преобразование Elsevier в операцию с оплатой за публикацию — это не совсем то изменение, которое нам нужно. В своей статье Ху утверждает, что бойкотирование Эльзевира на самом деле не является полезной тактикой, разве что, возможно, для повышения осведомленности. Что необходимо, так это инвестиции в альтернативы и, что более важно, изменение культуры, которое делает привлекательным для авторов выбор этих альтернатив.

Узнать больше
23 февраля 2021 г.

Вчерашняя запись Kenny Crews, посвященная блогу о Неделе добросовестного использования, должна вызвать у всех нас повод для беспокойства.В нем он описывает CASE Act, закон, принятый в конце прошлого года как часть законопроекта о помощи COVID. (Почему это было частью законопроекта о помощи при COVID? Потому что это был обязательный закон, наполненный всевозможными вкусностями, которые, возможно, не прошли бы сами по себе.)

Узнать больше
23 февраля 2021 г.

В ознаменование Недели добросовестного использования в 2021 году мне выпала честь опубликовать сообщение о мнении Apple против Corellium в блоге Copyright в Гарвардской библиотеке .Этот случай имеет очень интересные последствия для сохранения программного обеспечения. Что наиболее важно, он обнаружил, что предоставление названия программного обеспечения для целей исследования безопасности преобразует, что является важным выводом, который решительно способствует добросовестному использованию. Следует поощрять библиотеки и другие учреждения культурного наследия постановлением судьи Смита о том, что добросовестное использование позволяет Corellium строить прибыльный бизнес, продавая платформу, которая делает iOS доступной для исследовательских целей. В то же время есть очень неприятная проблема: положение DMCA о «борьбе с торговлей людьми» может налететь и разрушить все, независимо от добросовестного использования.

Узнать больше
2 декабря 2020 г.

Прекратите то, что вы делаете, и прочитайте этот убедительный обзор реакций на объявление Nature о плате за публикацию в самых престижных журналах компании Nature в размере 10 тысяч долларов США. Мы должны прислушаться к мнению исследователей из Кении, Южной Африки и многих других стран, где эти сборы рассматриваются такими, какие они есть: абсурдные и исключительные цены на предметы роскоши, противоречащие целям и ценностям науки.

Узнать больше
21 октября 2020 г.

Это вторая часть нашей мини-серии сообщений в блогах, состоящей из трех частей, по вопросам публикации, P&T и акций.Главный вопрос: как реформировать наши процессы оценки исследований, чтобы устранить предвзятость и обеспечить справедливость. В понедельник я выступал за отмену стандартов P&T, которые вознаграждают журнал «престиж». Но я не считаю, что учреждения должны быть полностью слепы к тому, как ученый решает публиковать результаты своих исследований. Вместо этого мы должны вознаградить за научных мероприятия, которые отдают приоритет доступу, согласованию и вовлечению.

Узнать больше
19 октября 2020 г.

Счастливой недели открытого доступа! Тема этого года — «Открытость с целью: принятие мер для создания структурной справедливости и интеграции.«Из всех структур политики, которые влияют на равенство и инклюзивность в таком университете, как наш, возможно, нет более важной, чем политика, регулирующая продвижение по службе и срок пребывания в должности. Не случайно, что эти политики могут также иметь сильное влияние на стимулы для ученых публиковать свои работы в местах с открытым доступом или свободно обмениваться данными, кодом, препринтами и другими исследовательскими продуктами (и с открытыми лицензиями, форматами и т. Д.) — методы исследований, которые способствуют доступу общественности к знаниям, увеличивают равенство и возможности для всех.Учитывая, что продвижение по службе и владение им занимают центральное место для справедливости, инклюзивности и открытого доступа, я хотел бы поделиться некоторыми мыслями и ресурсами по этим трем идеям в течение недели. Мое общее предложение состоит в том, что одним из наиболее важных действий, которые может предпринять любое лицо, принимающее решения, для создания структурной справедливости и интеграции, является реформа продвижения по службе и владения недвижимостью.

Узнать больше
16 октября 2020 г.

Наши последние часы Friday Big Deal Long Read — это на самом деле длинные часы :

Узнать больше
14 октября 2020 г.

Если вас интересует программное обеспечение и / или авторское право, вам может понравиться это резюме выводов, которые я написал (не так быстро, как я надеялся…) для Software Preservation Network, основываясь на моем просмотре устных аргументов на прошлой неделе. в знаковой Oracle v.Дело Google: —Google против Oracle Устный аргумент: быстрые выводы по сохранению программного обеспечения

Узнать больше
18 августа 2020 г.

Фил Борн, декан нашей школы науки о данных в UVA, опубликовал в своем блоге увлекательную запись, в которой размышляет о важности открытости для области науки о данных, и для школы в частности. В дополнение к своей обширной зависимости от массивных открытых наборов данных д-р Борн объясняет, что наука о данных выиграет от более широко распространенных открытых научных публикаций, потому что: «Короче говоря, текущие модели публикации с закрытым доступом затрудняют или делают невозможным для специалистов по обработке данных добычу этого контента. .”

Узнать больше
20 июл.2020 г.

Недавнее решение Южного округа Нью-Йорка является хорошей иллюстрацией того, насколько добросовестное использование может быть дружественным к использованию изображений в научных кругах. Добросовестное использование — это право, которое позволяет использовать произведения, охраняемые авторским правом, без разрешения в некоторых контекстах, и, как показывает этот случай, научный контекст часто очень благоприятен для добросовестного использования.

Узнать больше
18 мая 2020

Сохранение журналов с закрытым доступом — это проблема коллективных действий, в частности проблема координации.Как показывает экономист Тед Бергстром в своей притче о Ежегодном собрании анархистов (см. Стр.10), основным препятствием для перехода к издательской системе с открытым доступом является неспособность ученых в определенных областях договориться вместе отказаться от закрытых площадок и перенаправить их энергия (и престиж) открыты.

Узнать больше
17 апреля 2020 г.

Экосистема — убедительная метафора. Здоровая экосистема сложна, сбалансирована и взаимозависима.Он живет, процветает, растет и т. Д. Таким образом, метафора экосистемы — хороший способ предостеречь от добычи, промышленного фермерства, загрязнения, чрезмерного вылова рыбы, «инвазивных» явлений и даже «разрушения». Когда я говорю об авторском праве, Я часто говорю о «культурной» или «выразительной» экосистеме, которую предполагается поощрять авторским правом, и которая состоит не только из «создателей» и правообладателей, но также из учителей, студентов, критиков, ученых, политиков и любого другого. других организмов, благополучие которых частично зависит от того, что они встроены в здоровую экосистему.

Узнать больше
10 апреля 2020

С пятницей! Вместо обычной академической статьи или длинного сообщения в блоге, я хочу поделиться двумя тремя крупными разрывами Big Deal, о которых было объявлено за последние пару дней. Штат Айова, UNC-Chapel Hill и вся система SUNY объявили, что они разрывают свои крупные сделки с Elsevier, переходя на а ля карт набор наиболее часто используемых журналов.Сокращения кажутся довольно значительными — IA State сохраняет 428 журналов, UNC сохраняет 395 из 2000 или около того наименований в Big Deal, а SUNY сохранил «основной список» из 248 наименований, которые отдельные учреждения в системе SUNY может быть дополнен дополнительными заголовками, если это необходимо для поддержки местных приоритетов.

Узнать больше
9 апреля 2020 г.

В объявлении, опубликованном сегодня, проректор и библиотекарь университета в UNC Chapel Hill объясняют, что они значительно урезают свою Elsevier Big Deal, отказываясь от подавляющего большинства изданий и подписываясь только на основную, часто используемую часть портфолио.Полное объявление стоит прочитать, как и эту ветку в Твиттере от Элейн Уэстбрукс. Некоторые комментарии от меня:

Узнать больше
3 апреля 2020 г.

Поскольку Управление по политике в области науки и технологий Белого дома находится в разгаре расследования, нужно ли и как обновлять федеральную политику открытого доступа, многие задаются вопросом, не подорвет ли расширение свободного доступа к исследованиям экосистему научных журналов. Чтобы понять, чего ожидать, стоит взглянуть на то, как политика Национальных институтов здравоохранения, самая давняя федеральная политика открытого доступа, повлияла на биомедицинские журналы, которые, вероятно, будут публиковать финансируемые исследователи.

Узнать больше
1 апреля 2020 г.

Я был счастлив иметь возможность стать соавтором этого сообщения в блоге с Таки Тейлором и Кайлом Кортни о просмотре фильмов в Интернете, особенно с функцией Zoom «Поделиться моим экраном». Я бы хотел, чтобы ответ был чище! Возможно, никогда не было лучшего примера того, как закон был искажен, как из-за моральной паники правообладателей по поводу цифрового пиратства (которая привела их к лоббированию ограничений в Законе TEACH, которые сделали его неработоспособным), так и из-за их массового беспорядка. возросла мощь в эпоху лицензионных потоковых медиа.Учитель может исполнять или показывать ЛЮБУЮ ПРИЧИНУ с НУЛЕВЫМ ЗАБОЛЕВАНИЕМ, если они используют физические носители в физическом классе. Теперь сравните это с мешаниной тревоги, которую вам приходится преодолевать, чтобы делать даже самые очевидные законные действия в онлайн-среде.

Узнать больше
13 марта 2020 г.

Я горжусь тем, что участвую в этом ясном, простом, но убедительном заявлении в пользу добросовестного использования для поддержки обучения и исследований в этих чрезвычайных обстоятельствах.Особая заслуга принадлежит Бренди Карлу из библиотек штата Пенсильвания, который помог организовать напряженную группу библиотекарей-юристов и претворить это заявление и связанные с ним усилия в жизнь. Прочтите все здесь:

Узнать больше
11 марта 2020 г.

Моя подруга и выдающийся знаток авторских прав в библиотеке Нэнси Симс написала руководство, которое может понадобиться всем нам раньше, чем мы хотели бы признать: быстрое переключение вашего курса с личного на онлайн.Если вам нужен хороший совет по этому поводу, прочтите сообщение Нэнси. Если вы не уверены, как это соотносится с нашим контекстом здесь, в UVA, напишите мне электронное письмо, и я могу помочь вам с этим справиться.

Узнать больше
10 марта 2020 г.

Это может быть удивительно, учитывая нашу общую склонность к открытому доступу здесь, в The Taper, но эти новости от VCU можно только приветствовать: они прекращают поддержку платы за открытый доступ. Это долгожданная новость, потому что, как отмечает VCU в своем объявлении, библиотеки, субсидирующие APC:

Узнать больше
6 марта 2020 г.

С пятницей! Эта неделя приносит еще одну скромную запись в нашей серии Longread Big Deal; мы могли бы точнее назвать это «прочтением», TBH, потому что это совсем не так долго.Но это все же вдумчивый и наводящий на размышления момент в дискуссии о будущем научных публикаций. В статье «Как академическая издательская олигополия искажает дебаты о стоимости публикации» Мур дает несколько полезных напоминаний о разнообразии издателей и существующих в них моделей публикации, а также о ценности сохранения (и роста) этого разнообразия. Он также объясняет, как концентрация власти в руках всего нескольких (в основном коммерческих) издателей скрыла это разнообразие, что привело к дискуссиям, в которых подчеркивается открытость или доступность, но при этом не признается, что даже в открытом, доступном ландшафте может доминировать дисфункциональная олигополия в мире. способы, которые вредят исследователям.

Узнать больше
28 февраля 2020 г.

Позже в этом году мы с моим другом Питером Джасзи выступаем в группе на конференции биографов 2020 года, чтобы помочь сообществу понять, как добросовестное использование может помочь им в их очень важной работе. Перед конференцией нам с Питером прислали ряд вопросов, которые станут интервью, опубликованным в The Biographer’s Craft, ежемесячном информационном бюллетене группы. Они были достаточно великодушны, чтобы позволить мне опубликовать мои собственные грубые ответы на их вопросы здесь, на Неделе добросовестного использования.Питер добавит свои мысли, и окончательная версия появится на сайте BIO. А пока наслаждайтесь моей собственной грубой версией!

Узнать больше
27 февраля 2020 г.

На четвертый день Недели добросовестного использования я хочу предложить вашему вниманию отличную запись в блоге моего друга Дэйва Хансена, младшего библиотекаря по исследованиям, коллекциям и научным коммуникациям в библиотеках Университета Дьюка. В нем он предостерегает от чрезмерной зависимости и упрощения добросовестного использования и указывает на некоторые недавние случаи, когда люди рискуют навредить доктрине, обращаясь с ней как с «Богом в машине», который может напасть и спасти нас, когда мы почувствовать угрозу закона об авторском праве.Посмотрите это здесь, в блоге OSC Гарварда: Неделя добросовестного использования 2020: день четвертый с приглашенным экспертом Дэвидом Хансеном

Узнать больше
26 февраля 2020 г.

На третий день Недели добросовестного использования я хотел поделиться некоторыми мыслями о текущем состоянии добросовестного использования и сэмплирования в музыке, особенно (но не только!) В хип-хопе.

Узнать больше
25 февраля 2020 г.

размещено в блоге «Неделя добросовестного использования» в Гарварде.

Узнать больше
24 февраля 2020 г.

Сегодня первый день Недели добросовестного использования 2020! Конечно, добросовестное использование — это гибкое право пользователя копировать, делиться и иным образом использовать охраняемые авторским правом произведения без оплаты или разрешения, при правильных обстоятельствах. Люди часто паникуют на последней части — каковы «правильные обстоятельства»? И поскольку добросовестное использование так важно, и это действительно право пользователя (а не привилегия, защита или что-то еще, что некоторые люди пытаются сказать, чтобы напугать вас от его использования …), действительно важно, чтобы обычные люди могли принимать разумные, уверенные решения о правильных обстоятельствах.

Узнать больше
21 февраля 2020 г.

Лонгрид на этой неделе на самом деле не слишком длинный, но это хорошее исследование неприятной темы через призму нового инструмента, который может помочь сдвинуть динамику в очень полезном направлении. Ознакомьтесь с «Оценкой исследований реформ: крепкий орешек», опубликованной ранее на этой неделе. И перейдите по ссылкам в ее статье, чтобы узнать больше о жалкой культуре, которая пронизывает исследования, а также о глубоких мыслях в Центре открытой науки, которые вдохновляют выпуск таких инструментов, как TOP Factor.

Узнать больше
20 февраля 2020 г.

Я был горд тем, что принимал участие в процессе разработки и подписался под этим: Совместным комментарием к ВОИС по авторскому праву и искусственному интеллекту. Поскольку ВОИС, похоже, приступает к политическому исследованию взаимосвязи между ИИ (сейчас это так актуально) и авторским правом, это раннее вмешательство пытается гарантировать, что они задают правильные вопросы.

Узнать больше
7 февраля 2020 г.

Вчера я узнал, что вице-провост по исследованиям здесь, в UVA, в марте проводит полудневный семинар по научной честности.Я обязательно буду там, потому что, когда я увидел эту тему, я сразу подумал о большой сделке. Если вы не очень разбираетесь в этом материале, представление о том, что дорогие и престижные журналы могут отрицательно сказаться на качестве науки, может показаться нелогичным. Действительно, более низкое качество и более низкая «целостность» чаще ассоциируются с так называемыми «хищническими» журналами.

Узнать больше
3 февраля 2020 г.

Радикальная открытость, которую ученые используют для борьбы с коронавирусом, проливает свет на ценность открытости в целом.Как замечает Винсент Ларивьер, не является ли принятие открытости здесь признанием того, что традиционные системы замедляют прогресс повсюду?

Узнать больше
27 янв.2020 г.

Две статьи, опубликованные на прошлой неделе, при совместном чтении рассказывают захватывающую историю.

Узнать больше
17 янв.2020 г.

Читать на этой неделе не так уж долго. На самом деле, по данным Medium, это должно занять около 6 минут.Поэтому выделите несколько минут в течение этих длинных выходных, чтобы взглянуть на это открытое письмо от 21 ученого, в котором говорится о сложных отношениях между научными обществами и коммерческими издателями. Один из авторов — член факультета UVA и соучредитель Центра открытой науки Брайан Носек.

Узнать больше
17 декабря 2019 г.

Сегодня мои друзья Кендра Альберт и Дайна Букин вместе с соавторами Аленой Фарбер и Расселом Гувером из Cyberlaw Clinic Гарвардской школы права опубликовали Руководство по авторскому праву для научного программного обеспечения.Это действительно удобный, краткий и приятный справочник о том, как авторское право может повлиять на способы использования, повторного использования и совместного использования программного обеспечения, которое ученые создают и используют в своих исследованиях. Насколько мне известно, это первое в своем роде руководство, и его должен прочитать любой ученый, работающий с программным обеспечением.

Узнать больше
13 декабря 2019

Клаудио Аспези, давний обозреватель академической издательской индустрии, делает серьезное предупреждение об опасностях, по слухам, сделки между голландскими университетами и Elsevier.Говорят, что сделка предусматривает снижение цен на комплект журналов Big Deal в обмен на согласие голландцев на приобретение большего количества продуктов Elsevier для анализа данных. Aspesi неоднократно предупреждал об опасностях, связанных с тем, что эти коммерческие информационные продукты могут укорениться в процессах принятия решений в колледжах и университетах, и эта сделка кажется решительным шагом в этом опасном направлении:

Узнать больше
4 декабря 2019 г.

Мне посчастливилось проконсультировать проф.Гюлер совсем немного, когда она работала с Арином над разработкой этого предложения о гранте, которое поддерживает создание новых моделей инфекционных заболеваний в виртуальной реальности. Я был в восторге от ее интереса сделать все продукты этого гранта открытыми и бесплатными для повторного использования в качестве открытых образовательных ресурсов. После их завершения все модели будут размещены в центре VIVA Open OER, чтобы преподаватели и ученики во всем мире могли найти и повторно использовать эти замечательные инструменты.

Узнать больше
2 декабря 2019 г.

На прошлой неделе я написал в Твиттере о том, что обеспокоен тем, что Верховный суд рассматривает первое дело о добросовестном использовании за 25 лет.Хорошие люди из Law360 обратились к мне и спросили, могу ли я расширить свои мысли, что я и сделал, и вот результат: Google-Oracle High Court Fight Threatens Fair Use Ecosystem.

Узнать больше
19 ноя.2019

Недавно у меня была возможность записать это забавное небольшое интервью о правах авторов и открытом доступе с моим коллегой Эшли Хосбах, библиотекарем, который работает с нашей Педагогической школой Карри. Преподаватели Карри, как и многие другие преподаватели УФА, ежедневно оказывают реальное влияние на политику и практику, глубоко формируя будущее образования.Используя открытый доступ, они могут сделать свою работу еще более доступной для политиков, учителей и учащихся, увеличивая свое влияние и изменяя мир к лучшему.

Узнать больше
29 октября 2019 г.

От Scholastica, это хороший обзор концепции «оверлейного журнала», очень доступного способа публикации, использующего открытую инфраструктуру репозитория, которую уже поддерживают многие исследовательские институты. H / T проект отслеживания открытого доступа.

Узнать больше
25 октября 2019 г.

В этом заключительном посте о Неделе открытого доступа 2019 я хотел бы сосредоточиться на одном из старейших и (IMO) крутых трюков в методике открытого доступа: «политике открытого доступа». Это мягкое название для мощного юридического маневра, и, чтобы ответить на тему этого года «открыть для кого», политика открытого доступа может сделать существующую систему научных публикаций открытой для авторов таким образом, чтобы сохранить их свободу выбора в отношении публикации. место проведения, сделав открытый вариант доступным независимо от места проведения.Мы можем усилить политики открытого доступа, комбинируя их с такими инструментами, как MIT Framework for Publisher Contracts, превращая абстракции в политике в конкретные преимущества для публичного доступа к знаниям.

Узнать больше
25 октября 2019 г.

Библиотекарь Гарвардского университета Марта Уайтхед сделала сегодня убедительное заявление о приверженности Гарварда развитию открытого доступа. Хочу выделить эту часть, которая, на мой взгляд, очень важна.Мы переходим к медленным обсуждениям важного вопроса, с которым сообщество открытого доступа должно считаться. Когда мы говорим о собственном капитале и «открыто для кого», мы должны говорить о APC, которые по своей сути проблематичны с точки зрения капитала:

Узнать больше
24 октября 2019 г.

Гостевой пост на этой неделе пришел от Дэйва Гаманди, библиотекаря Open Publishing, и в нем рассказывается о работе, которую он делает в Aperio, издательстве с открытым доступом, которое живет в библиотеке UVA.

The Journal of Modern Philosophy теперь включен в Справочник журналов открытого доступа

Узнать больше
24 октября 2019 г.

Сегодня я снова бегу от столпа к публикации (только что прибыл в ODU!), Но хотел убедиться, что поделился ссылкой на это — MIT Framework заполняет важный пробел для всех нас, кто хочет реформировать наши инвестиции с крупными поставщиками :

Узнать больше
23 октября 2019 г.

Сегодняшний гостевой пост на неделе OA написала Шерри Лейк, библиотекарь нашего научного хранилища.В течение последних нескольких лет Шерри была сосредоточена на обмене данными, поддержке исследователей UVA в управлении своими данными и обмене ими с нашим хранилищем данных LibraData. В сегодняшнем посте Шерри объясняет, как ее работа помогает исследователям поступать правильно.

Узнать больше
22 октября 2019 г.

Наш первый гостевой пост на OA Week 2019 написан Ребеккой Купер Коулман, библиотекарем-исследователем по архитектуре.Работа Ребекки над региональным атласом справедливости началась с признания давней проблемы, заключающейся в том, что университеты взаимодействуют со своими сообществами таким образом, который не всегда отражает справедливые и общественные устремления академии. Реформировать подход университета к своим соседям может быть сложно; здесь Ребекка объясняет, как открытый доступ к исследованиям может быть относительно простым шагом в правильном направлении.

Узнать больше
21 октября 2019 г.

Это неделя открытого доступа — 2019! Тема этого года задает вопрос, который требует нашего внимания больше, чем когда-либо, поскольку консенсус вокруг будущего открытого доступа укрепляется: открытый для кого? Как мы можем гарантировать, что новые, «открытые» формы обучения не создают новых барьеров (или воссоздают старые), несовместимые с эгалитарным видением движения за открытый доступ? Как мы можем сделать справедливость приоритетом в нашей работе с открытым доступом?

Узнать больше
15 октября 2019 г.

Захватывающее объявление сегодня от моих коллег, работающих над институциональными репозиториями:

Узнать больше
7 октября 2019 г.

Кху, С.Ю.-С. (2019). Гиперинфляция сборов за обработку статей и нечувствительность к ценам: продолжение кризиса сериалов в открытом доступе. LIBER Quarterly, 29 (1), 1–18. DOI: http://doi.org/10.18352/lq.10280

Узнать больше
7 октября 2019 г.

Элейн Вестбрукс понимает. Она является проректором университетских библиотек и университетским библиотекарем в UNC-Chapel Hill, и она только что открыла серию статей о необходимости изменить наши отношения с научными журналами (и, что более важно, их коммерческими издателями) с помощью эссе, которое показывает, как далеко мы ушли от истоков научных журналов как услуги для ученых и для ученых.

Узнать больше
30 сен.2019

Принося извинения за задержку, я хочу предложить большой лонгрид на прошедшие выходные, который не выходит за рамки прессы: от симбионта к паразиту: эволюция коммерческих научных публикаций Питера Уолтера и Дайча Маллинза, двух молекулярных биологов из Калифорнийский университет в Сан-Франциско. В нем авторы используют эволюционные метафоры для описания меняющихся отношений между учеными и коммерческими издателями, такими как Elsevier, предлагая шаги, которые отдельные ученые могут предпринять, чтобы помочь своим сообществам избежать того, что они называют паразитическими отношениями.Вот аннотация:

Узнать больше
13 сен.2019

Longread на этой неделе — это прогулка по переулку памяти в 2014 год, где можно прочитать новаторскую статью Теда Бергстрома, Пола Куранта, Р. Престона Макафи и Майкла А. Уильямса под названием Evaluating Big Deal Journal Bundles. Авторы использовали запросы Закона о свободе информации, чтобы собрать коллекцию журналов Big Deal, заключенных с различными учреждениями. Elsevier фактически подала судебные иски по двум из этих запросов, подав иск в штате Вашингтон, утверждая, что их цены являются коммерческой тайной, и оспорив еще один запрос FOIA в Техасе.Власти штата отвергли обе проблемы, открыв путь для первого крупного сравнения сделок по пакетам журналов от различных поставщиков и типов учреждений.

Узнать больше
6 сен.2019

На этой неделе я хотел поделиться с вами двумя более короткими статьями, обе из блога Scholarly Kitchen, места, где публикуются анализы научных публикаций, часто с более благоприятной для отрасли точки зрения, но также с участием библиотекарей и нейтральных аналитиков.

Узнать больше
6 сен.2019

Ваш скромный корреспондент несколько раз путешествовал последние несколько недель, и я прошу прощения за то, что у меня не было возможности опубликовать ваш еженедельный лонгриит в течение некоторого времени! Но я вернулся, и с новым чтением, которое, хотя и не совсем лонгрид, само по себе, безусловно, своевременное. В «Преследовании нового типа« большой сделки »с издателями» Линдси МакКинси из Inside Higher Ed описывает публичную встречу, организованную библиотеками Калифорнийского университета, которые участвовали в одной из самых громких споров по поводу крупных сделок в США в много времени.Меня беспокоит весь проект «трансформирующего соглашения», но это явно важное явление, за которым стоит наблюдать.

Узнать больше
14 августа 2019

Если вы читаете этот блог, возможно, вы хотя бы мельком знакомы с афоризмом Джефферсона, из которого The Taper берет свое название. Если это так, вас может заинтересовать новая статья Джереми Шеффа, обобщенная и рассмотренная здесь Дейвом Фагундесом, в которой прослеживается происхождение этой метафоры до Цицерона и совершенно иной теории собственности и справедливости.Шефф объясняет, что версия рассказа Цицерона о конусе — это притча о благотворительности и милосердии, построенная на теории собственности и справедливости, которая, ну, не очень джефферсоновская. Ждем полной версии статьи!

Узнать больше
14 августа 2019

Я действительно горжусь тем, что участвую в этом проекте под руководством Беркли, который только что получил грант в размере 165 000 долларов США от NEH. Наша цель — распространять хорошие новости о том, как закон относится к интеллектуальному анализу текста и данных (этому в значительной степени способствует добросовестное использование!), И помочь людям продумать множество юридических и этических вопросов, которые возникают, когда вы начинаете разбираться в мелочах. смелость проведения такого рода исследований.В июне следующего года мы соберем группу исследователей-гуманитариев, библиотекарей и научных сотрудников и проведем их через эти вопросы с помощью звездной команды экспертов.

Узнать больше
31 мая, 2019

Наши выходные Big Deal Longread на этой неделе, возможно, станут одним из последних достижений жанра: история Ричарда Пойндера Не цена, а цена.

Узнать больше
24 мая 2019 г.,

Как я сказал год назад, когда я впервые наткнулся на это эссе, Кен Фрейзер был большим человеком, Кассандра еще в 2001 году — он пытался предупредить нас на заре больших сделок, что ничего хорошего из них не выйдет, но никто не слушал .В книге «Дилемма библиотекарей: размышления о стоимости« большой сделки »» Фрейзер привел убедительные доводы против этих новых пакетных сделок с электронными журналами. 18 лет спустя и бесчисленные бюджетные кризисы спустя Фрейзер выглядит совершенно пророческим.

Узнать больше
23 мая 2019 г.,

В этом сообщении от Провоста LSU объявляет, что покинет Big Deal Elsevier и перейдет от заголовка к заголовку, чтобы покупать только наиболее часто используемый контент от Elsevier.

Узнать больше
12 мая 2019

Согласно информации, предоставленной UVa, несколько больших пакетов журналов потребляют около 40% бюджета фондов библиотек. Elsevier, предлагающий самый дорогой пакет, предоставил в 2018 году 3354 журнала на сумму 1,8 миллиона долларов, или 19% бюджета коллекций на тот год.

Узнать больше
3 мая, 2019

Переход издателей к основным исследовательским и преподавательским миссиям колледжей и университетов с инструментами, нацеленными на оценку производительности и производительности, означает, что академическое сообщество может потерять контроль над обширными областями своей основной деятельности.Кроме того, сбор огромных объемов данных о преподавателях и студентах представляет собой значительный юридический и репутационный риск для учебных заведений, а также потенциальные угрозы конфиденциальности и безопасности для отдельных лиц.

Узнать больше
27 апреля 2019

Декан библиотек Университета штата Луизиана Стэнли Уайлдер объявил в Twitter в прошлую среду, что сенат факультета LSU подавляющим большинством принял резолюцию в пользу выхода из Elsevier Big Deal.Они следуют системе Университета штата Флорида и Университета Калифорнии в обеспечении широкого одобрения профессорско-преподавательским составом своей позиции «Большой сделки» до начала переговоров с крупным издателем. Вы можете прочитать немного больше о разрешении LSU в объявлении, которое они разместили ранее в этом месяце. Гэри Прайс собрал протокол собрания и текст резолюции на своем посту в Infodocket.

Узнать больше
26 апреля 2019

«Ученые не так озабочены ценами, как другие профессионалы, главным образом потому, что они не тратят свои собственные деньги», — сказал Роберт Максвелл в интервью своей публикации Global Business в 1988 году.А поскольку не было возможности поменять один журнал на другой, более дешевый, в результате, продолжал Максвелл, получилась «машина постоянного финансирования». Библиотекари были заключены в серию тысяч крошечных монополий. Теперь ежегодно публиковалось более миллиона научных статей, и им приходилось покупать их все по той цене, которую хотели издатели.

Узнать больше
24 апреля 2019

Это немного мета, но Питер Субер недавно поделился действительно хорошим ресурсом, которым я хотел бы поделиться с вами.Это документ Google с набором ссылок, который Питер собрал в связи с его докладом о UC, Elsevier и Plan S. Если вас заинтересует совокупность этих трех вещей, прочтение этих историй определенно принесет вам пользу.

Узнать больше
18 апреля 2019

Сегодня мы запускаем No Big Deal?, Новую функцию UVA Library News, которая будет отслеживать последние события и информацию о крупнейших поставщиках, обслуживающих такие исследовательские библиотеки, как наша.Отслеживание, формирование и реагирование на этот ландшафт всегда были частью того, что делает Библиотека, и мы хотели бы поделиться некоторыми из того, что мы видим, делаем и думаем, с вами, преподавателями, студентами и исследователями, которые используют наши коллекции. .

Узнать больше
9 апреля 2019 г.

В качестве деканов и директоров исследовательских библиотек штата Вирджиния наша основная миссия и высший приоритет — обеспечить нашим исследовательским сообществам доступ к богатой, разнообразной и устойчивой коллекции информационных ресурсов.Недавно наши коллеги из системы Калифорнийского университета заняли важную позицию в защиту этой миссии, отказавшись продлить «крупную сделку» на 50 миллионов долларов с Elsevier, самым прибыльным в мире поставщиком информационных продуктов. Мы пишем, чтобы выразить нашу благодарность и нашу поддержку им, а также смелому шагу, который они сделали, — последней тенденции в глобальной тенденции, когда библиотеки переосмысливают свои самые большие расходы.

Узнать больше
9 апреля 2019 г.

У президента системы UC Джанет Наполитано сегодня хороший пост (большое совпадение с нашим заявлением) с острым призывом к сплочению государственных (и финансируемых государством) учреждений:

Узнать больше
21 марта 2019 г.

С тех пор, как десять учреждений в системе Калифорнийского университета отказались от подписки на Elsevier в феврале, несколько других учреждений выразили свою поддержку и солидарность, а также поделились информацией со своими местными сообществами о том, что решение UC может означать для других исследователей. и учреждения по всей стране.Я написал один такой пост для нашего блога «Новости библиотеки». Вы можете найти еще несколько утверждений и объяснений в этой ветке Twitter, начатой ​​Крисом Бургом из Массачусетского технологического института. Здесь вы найдете заявления из Орегона, штата Орегон, штата Дьюк и Айова, колледжа Уильямс, Университета Миннесоты и Канадской ассоциации исследовательских библиотек.

Узнать больше
15 марта 2019 г.

Простой здравый смысл и жестокая математика ограниченных бюджетов говорят нам, что существует нечто большее, чем просто корреляция между резким увеличением затрат на журналы от крупных поставщиков и сокращением инвестиций в монографии и журналы, издаваемые университетскими издательствами.Одна из наиболее убедительных критических замечаний в отношении крупных сделок — это то, как их огромный размер и предполагаемый статус «должны иметь» вытесняют конкурентов на рынке журналов, а также ресурсы, не относящиеся к журналам, такие как монографии.

Узнать больше
13 марта 2019 г.

Отличная команда OAButton представляет новый инструмент, позволяющий использовать все способы, которыми мы можем получить доступ к статьям вне модели подписки. Это выглядит очень просто и может иметь большое значение для организаций, желающих выйти из «большого дела».Узнайте больше от Джо на OAButton:

Узнать больше
4 марта 2019 г.

UVA, ребята, заинтересованные в открытой науке, это выглядит как отличная беседа, связывающая методы ЧЕСТНЫХ данных с проблемами, стоящими перед нейробиологией. Подробности на странице мероприятия DSI:

Узнать больше
28 февраля 2019 г.

«Не заблуждайтесь: цены на научные журналы сейчас настолько высоки, что ни один университет в США.С. — ни Калифорнийский университет, ни Гарвард, ни какое-либо учреждение — не может позволить себе подписаться на все это », — сказал Джеффри Макки-Мейсон, университетский библиотекарь и профессор экономики Калифорнийского университета в Беркли и сопредседатель переговорной группы Калифорнийского университета. «Публикация нашей стипендии за платным доступом лишает людей доступа к исследованиям, финансируемым государством, и их преимуществ. Это ужасно для общества ».

Узнать больше
28 февраля 2019 г.

В этом году мы празднуем Неделю добросовестного использования, рассказывая об удивительных героях добросовестного использования на UVA.Посмотрите наш последний выпуск, в котором рассказывается, как добросовестное использование помогает Саре О’Брайен и Брэндон Уолш учить и критически писать о кино и звуке:

Узнать больше
27 февраля 2019 г.

Ознакомьтесь со вторым выпуском нашей серии профилей для Недели добросовестного использования:

Узнать больше
26 февраля 2019 г.

Альянс авторов отмечает Неделю добросовестного использования красивой записью в блоге, в которой освещаются основные положения авторских соглашений о добросовестном использовании и разрешениях.Проверить это:

Узнать больше
26 февраля 2019 г.

(Перекрестно размещено в блоге Кайла Кортни Copyright в Гарвардской библиотеке . Спасибо, Кайл, за приглашение!)

Узнать больше
12 февраля 2019 г.

От UVA Сегодня выходит этот великолепный профиль открытого издательства библиотеки Aperio и моего коллеги Дэйва Гаманди, который возглавляет Aperio в сотрудничестве с Марком Сондерсом из Университета Вирджинии.Эта похвала от одного из редакторов нашего первого открытого журнала, JMPhil, — это все, на что мы надеялись, приступив к этой работе — предоставляя ученым инструменты и знания, необходимые им для создания работающих открытых журналов:

«Мы на самом деле не знали, как управлять хостингом, выпуском статей, архивированием или любыми другими техническими вещами, связанными с ведением журнала. Вот где появились UVA Library и Aperio », — сказал ЛоЛордо. Она добавила: «Это был фантастический опыт» работы с Аперио и Гаманди.

Узнать больше
28 янв.2019 г.

В этом посте освещается один из почти 50 элементов, оцифрованных библиотекой UVA в честь Возрождения общественного достояния 1 января 2019 года. Я буду рассказывать о подобных событиях в течение года, чтобы подчеркнуть ценность общественного достояния в развлекая, информируя и подпитывая творчество современных читателей, мыслителей, художников и других.

Узнать больше
20 янв.2019 г.

Что, если бы три основных хранилища цифровых текстов могли работать вместе с библиотеками, офисами служб помощи инвалидам и университетскими издательствами, чтобы было намного проще делать правильные вещи для всех наших студентов И соответствовать законам о гражданских правах?

Узнать больше
14 янв.2019 г.

Inside Higher Ed сообщает о весьма подходящем открытии доступа к журналу, основной темой которого, по-видимому, является измерение науки.Учитывая, что монопольный контроль над метаданными о науке, по-видимому, является следующим этапом монетизации для издательской компании Elsevier, занимающейся анализом данных, вполне логично, что ученые, которые зависят от доступа к таким данным, будут заинтересованы в том, чтобы держать свои данные открытыми и бесплатными.

Узнать больше
2 янв.2019 г.

Четыре строфы произведения — запасная, музыкальная и захватывающая — были заучены наизусть поколениями, препарированы учеными и любимы президентами.И теперь, когда они находятся вне досягаемости закона об авторском праве, любой может украшать их где угодно, от вдохновляющих плакатов до пляжных полотенец. Композиторы могут их лиризовать. Учителя могут делать их ксерокопии. FedEx может нарисовать на своих грузовиках надпись «Осталось миль». «Легкий ветер и пушистые хлопья» составят хорошую линию из сушильных полотен и хозяйственного мыла. Слова Фроста принадлежат векам и каждому. — Авторские права: стихотворение Роберта Фроста «Остановка в снежном лесу» становится общественным достоянием — The Washington Post

Узнать больше
30 декабря 2018 г.

День общественного достояния не за горами, и в The NY Times есть хорошее краткое изложение того, как издательская индустрия будет использовать преимущества нового урожая бесплатных произведений.

Узнать больше
17 декабря 2018 г.

[S] ученики быстро обнаруживают пробелы и слепые пятна в коммерческих сервисах, таких как YouTube, когда они пытаются изучить более ранние периоды в истории СМИ. Мало того, что наиболее популярные СМИ плохо сохранились, но даже те материалы, которые действительно появляются в сети, редко получают контекст, необходимый для тщательного исторического анализа.

Узнать больше
29 ноя 2018

Недавно я дал это интервью Дэвиду Биксенспану для Gizmodo .Спасибо моему другу Аннемари Бриди за то, что прислала его мне, и за подробные объяснения того, как работает DMCA и почему Интернет-архив имеет смысл быстро и решительно реагировать на законные уведомления об удалении. Как я сказал Дэвиду, правообладатели и другие лица иногда беспокоятся о том, действительно ли такие организации, как Интернет-архив, являются «библиотеками», но закон уже довольно хорошо решает этот вопрос с довольно разрешительным определением, которое охватывает любое учреждение, имеющее коллекции, открытые для публики. или соответствующим исследователям.Права, которыми обладают библиотеки, важны, но они также достаточно скромны, чтобы сделать их доступными для всех, кто соответствует минимальным критериям, не представляет никакого риска для правообладателей.

Узнать больше
26 ноя 2018

Совместное использование вашей работы в открытом репозитории — отличный способ повысить ваше влияние, помочь сохранить ваше наследие, продвигать законный открытый доступ и пробить крошечную дыру в олигополиях крупных издателей. И команда OAButton сделала один из самых разочаровывающих шагов — немного упростила поиск версии, которую вы можете предоставить на законных основаниях, с помощью инструмента, который поможет вам найти принятую рукопись на различных платформах издателей.Узнайте больше здесь:

Узнать больше
14 ноя 2018

Предположим, что существует полностью финансируемая государством пекарня, целью которой было создание тортов мирового класса и поощрение развития превосходной выпечки тортов. Всем в пекарне — пекарям, менеджерам, кухонным помощникам, консультантам по персоналу, уборщикам — платит государство. Но в пекарне не разрешается раздавать или продавать пирожные напрямую населению.

Узнать больше
9 ноя 2018

«Сама борьба… достаточно, чтобы наполнить сердце человека. Надо представить Сизифа счастливым ».

Узнать больше
31 октября 2018 г.

Сегодня днем ​​я имел удовольствие участвовать в дебатах в оксфордском стиле, спонсируемых Чарльстонской библиотечной конференцией. Тема? «Принято решение: все стипендии должны быть доступны для свободного доступа и повторного использования.«Я выступал за, и я с гордостью могу сказать, что я« выиграл »(что в правилах такого рода дебатов означает, что больше людей изменили свое мнение в пользу моей стороны в ходе дебатов). Это было весело, и я хотел воспроизвести здесь свое вступительное заявление и опровержение, если вам интересно их прочитать. Моя противница, Анджела Кокрэн, была великим спортсменом и подняла важные вопросы, которые, я думаю, мы должны решить — после того, как мы сделаем все стипендии бесплатными для чтения и повторного использования. 🙂

Узнать больше
26 октября 2018 г.

Способ начать меньше тратить на литературу о платном доступе — это начать меньше тратить на литературу о платном доступе.Начни сегодня. Библиотеки должны медленно, но верно отказываться от крупнейших олигополий вендоров и вместо этого вкладывать средства в открытые альтернативы. На протяжении десятилетий они неуклонно повышали свои цены темпами, которые постоянно опережали темпы роста инфляции, ИПЦ и темпов роста нашего бюджета, и они давно переросли любое ценностное предложение, связанное с Большой сделкой. Пора отказаться. Назовите это «Отрицательное обязательство в размере 2,5%».

Узнать больше
26 октября 2018 г.

Итак, в четверг утром вышел новый раунд правил DMCA! Фактически они были предварительно выпущены в четверг, будут напечатаны в Федеральном реестре в пятницу и вступят в силу в воскресенье, 28 октября.Удивительная Harvard Cyberlaw Clinic, взявшая на себя ведущую роль в обеспечении соблюдения правил защиты программного обеспечения и сохранности видеоигр, работает над объяснением, которое, я уверен, будет более тщательным и проницательным, но я знаю, что людям не терпится получить быстрый дайджест. Итак, в 400 словах или около того, что означают новые правила для сохранения программного обеспечения?

Узнать больше
9 октября 2018 г.

В последнем выпуске (# 9) подкаста Science for Progress Бьорн Брембс, резкий критик существующего положения дел в научных публикациях, излагает свою критику импакт-фактора журнала и предлагает радикальную альтернативу для присуждения должностей или финансирования. среди пула квалифицированных кандидатов: случайный шанс.Вот прямая ссылка на MP3.

Узнать больше
4 октября 2018 г.

Из InfoDocket Гэри Прайса приходит новость о том, что Elsevier и ACS подали иск о нарушении авторских прав против ResearchGate в федеральный суд штата Мэриленд. Иск аналогичен иску, поданному почти год назад теми же издателями в немецкий суд.

Узнать больше
4 октября 2018 г.

[T] Аргумент о том, что The Incentives постоянно и грубо обманывают нас всех, не так уж хорош.Я думаю, что есть много причин, по которым исследователи не решаются ссылаться на «Стимулы» как на оправдание того, почему кто-либо из нас ведет себя так, как мы. Я приведу здесь девять из них, но, полагаю, есть и другие.

Узнать больше
24 сен 2018

Я очень рад этому. Сегодня Ассоциация исследовательских библиотек публикует то, над чем я уже некоторое время работаю с действительно замечательной командой фасилитаторов и удивительным сообществом практиков: Кодекс передовой практики добросовестного использования для сохранения программного обеспечения.Здесь у ARL есть подробный пресс-релиз, но я хотел бы добавить несколько своих мыслей по поводу импорта документа.

Узнать больше
21 сен 2018

Это большое дело:

Узнать больше
17 сен 2018

Большая часть работы, связанной с написанием статей, их рецензированием и редактированием, выполняется людьми в университетах за государственный счет.Тем не менее, этот публичный актив был захвачен, упакован и продан нам за феноменальную плату. Больше всего платят библиотеки, финансируемые государством. Налогоплательщики должны раскошелиться дважды: сначала за исследование, а затем за то, что они спонсируют работу. У такой практики могут быть правовые основания. Нет никаких этических оправданий.

Узнать больше
11 сен 2018

Aperio рада объявить о выпуске нашей первой публикации, Journal of Modern Philosophy .

Узнать больше
4 сен 2018

Мы планируем расширить сообщество ученых, которые обязуются исключительно поддерживать общественные системы публикаций с открытым доступом. Важно отметить, что обещания, сделанные участниками, станут активными только тогда, когда будет достигнут заранее установленный порог поддержки, а имена будут анонимными до этого времени, что позволит людям оказывать поддержку, не рискуя своими средствами к существованию.

Узнать больше
20 августа 2018 г.

Посмотрите эту необычную ветку в Твиттере @michael_nielsen, в которой рассказывается история его открытой монографии «Нейронные сети и глубокое обучение.Публикация его книги в Интернете, бесплатная для всех, принесла Нильсену миллионы просмотров, сотни тысяч читательских часов и читательскую аудиторию по всему миру, в том числе там, где закрытая монография никогда не была бы доступна. Он признает получение выгоды от написания в «горячей» области, но даже в этом случае, по оценкам, OA дала ему ~ 100-кратное преимущество по влиянию по сравнению с закрытой публикацией того же контента. У него также был довольно высокий уровень цитирования, что означает, что книга «читаема» с точки зрения академической экономики престижа на таких сайтах, как Google Scholar.

Узнать больше
12 августа 2018

Во время деловой поездки в Нью-Йорк в марте 1968 года Симпсон совершил поездку по каждой из трех [телевизионных] сетей. На каждой остановке он просил посмотреть трансляцию за предыдущий месяц. Все они сказали ему, что они недоступны — они сохраняли свои передачи только около двух недель, потому что хранить их было слишком дорого.

* с 50 лет назад консервативный активист предпринял попытку записывать все трансляции сетевых новостей , Smithsonian Magazine *

Узнать больше
9 августа 2018 г.

В недавнем сообщении в блоге Рик Андерсон рекламирует серию новых исследований издателей, которые (в основном) лгут о своей ценности, включая вымышленные редакционные коллегии, ложные показатели, поспешные или несуществующие процессы рецензирования и многое другое.У людей есть много мнений об этих издателях, и о них было написано изрядное количество ученых, при этом большая часть интереса была сосредоточена на различных способах выяснить, являются ли они «настоящей проблемой» для академии. Андерсон говорит, что теперь у нас есть больше доказательств того, что «издатели-хищники» (сокращенно PP) представляют собой реальную проблему, и отмечает в комментарии, что по совпадению он организует «группу участников саммита» для разработки решений.

Узнать больше
20 июля 2018 г.

Paywall: фильм выглядит как убедительная презентация проблем, которые волнуют меня лично в течение многих часов моего бодрствования каждый день.Мы будем показывать фильм в октябре (сейчас ориентировочно 25 октября) — смотрите это место, чтобы узнать больше по мере приближения даты.

Узнать больше
11 июля 2018 г.

Вчера судья Клария Хорн Бум (какое замечательное имя — прямо там, рядом с бейсболистом Washington Nationals Спенсером Кибумом) из Восточного округа Кентукки опубликовала хорошее заключение (PDF), IMO, обнаружив нарушение прав радиостанции, которая использовала CC- ПО фотографии Уилли Нельсона (теперь я боюсь, что меня подадут в суд за неправильную атрибуцию фотографии CC-BY (подробнее об этом позже), поэтому вам придется щелкнуть по ней, чтобы увидеть ее) без указания авторства или информации о лицензии, требуемой CC -По условиям.Фотограф Ларри Филпот разместил фотографию в Wikipedia Commons и направил на радиостанцию ​​письмо о прекращении противоправных действий, когда обнаружил фотографию без указания авторства или лицензии, которая использовалась на веб-сайте радиостанции для рекламы предстоящего концерта Нельсона. .

Узнать больше
10 июля 2018 г.

Как я уверен, вы уже слышали, вчера вечером президент объявил о своей кандидатуре судьи Бретта Кавано из округа округа Колумбия в Верховный суд.В средствах массовой информации нет недостатка в информации о судье Кавано, и в ближайшие недели их наверняка будет гораздо больше, но я хотел бы обратить ваше внимание на одно из его мнений, которое уже заняло центральное место среди людей, интересующихся информационной политикой. : заметное несогласие с мнением DC Circuit, поддерживающим правила сетевого нейтралитета FCC. (Ну, чтобы не волноваться, но на самом деле это было несогласие с решением не пересматривать дело en banc, то есть со всеми судьями в D.C. Circuit, после того, как меньшая комиссия поддержала правило FCC.)

Узнать больше
5 июля 2018 г.

Если вы ученый, который ищет список того, что нужно сделать для реформирования ужасной, злой, глупой и несправедливой системы научных публикаций, вы можете сделать намного хуже, чем этот список из недавней статьи Джона Теннанта в Aeon:

Узнать больше
21 июня 2018 г.

Нам трудно убедить отдельные университеты или спонсоров взять на себя обязательство поддерживать нас даже на базовом уровне в 1000 евро в год, поскольку их бюджет съедается всеми настойчивыми (и хорошо рассчитанными) счетами от коммерческих издателей. .

Узнать больше
25 мая 2018 г.

Директора академических библиотек не должны подписывать крупную сделку или какие-либо всеобъемлющие лицензионные соглашения с коммерческими издателями.

Узнать больше
25 мая 2018 г.

Отрицая добросовестное использование, эти владельцы контента признавали большую правду об авторском праве, Интернете и даже о законе в целом: это работает в основном благодаря терпимости.Не каждый случай ясен; не каждый результат может быть реализован; и не все возможные юридические последствия можно вынести. Напротив, поведение «серой зоны» должно быть неявно разрешено или, по крайней мере, терпимо.

Узнать больше
22 мая 2018 г.

CC-BY действительно разрешает перепродажу того, что уже есть в Интернете бесплатно. Любой, кто платит за объект по CC-BY, либо делает пожертвование, либо платит налог за неумелость поиска в Интернете.А несколько ключевых элементов CC-BY позволяют предотвратить подлое использование.

Узнать больше
7 мая 2018 г.

Как и система здравоохранения США, академические публикации несут бремя поддержки своих ростовщических посредников. Увести их с дороги — это проблема политики и организации, а не технологий или затрат. Мы, ученые, уже делаем всю работу — исследуем, пишем, рецензируем, редактируем — бесплатно внося свой труд гигантским компаниям, которые утверждают, что помогают нам получить и сохранить наши невероятно привилегированные рабочие места.Но большинство из нас прямо или косвенно поддерживается государством и нашими студентами (или их банками), а не издателями журналов. Нам больше не нужна большая часть того, что делают издатели журналов, и работа на них ухудшает наши исследования, делая их менее инновационными и трансформирующими, менее привлекательными и заинтересованными, менее открытыми и подотчетными.

Узнать больше
25 апреля 2018

В стремлении создать общедоступный онлайн-архив, загрузки и распечатки отдельных людей, хранящиеся в автономном режиме, — единственное, что может заполнить каталог.

Узнать больше
15 марта 2018 г.

Новое исследование, проведенное через Boing Boing, показало, что платные научные журналы практически ничего не вносят в публикуемые ими статьи.

Узнать больше
12 марта 2018 г.

В этом сообщении в блоге перепечатано приложение, которое я написал к короткому отчету юридического консультанта по юридическим вопросам, связанным с архивированием телевизионных новостей.Полный отчет и приложение скоро будут доступны в научном репозитории Вандербильта по лицензии CC-BY.

Узнать больше
1 марта 2018 г.

Счастливой недели добросовестного использования! Сегодня хочу немного написать о программном обеспечении. В последнее время я много работал с людьми, занимающимися сохранением программного обеспечения, и пытался подумать о проблемах, с которыми они сталкиваются из-за авторского права. Я надеюсь, что сообщество сможет найти решения по крайней мере для некоторых из этих проблем на основе добросовестного использования, но пока что я был поражен одним уникальным аспектом программного обеспечения с точки зрения авторских прав: во многих отношениях это больше похоже на пианино, чем на пианино. рояль.Суды учитывали этот функциональный аспект программного обеспечения во многих контекстах, и я надеюсь, что это сделает его хорошим кандидатом для аргументов в пользу добросовестного использования в контексте сохранения.

Почему я говорю о пианино для плееров? Что ж, есть отличное дело, которое обычно преподается довольно рано в большинстве курсов по авторскому праву, под названием White-Smith v. Apollo, дело 1908 года, которое касается последствий для авторского права тогда еще новой фортепианной технологии. (Новые технологии часто представляют собой вызов авторскому праву, которое во многих важных отношениях является режимом регулирования технологий, сфокусированным на копировании технологий.Каждый раз, когда кажется, что закон укрощает данную технологическую парадигму, происходит сдвиг, который нарушает положение вещей!) Вопрос для суда заключался в том, были ли пианино, позволяющие пианино играть песни, «копиями» охраняемых музыкальных произведений для определенных целей. закона об авторском праве. В противном случае потребовалось бы разрешение музыкальных издательских компаний до производства новых свитков, в которых закодированы песни, которые они контролируют. Как отметил Верховный суд в своем заключении, «вопрос, связанный с использованием таких свитков, имеет очень важное значение, затрагивает крупные имущественные интересы и тесно затрагивает права композиторов и музыкальных издателей.Издатели подали иск.

Узнать больше
28 февраля 2018 г.

Кросс размещен на SPARC для Недели добросовестного использования!

Узнать больше
27 февраля 2018 г.

Следующее гостевое сообщение в блоге было написано Тайлером Гарлингом, студентом, который недавно посещал курс Ремикса Стефа Серасо. Тайлер расскажет о своем проекте аудио-ремиксов на нашем мероприятии «Неделя добросовестного использования», The State of the Remix @ UVA, сегодня, фев.27, с 9.00 до полудня в Harrison-Small Auditorium. Ниже Тайлер говорит об этосе ремиксов — видении творчества, которое является открытым и совместным. Добросовестное использование существует для того, чтобы реализовать именно такой дух, так что это отличный способ продолжить празднование Недели добросовестного использования 2018.

Узнать больше
26 февраля 2018 г.

Из Weekend Edition NPR, красивое резюме одного из многих недостатков в научных публикациях, который на самом деле является дисфункцией в науке: время задержки и ненадежность экспертной оценки.Ученые стремятся вывести экспертные оценки из 17 века

Узнать больше
26 февраля 2018 г.

Неделя добросовестного использования уже здесь! Это особая неделя каждый год, когда мы уделяем немного времени празднованию самой важной части Закона об авторском праве (ИМХО) — Раздел 107, гибкая, основанная на суждениях доктрина, разрешающая бесплатное, нелицензионное использование охраняемых авторским правом произведений для ценных культурных ценностей. целей.

Узнать больше
9 февраля 2018 г.

Программное обеспечение может пожирать мир, но что-то еще большее пожирает программное обеспечение: авторское право.В частности, боязнь авторских прав среди профессионалов, которым поручено поддерживать унаследованное программное обеспечение и обеспечивать его полезность для будущих поколений. Это то, что я и мои соавторы заключаем в отчете, опубликованном сегодня Ассоциацией исследовательских библиотек в рамках проекта, финансируемого Фондом Альфреда П. Слоана.

Узнать больше
25 янв.2018 г.

Библиотеки борются за сетевой нейтралитет более десяти лет. Как обычно, мы были намного впереди всех; теперь в дело вступают сети быстрого питания! Этого почти достаточно, чтобы вы захотели пойти съесть Воппер.Ещё с AdWeek:

Узнать больше
18 янв.2018 г.

Похоже, это действительно мощный инструмент, решающий очень реальную проблему — как найти качественные ООР, когда они разбросаны по такому количеству разрозненных мест? Страница Мейсона кажется идеальной отправной точкой для любого преподавателя, который задается вопросом, могут ли они перейти на OER для своего курса или повысить ценность открытого контента.

Узнать больше
4 января 2018 г.

Захватывающая новая статья Бьорна Брембса и Алекса Холкомба в Times Higher Ed:

Узнать больше
1 декабря 2017 г.

В эту среду Союз авторов опубликовал чрезвычайно полезный новый документ о добросовестном использовании, который, я думаю, будет полезен практически всем в UVA, кто создает оригинальные научные работы, исследования и критику: — Руководство Союза авторов по добросовестному использованию для авторов научной литературы .Руководство следует по стопам длинной и выдающейся серии документов о передовых методах добросовестного использования и определяет три основных сценария, в которых добросовестное использование будет применяться к документальной литературе, в которой используются материалы, защищенные авторским правом третьих лиц.

Узнать больше
21 нояб.2017 г.

F.C.C. Объявляет о плане отмены сетевого нейтралитета — The New York Times

Узнать больше
17 нояб.2017 г.

У академических издателей долгое время были непростые отношения с академическими социальными сетями (ASN), такими как Academia.edu и ResearchGate, которые упрощают обмен журнальными статьями. STM, ассоциация издателей STEM, разработала собственное узкое определение допустимого академического обмена как способа ограничения этих сайтов. Затем группа издателей STEM (ACS, Elsevier, Wiley, Brill) выразила свое недовольство ResearchGate, потребовав от него подписаться на принципы STM и разработать технические меры по обеспечению их соблюдения на своем сайте. Когда ResearchGate отказал, издатели в группе отправили уведомления об удалении статей, взятых из журналов, которые они публикуют.Совсем недавно два издателя (ACS и Elsevier) подали иск против сайта в Германии, где базируется ResearchGate, по обвинению в широкомасштабном нарушении авторских прав.

Узнать больше
24 октября 2017 г.

Я очень рад сообщить, что я работаю с моими хорошими друзьями из Ассоциации исследовательских библиотек, включая Кристу Кокс из ARL, и создателей передового метода добросовестного использования Питером Джасзи и Пэтом Ауфдерхайде из Американского университета. новый проект: свод лучших практик добросовестного использования для сохранения программного обеспечения.Благодаря щедрому финансированию со стороны Фонда Альфреда П. Слоана и в тесном сотрудничестве с Сетью сохранения программного обеспечения мы узнаем о текущем состоянии этой области, а затем будем помогать сообществу совместно обсудить способы, которыми добросовестное использование может поддержать его жизненно важная работа.

Узнать больше
11 августа 2017

Гостевой пост Эллен Катц Рэмси, директора службы научных репозиториев UVA.

Узнать больше
9 августа 2017 г.

Еще в марте я выступал в рамках серии «Час медицинского центра UVA» о феномене так называемых «хищнических публикаций», и я использовал это как отправную точку для более широкого разговора о формах хищничества в академических публикациях. .

Узнать больше
25 мая, 2017

С понедельника, 22 мая 2017 г., действует Правило открытого лицензирования Министерства образования. Правило помогает обеспечить широкий доступ общественности к результатам исследований в области образования, финансируемых из федерального бюджета. Федеральные инвестиции в этой области могут принести большую пользу населению, и требование плана общественного доступа, включающего широкие лицензии для поощрения повторного использования, поможет приумножить эти выгоды.SPARC предлагает отличный обзор правила, включая полный текст и ссылки на соответствующие законы и постановления.

Узнать больше
19 мая 2017 г.

Соавторами этого сообщения являются Дэвид Хансен и Брэндон Батлер, он размещен в The Taper и в блоге научных коммуникаций библиотек Duke University.

Узнать больше
18 мая, 2017

Представьте, если бы вы могли скачать.ZIP-файл со всеми записями Бюро регистрации авторских прав с начала времен, скажем, до 2014 года, в стандартизированном формате с возможностью поиска, бесплатно в Интернете. Кому что принадлежит, когда оно было опубликовано, было ли оно продлено, даже (осмелитесь мечтать), когда авторские права были проданы или переданы по лицензии исключительно другим, все в стандартных форматах по вашему выбору. Что люди могут построить на основе этого бесплатного набора данных? Чему могли научиться ученые? Что можно сделать, чтобы оживить забытые произведения для новой аудитории?

Я спрашиваю, потому что Библиотека Конгресса только что сделала эквивалент со своими записями в формате MARC, электронную версию карточек в карточном каталоге.Библиотека выпустила 25 миллионов записей, это самый крупный выпуск общедоступных данных за всю историю, для бесплатного массового скачивания в Интернете. В течение многих лет Библиотека старательно создавала, компилировала, обновляла и распространяла эти записи среди библиотек через службу подписки, которую она по-прежнему будет предлагать. (Бесплатная массовая загрузка не включает данные за последние 2 года, чтобы сохранить определенный стимул для институциональных пользователей поддерживать услугу подписки, предположительно, механизм возмещения затрат, который поддерживает создание и обслуживание данных).

Это примечательно, потому что оно полностью несовместимо с аргументом сторонников HR 1695 о том, что Бюро регистрации авторских прав необходимо разорвать связи с Библиотекой, чтобы «модернизировать» свои информационные услуги.

Узнать больше
17 марта 2017 г.

Посмотрите этот небольшой фрагмент, который я написал для HathiTrust, в котором объясняется новая политика непотребительского использования, которую наша группа помогла разработать, чтобы направлять исследователей в их стремлении законно и добросовестно использовать миллионы защищенных авторским правом томов в HathiTrust. библиотека.

Узнать больше
21 февраля 2017 г.

перекрестно размещено в Библиотеке Гарварда. Блог об авторских правах

Узнать больше
12 янв.2017 г.

От Кайла Кортни, Мэри Миноу и меня, размещено в журнале библиотеки здесь. Кроме того, сегодня утром я написал небольшой твит о новой работе последнего Регистра, вращающейся двери и риске культурного захвата.

Узнать больше
14 декабря 2016 г.

Сегодня я отправил письмо лидерам Конгресса от имени 42 юристов, ученых и опытных библиотекарей.В нем мы объясняем богатую взаимосвязь между библиотеками и авторским правом и призываем Конгресс оставить Офис там, где он жил более века: в Библиотеке Конгресса. Мы надеемся, что это письмо будет полезным вкладом, поскольку Судебный комитет Палаты представителей рассматривает первую часть своей программы реформы авторского права, объявленной ранее на этой неделе в одностраничном и коротком ролике на YouTube, посвященном Бюро авторского права. Библиотеки Университета Дьюка вчера прислали фантастическое письмо, Альянс библиотечного авторского права (LCA) опубликовал четкое предварительное заявление, и я ожидаю, что по мере продолжения этого обсуждения библиотечное сообщество получит больше отзывов.

Наше письмо изначально было вызвано другим письмом,

Узнать больше
21 нояб.2016 г.

Товарищ! Вся ваша жизнь, как песочные часы, всегда будет перевернута и когда-нибудь снова закончится, — пройдет долгая минута времени, пока все условия, из которых вы выросли, не вернутся в колесо космического процесса. И тогда вы снова обнаружите каждую боль и каждое удовольствие, каждого друга и каждого врага, каждую надежду и каждую ошибку, каждую травинку и каждый луч солнца, и всю ткань вещей, из которых состоит ваша жизнь.

Фридрих Ницше, Записки о вечном возвращении

Во времена больших перемен и потрясений мы, в стране библиотек и авторских прав, можем получить некоторое утешение, по крайней мере, в одном вечном повторении: курс штата Джорджия оставляет за собой право повторять и продолжать.

Узнать больше
14 нояб.2016 г.

В Вашингтоне, округ Колумбия, витают перемены, и все об этом говорят.Конечно, я имею в виду Бюро регистрации авторских прав. The Washington Post и Wall Street Journal опубликовали статьи, полные диких спекуляций о зловещих силах, сговорившихся с новым библиотекарем Конгресса, доктором Карлой Хайден, с целью сменить охрану в Бюро авторского права, чтобы, например, подорвать авторское право, как мы. знай это, чувак. Дон Хенли сообщил изданию Post , что библиотеки позволяют людям читать книги бесплатно, поэтому увольнение бывшего Реестра авторских прав Марии Палланте должно быть частью заговора библиотечных технологий, направленного на подавление гонораров, которые YouTube платит авторам песен.

Подождите, что?

Самая странная вещь во всей этой теории заговора (кроме того, что WSJ называет Палланте «патентным защитником» — неправильный IP, парни), это то, что все начинается с идеи, что ход библиотекаря — это загадка, которую нельзя объяснить имеющимися фактами. . У меня нет доступа к какой-либо инсайдерской информации, но я не думаю, что она мне нужна: бывшая Регистратура Мария Палланте не считала, что ей следует работать в Библиотеке. Библиотекарь, видимо, согласился. Конец.

Так что же происходит на самом деле?

Узнать больше
4 ноя.2016

В этом гостевом посте библиотекарь UVA Open Publishing Дэйв Гаманди комментирует состояние политики открытого доступа федерального правительства и, в частности, отвечает на недавнюю запись в блоге Министерства энергетики о «компромиссах», связанных с работой с издателями в целях предоставить открытый доступ к стипендиям, финансируемым из федерального бюджета.Важно аплодировать нашим друзьям в правительстве, когда они движутся в правильном направлении — и они, безусловно, сделали это, как ясно показывает недавний обзор Недели открытого доступа Джерри Шихана. Но послание Дейва здесь не менее важно: мы также должны подвергать сомнению сомнительные компромиссы и полумеры на этом пути, прежде чем они станут общепринятой практикой.

Узнать больше
2 ноя.2016

Добро пожаловать в The Taper, блог об авторском праве и связанных с ним вопросах библиотечной политики, как видно из моего офиса в Библиотеке Университета Вирджинии, духовном (и изначально физическом) сердце «академической деревни» Томаса Джефферсона.«Меня зовут Брэндон Батлер, новый (-евший) директор по информационной политике библиотеки, и я буду основным автором блога. Для меня также будет привилегией размещать гостевые посты от моих коллег в Библиотеке и за ее пределами, которые появятся на этих страницах в ближайшие дни и недели, чтобы поделиться своими мыслями о политике и рассказать вам обо всех крутых вещах, которые они представляют. делаем для того, чтобы способствовать более эффективному функционированию экосистемы для преподавания, обучения и стипендий как на местах, так и за их пределами. Читайте некоторые мысли о названии блога и мнение нашего основателя.

Подробнее .

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован.