Шаблон сайта Настраиваемая выгрузка товаров в Target.my и Товары@mail.ru для DIAFAN.CMS

МОДУЛЬ ПРЕДОСТАВЛЯЕТСЯ БЕСПЛАТНО для наших клиентов.

Возможности:
Создание настраиваемого фида для экспорта товаров интернет-магазина в Target.my и Товары@mail.ru

Решаемые задачи:
Указание для товаров категорий, соответствующей категориям Товары@mail.ru
Указание наличия доставки
Указание стоимости локальной доставки
Указание наличия самовывоза
Использование шаблона для составления имени выгружаемого товара
Использование шаблона для составления описания выгружаемого товара
Указание производителя для выгружаемого товара
Указание типа товара
Указание ставка cbid для использование в сервисе Товары@mail.ru
Перечисленные выше настройки могут быть указаны и как общие для всего магазина, так и собственные для конкретной категории товаров.
Указание utm-меток в выгружаемых url для товара
Использование шаблонов для составления utm-меток
Возможность не выгружать товары у которых отсутствуют изображения
Возможность выгружать или не выгружать определённые категории
Возможность выгружать или не выгружать определённые товары

Для установки Вам потребуется:
Архив с последней версией модуля (feedtarget_v0. 3.zip)
Сайт на DiafanCMS не младше версии 6.0.3
Хостинг с PHP не младше версии 5.6

Доступ в админку демо-сайта:
Для получения доступа в админку демо-сайта пишите в ЛС.

Обновления:
0.3 24 сентября 2016:
Добавлена настраиваемая возможность использовать в фиде производителя не только из настроек модуля фида, но и из модуля интернет-магазин.
Добавлена возможность не выгружать товары без цены
Добавлена возможность не выгружать товары с ценой меньше указанного значения.
Добавлена возможность выбора размера изображений товаров, которые будут использованы в выгрузке.
Добавлена возможность использовать шаблоны для поля typePrefix

Модуль разработан для клиентов компании Онлайн Мастер
И протестирован на Хостинге для DiafanCMS.
Если Вы хотите использовать этот модуль бесплатно или Вам нужна помощь в установке, настройке или использовании наших модулей, мы будем рады видеть Вас среди наших клиентов.

Модуль выгрузки товаров для Target.my и Товары@mail.ru предназначен исключительно для последней актуальной версии Diafan.CMS и PHP не младше 5.6

Если у Вас более ранняя версия, обновитесь и удостоверьтесь что перед установкой модуля остальные возможности CMS работают корректно.

!Если у Вас есть сомнения в том, что установка может пройти «гладко», обратитесь за помощью к профессионалам.

ВАЖНО!!! Перед установкой:
Обязательно сделайте резервные копии файлов и баз данных Вашего сайта.

Всё что Вы делаете, Вы делаете на свой страх и риск. Никто кроме Вас не несёт ответственности за Ваши действия и последствия которые они могут повлечь.

Установка:
1. Скачиваем архив с модулем.
2. Заходим в раздел «Темы и дизайн» административной части DiafanCMS
3. Заходим (открываем на редактирование) в текущую тему
4. В пункте «Импорт темы», нажимаем «Выбрать файл»
5. Выбираем скачанный архив с модулем.
6. На странице редактирования темы жмём сохранить.
7. В разделе «Настройки» заходим в подраздел «Модули и БД» и устанавливаем галочку у появившегося модуля «Прайс-лист для Мэйл.Таргет».
8. В разделе «Интернет-магазин» заходим в подраздел «Прайс-лист для Мэйл.Таргет» и выбираем настройки модуля.
9. Товарный фид в соответствии с выбранными настройками будет доступен по адресу site.ru/custom/<название Вашего шаблона>/modules/feedtarget/feedtarget.xml.php

*при выключении/включении модуля настройки сбрасываются к дефолтным. Их можно изменить в файле modules/feedtarget/feedtarget.xml.php

ON TARGET — Перевод на русский

So these guys are right on target for a practical use of scaling technology.

Так что эти ребята правы в своём практическом использовании технологии масштабирования.

On the Display Network, you can target your ads very effectively.

Для контекстно-медийной сети можно задать довольно точные настройки таргетинга.

Read more about where your ads might appear when you target high-end mobile devices.

Подробнее о местах размещения объявлений при таргетинге на мобильные устройства высокого класса…

To better reach your potential customers, you can also target your campaigns to the languages they speak.

Чтобы настроить максимально точный таргетинг, можно также указать целевые языки.

In our example, we used the labels target and placement.

В данном примере используются ярлыки target (цель) и placement (место размещения).

We’ve set 2020 as our target year for zero, for reaching the top, the summit of Mount Sustainability.

Мы назначили 2020 год нашим целевым годом «ноль», годом достижения вершины, Пика Устойчивого Развития.

Generally, you’ll want to try to place your ads in front of as many people as possible within your target audience.

Чаще всего основная задача состоит в том, чтобы показать рекламу всей целевой аудитории.

Learn how to

target and exclude websites about specific topics.

Выбор и исключение веб-сайтов определенной тематики

Placement-targeted campaigns and keyword-targeted campaigns that target the Google Display Network.

Кампании с таргетингом на места размещения и на ключевые слова, проводимые в контекстно-медийной сети Google.

Narrow your experiment to target a specific change

Выбрать и протестировать конкретное изменение

Returning to our previous example, rather than targeting your campaign to the country of France, you can target all the regions in France.

Вместо таргетинга на страны выберите в настройках кампании таргетинг на регионы или по карте.

If you use keywords to target your ads, you select a set of keywords related to the product or service you’d like to advertise.

Вы можете использовать таргетинг по ключевым словам.

For someone who’s located within the target radius

при нахождении в целевом радиусе;

It’s a safety boundary around the target.

Это граница безопасности вокруг цели.

And the reserve was a target to the rebels.

И заповедник был целью повстанцев.

But the point is we are right on

target.

Но суть в том, что мы как раз у цели.

Definitely moving towards the landing target. Watch the whip of its tail as it does it.

Наблюдайте за животным. Определённо движется в сторону площадки для приземления. Смотрите на взмахи хвоста.

We plan to launch this product in India in 2010, and the target price point will be 25 dollars, less than 0,:,1 percent of the cost of a traditional incubator.

А его базовая цена составтяет 25 долларов, менее чем 0,1 процента стоимости классического инкубатора.

There’s a target somewhere here.

Где-то здесь есть объект.

myTarget обзор сервиса, отзывы target.my.com

В 2015 году Mail.Ru Group запустила рекламную сеть myTarget, объеденяющую социальные сети Vk.com, Odnoklassniki.ru, Моймир. Охват пользователей — более 140 млн. человек.

Клиентам предоставляется платформа для создания и управления рекламными кампаниями – 15 типов таргетирования и фильтрация от ботов, аукционное формирование стоимости показов объявлений и детальная статистика.

Инструменты myTarget

Рекламодатели получают следующий функционал:

• Реклама сайтов и групп в социальных сетях, мобильных игр и приложений;

• Выбор площадок для трансляции объявлений – Одноклассники, Мой мир и сервисы Mail.Ru;
• Использование UTM-идентификаторов для получения детальной информации по трафику;
• Создание целевых аудиторий по источникам – игры, приложения и группы в сообществах Одноклассники и Мой мир, загрузка текстовых файлов с ID пользователей из соц. сетей;
• Таргетирование трафика – по возрасту и полу, моделям мобильных устройств и установленным операционным системам, по личному доходу и другим показателям;
• Геотаргетинг – страны СНГ, регионы и города;
• Настройка времени работы рекламной кампании – дни и часы;
• Корректировка ценообразования – оплата кликов или показов, использование фиксированной ставки и стратегии минимального расхода бюджета.

Предоставляются статистические данные по CTR рекламы, переходам и числу кликов, по демографии – мужчины, женщины и возраст.

Какие результаты получит арбитражник или рекламодатель

Используя гибкое таргетирование мобильного трафика, механизм ценообразования – аукционная стратегия и модели ограничения и распределения бюджета, рекламодатели по минимальным ценам привлекут на свои проекты – сайты и мобильные приложения, целевую аудиторию. Увеличат параметр «conversion rate» и количество продаж.

Как создать объявление в myTarget?

Нажмите «Начать работу», далее «Регистрация» и авторизация через аккаунты в соц. сообществах.

Кликните по пункту меню «Кампании» – «Создать кампанию». Выберите объект рекламы – сайт или группа, игра или приложение.

Укажите ссылку на ресурс или игру и определите рекламные площадки – Мой мир, Одноклассники или Mail.Ru.

Придумайте заголовок, впишите текст объявления и загрузите изображение.

Добавьте вручную UTM метки или используйте автоматический режим.

Настройте таргетирование трафика – 15 параметров:  по возрасту, дню рождения и полу, по типам мобильных девайсов и так далее.

Укажите геотаргетинг и время показов рекламы.

Скорректируйте стратегии расхода бюджета – аукцион или без ограничений, распределите показы – максимальное число трансляций в минимальные сроки или оптимальная интенсивность. Нажмите «Создать кампанию».

После модерации объявлений оплатите показы – QIWI, WebMoney, VISA.

Для таргетинга по целевым клиентам перейдите на страницу «Аудитории» и выберите источник — игры и приложения, группы и списки. Впишите ссылку на приложение в форму или загрузите список пользователей.

Отметьте цели – игравшие в игру, игравшие и платившие или пользователи, которые не платили. Дайте название и нажмите «Сохранить аудиторию».

Проводя рекламные кампании на платформе myTarget, рекламодатели обеспечат повышение конверсии и рост продаж, за счет использования глубокого таргетирования трафика и широкого охвата мобильных пользователей из социальных сетей и сервисов Mail.Ru.

MyAdsTarget

Умный бид-менеджер определит наилучшее значение ставки автоматически для всех рекламных систем.

Автоматическая UTM-разметка делает процесс запуска кампании еще проще и быстрее, чем на других платформах.

Копирование рекламных кампаний из кабинетов Яндекс.Директа, Вконтакте, Google Adwords, TikTok, Facebook, Instagram, MyTarget, Search Ads.

Массовый генератор объявлений учитывает все технические требования Яндекс.Директ и Google Adwords, упрощает работу маркетологов.

Статистика по всем рекламным кампаниям формируется в одном кабинете по разным параметрам и периодам.

Финансовая отчетность предоставляется моментально по запросу клиента.

Импорт лидов со всех платформ осуществляется в личном кабинете. Можно выгрузить данные в Google-таблицы или отправить по электронной почте.

Синхронизация показа рекламы с актуальными данными склада помогает круглосуточно обновлять объявления при изменении наличия или цены.

Автоматическое создание фидов адаптирует рекламу для всех платформ и устройств.

Создание и управление стратегиями всех рекламных систем происходит в соответствии с заявленными KPI.

Автоматическое создание групп объявлений позволяет запустить несколько кампаний за очень короткое время.

Конструктор формы обратной связи отличается многофункциональностью и разнообразием шаблонов.

Кроссминусовка исключает конкуренцию запросов Яндекс.Директ и Google Adwords друг с другом.

Единый код аналитики собирает статистику по всем каналам.

В My Target рекламодатели и площадки смогут договориться напрямую

Mail.Ru Group запустит на своей платформе My Target инструмент «Прямые сделки». Он позволит рекламодателям покупать конкретные размещения по прямой договоренности с площадкой. В Mail.Ru считают, что благодаря «Прямым сделкам» издатели смогут увеличить доход от рекламы и найти новых партнёров.

Настроить, оптимизировать и оценить эффективность объявлений можно будет в myTarget. Там же можно будет подключить релевантные инструменты, включая таргетинги на узкие сегменты аудитории.

Цена, рекламный формат, объем и места размещения должны быть оговорены заранее. Сейчас на платформе доступны следующие форматы: прероллы, out-stream видео, html5-баннеры и мультиформат для показа на разных устройствах.

«Прямые сделки» позволяют рекламодателям использовать эффективные рекламные форматы на наиболее приоритетных для них площадках  по заранее установленной цене. Это дальнейшее развитие нашей премиальной сети: в текущем продукте уже возможно покупать только аффинитивные сайты, в том числе с кросс-частотой, но сейчас рекламодатели ограничены единым форматом на всех площадках. С появлением прямых сделок становится возможным использование форматов, недоступных в аукционе – например, билборда 970х250 – с оговоренным приоритетом», – рассказал директор по рекламным продуктам Mail.Ru Group Максим Зенин.

Специалисты смогут выбрать из двух опций настройки: гарантированного и негарантированного выкупов. В первом случае таргетинг полностью настраивается издателем, во втором у рекламодателя есть доступ ко всем настройкам таргетирования.

Теперь рекламные агентства и компании смогут напрямую работать с премиальными площадками. Объявления можно будет размещать на местах, которые часто бывают недоступны в аукционе, а том числе и в приоритетном порядке.

К прямым сделкам уже подключились сеть нативной видеорекламы Native Roll, платформа для размещения нативной рекламы Buzzoola, издательство Hearst Shkulev Digital, оператор Wi-Fi «МаксимаТелеком» и онлайн-кинотеатр ivi  (он показывает таргетированную рекламу на телевизорах с функцией Smart TV).

перевод, произношение, транскрипция, примеры использования

Эта цель достижима? / Это реалистичная цель? 

Стрела не попала в мишень. / Стрела пролетела мимо цели.  

Old people are a prime target for thieves. 

Старики являются главной мишенью для воров. 

Thieves often target unprotected vehicles. 

Воры часто выбирают в качестве цели незащищённые транспортные средства. 

He was a target of slander. 

Он был объектом клеветы. 

Alan took aim at the target. 

Алан прицелился в мишень. 

Higher degrees in English are a target for foreign students. 

Цель иностранных студентов – учёная /научная/ степень по английскому языку. 

His brother was the main target of his gripes. 

Его брат был основным объектом его недовольства. 

The paper targets young people. / The paper is targeted at / on young people. 

Целевая аудитория этой газеты — молодые люди. 

The arrow overreached the target. 

Стрела пролетела дальше цели. 

She hit the target with deadly accuracy. 

Она попала в цель с убийственной точностью. 

Our target audience is men aged between 18 and 35. 

Наша целевая аудитория — мужчины в возрасте от восемнадцати до тридцати пяти лет. 

His behaviour had made him the target of public hostility and odium. 

Из-за своих поступков он стал мишенью для публичной ненависти и враждебного отношения. 

They set a target date of May 31. 

В качестве контрольной даты они назначили тридцать первое мая. 

Our target is to raise $20,000 for cancer research. 

Наша задача — собрать двадцать тысяч долларов на онкологические исследования. 

No civilian buildings were targeted. 

По гражданским зданиям огонь не вёлся. 

New retail real-estate firm is targeting San Antonio. 

Новое агентство планирует выйти на рынок недвижимости Сан-Антонио. 

That was a good aim; the target has been blown to pieces. 

Прицел был точен — мишень разнесло в щепки. 

He got a good fix on the target. 

Он хорошенько сосредоточился на мишени. 

This target should be attainable. 

Эта цель должна быть достижимой. 

She fired the arrow at the target. 

Она выпустила стрелу в цель. 

The arrow hit the outermost ring on the target. 

Стрела попала во внешнее кольцо мишени. 

I had failed to beat my 30 day target by 3 days, 15 hours, 7 minutes. 

Мне не хватило 3 дней, 15 часов и 7 минут для того, чтобы уложиться в запланированные 30 дней. 

We were briefed that if we could not sight and identify the target we had to bring our bombs back. 

У нас были инструкции не сбрасывать бомбы, если мы не обнаружим и не опознаем цель. 

Planes struck at key military targets. 

Самолёты нанесли удар по ключевым военным объектам. 

the target model at the end of 2017 (86%). «My Documents» Centers made the list of top-5 nominees for the WSIS Award :: Совершенствование государственного управления

The centers for providing public and municipal services “My Documents” made the list of top-5 projects nominated for the awards at the World Summit on the Information Society (WSIS).

The WSIS Prizes prize is a unique international contest developed to create an effective mechanism to evaluate and recognize individuals, governments, civil society, local, regional and municipal institutions for successfully implementing development strategies using information and communication technologies.

After consideration by a group of experts, 1064 ICT projects from all over the world were nominated for the competition, and over 2 million votes were received from WSIS stakeholders. “”My Documents” Centers have been selected as WSIS 2019 Champion in the Category 7 — AL C7 “ICT applications: benefits in all aspects of life: e-government.”

The winners of the WSIS Prizes 2019 will be announced during the WSIS 2019 award ceremony at the World Summit on the Information Society, which will be held on April 8-12, 2019 in Geneva.

The network of multifunctional centers for providing state and municipal services “My Documents” was created about 10 years ago. At the moment, it includes 2,800 MFCs and more than 10,000 offices for the provision of public services. «My Documents» Centers provide the most popular and widespread services: issuing a national and travel passport, extracts from the cadastral chamber, issuing a driver’s license and many others. In total, “My Documents” Centers provide 29 federal-level services and 100-150 regional and municipal services, mainly in the area of social security.

Оцените материал

miRU: автоматизированный сервер прогнозирования мишеней miRNA | Исследование нуклеиновых кислот

Аннотация

MicroRNAs (miRNAs) играют важную роль в регуляции экспрессии генов у животных и растений. Поскольку миРНК растений распознают свои мРНК-мишени с помощью почти идеального спаривания оснований, для идентификации потенциальных мишеней можно использовать поиск сходства вычислительных последовательностей. Интегрированная компьютерная система на базе Интернета, miRU, была разработана для предсказания гена-мишени miRNA растения в любом растении, если доступно большое количество последовательностей.Учитывая зрелую последовательность miRNA от вида растений, система тщательно ищет потенциальные комплементарные сайты-мишени с несовпадениями, допустимыми в распознавании miRNA-мишени. Истинные или ложные положительные результаты оцениваются на основе количества и типа несовпадений в целевом сайте, а также на эволюционной сохранности целевой комплементарности в другом геноме, который может быть выбран в соответствии с консервативностью miRNA. Выходные данные для предсказанных целей, упорядоченные по оценкам несоответствий, включают дополнительные последовательности с несоответствиями, выделенными цветом, исходные последовательности генов и связанные функциональные аннотации.Веб-сервер miRU доступен по адресу http://bioinfo3.noble.org/miRU.htm.

ВВЕДЕНИЕ

МикроРНК

(miRNA) представляют собой эндогенно кодируемые малые РНК, которые могут регулировать экспрессию генов путем спаривания оснований с кодирующими белок мРНК для репрессии деградации или трансляции. Многочисленные miRNA были идентифицированы из геномов многих животных и растений, таких как плодовая муха, нематода, рыба данио, курица, мышь, человек, арабидопсис, рис и кукуруза. Гены miRNA широко распространены у людей, по оценкам, на их долю приходится около 1% от общего числа предсказанных генов.У Arabidopsis по крайней мере 43 различных семейства miRNA, состоящих из 111 членов, были зарегистрированы и заархивированы в «Реестре miRNA» на данный момент (http://www.sanger.ac.uk/Software/Rfam/mirna/index.shtml) ( 1). Хотя функция большинства miRNA остается неизвестной, было показано, что ряд miRNA играет важную роль в определении времени развития, гибели клеток, пролиферации клеток, гематопоэзе и формировании паттерна нервной системы у животных, а также в ответах на стресс, а также в развитии листьев и цветов у животных. растения (2 — 6).

Нахождение регуляторных мишеней мРНК важно для понимания биологических функций миРНК. Для прогнозирования мишеней миРНК животных и растений необходимы разные методы. В то время как свободная энергия дуплекса miRNA-мишень может быть важна для предсказания мишеней miRNA животных (7, 8), мишени miRNA растений могут быть предсказаны по сходству последовательностей, поскольку miRNA растений, по-видимому, почти идеально связывается со своей родственной мРНК (7, 9). Вычислительные инструменты были разработаны для прогнозирования мишеней миРНК растений (9-11), но ни один из них не находится в формате веб-сервера.Роадс и др. . (9) использовали PatScan (12) для прогнозирования мишеней миРНК растений с ≤3 ошибками. Джонс-Роудс и Бартель (11) использовали свои собственные неопубликованные программы вместе с PatScan, и прогноз кажется более полным. Ван и др. . (10) применили алгоритм Smith-Waterman для прогнозирования мишеней miRNA, но не смогли обнаружить все ранее идентифицированные мишени (10). Поскольку большинство биологических лабораторий, участвующих в исследованиях миРНК растений, могут не иметь необходимых биоинформатических ресурсов для прогнозирования целей, было разработано общедоступное веб-приложение для прогнозирования целей миРНК растений.Инструмент позволяет систематически искать миРНК-комплементарные мишени в любом растении, чья последовательность генома или большое количество тегов экспрессируемой последовательности (EST) доступны. Используя алгоритм исчерпывающего поиска, инструмент может находить все потенциальные цели с заданными несоответствиями. Ложноположительные результаты уменьшаются за счет ограничения количества несовпадений и обеспечения целевого сохранения комплементарности у других видов растений (11).

ВХОД НА СЕРВЕР

Сервер имеет удобный и интуитивно понятный интерфейс ввода, как показано на рисунке 1.Пользователь должен ввести последовательность зрелой миРНК в направлении 5 ‘→ 3’. Хотя miRNAs обычно имеют длину 21-24 нуклеотидов (4), входная последовательность может быть в диапазоне 19-28 нуклеотидов в длину, чтобы приспособиться к входу siRNA, поскольку инструмент также может быть использован для поиска мишеней siRNA и нецелевых. Чтобы предсказать гены-мишени, пользователь должен указать набор данных мРНК для предполагаемого организма. В настоящее время система включает мРНК генома или EST и другие генные индексы, собранные с помощью транскриптов (13) для 28 видов растений, загруженные из Института исследований генома (TIGR) по адресу http: // www.tigr.org/. С приведенной выше входной информацией Perl-скрипт на бэкэнде затем выполнит исчерпывающий поиск сходства последовательностей, используя алгоритм, модифицированный из BLAST (14) (см. Дополнительный файл 1).

Чтобы уменьшить количество ложных срабатываний в предсказанных целях, пользователь может ограничить количество несовпадений, которые классифицируются по трем типам и получают разные оценки; более высокие баллы относятся к более пагубным несовпадениям для функции miRNA: пары колебаний G: U (каждой по 0,5 балла), инсерции / делеции (инделки) (2.0) и всех других неканонических пар Ватсона – Крика (1.0). Общий балл за выравнивание рассчитывается на основе 20 баллов. Когда длина запроса превышает 20 нт, вычисляются оценки для всех возможных последовательных подпоследовательностей из 20 нт, и минимальная оценка выводится как общая оценка для согласования запроса и субъекта. Т.к. комплементарность мишени к 5′-концу miRNA, по-видимому, критична для функции целевого сайта (15-18), любое несоответствие кроме G: U-колебания в положениях 2-7 на 5′-конце дополнительно штрафуется 0.5 баллов в счете.

Основываясь на наблюдении, что как miRNA, так и их сайты-мишени эволюционно консервативны в геномах (18-20), сохранение комплементарности мишеней в другом геноме может быть использовано для дальнейшего уменьшения ложноположительных результатов при прогнозировании мишеней miRNA растений (11). Более того, такой анализ также предоставит полезную информацию о консервативных регуляторных ролях гомологичных miRNA у разных видов. Чтобы использовать эту стратегию на сервере, информация о гомологичной miRNA и наборе данных мРНК второго генома должна быть предоставлена ​​системе для выполнения другого поиска.Затем система сравнивает потенциальные мишени, чтобы определить, являются ли гомологичные гены мишенями для гомологичных miRNA в обоих геномах. Гены считаются гомологичными, если они имеют более 1 домена Pfam (21). Все наборы данных мРНК предварительно обрабатываются путем выравнивания с последовательностями семенного домена Pfam-A (Pfam 16.0, который содержит 7677 семейств, доступно на http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/). Для наборов данных мРНК генома арабидопсиса и риса соответствующие наборы данных белков используются для идентификации функциональных доменов с использованием HMMER (22) со значением E ≤0.1 как уровень значимости. Поскольку HMMER не позволяет сравнивать ДНК-белок, все наборы данных генного индекса ищутся по последовательностям семенного домена Pfam-A с использованием программы blastx (14) с отсечкой значения E 10 ^-5 . Набор данных «Ортологи эукариотических генов» TIGR (23) также используется для определения отношений гомологии в наборах данных Gene Index. Результаты поиска анализируются и сохраняются в базе данных MySQL, чтобы облегчить сравнение сохранения цели в любых двух геномах.

ВЫВОД ПОЛЬЗОВАТЕЛЮ

Выходной отчет состоит из трех частей (рисунок 2). Первая часть представляет собой сводку входных параметров поиска, включая последовательность запроса, допустимые несоответствия и целевой набор данных. Следующий раздел представляет собой список прогнозируемых дополнительных целей, отображаемых в порядке оценок несоответствия. Информация, отображаемая для каждой предсказанной цели, включает идентификатор гена, положение целевого сайта, оценку несоответствия, количество несовпадений и целевую комплементарную последовательность с несоответствиями, выделенными цветами (зеленый для несоответствий G · U, фиолетовый для несоответствий и красный для всех других несовпадений).Мишень указывается, если ее комплементарность сохраняется в другом геноме. Таким образом, список целей включает сохраненные цели, которые с большой вероятностью будут настоящими целями. Он также включает мишени, аналоги которых во втором геноме не обнаружены. Некоторые из этих целей могут по-прежнему быть настоящими целями, поскольку набор данных для сравнения для большинства растений — это EST, взятые из геномов, и могут не попадать в консервативные цели. Последняя часть вывода — это последовательности целевого гена в формате FASTA, который включает строку определения для исходной функциональной аннотации.Целевой сайт в гене можно легко найти, поскольку он выделен цветом (рис. 2).

Для проверки инструмента его прогноз сравнивался с двумя опубликованными результатами прогноза (6, 11). Прогнозирование мишеней miRNA Arabidopsis Джонс-Роудсом и Бартелем (11) кажется очень надежным, поскольку более половины предсказанных мишеней были экспериментально подтверждены как истинные мишени. В этой работе miRNA Arabidopsis, консервативные в рисе, как указано в дополнительной таблице S1 у Jones-Rhoades и Bartel (11), использовались в качестве запросов к инструменту для прогнозирования генов-мишеней, и результат можно найти в дополнительном файле 2.Все указанные потенциальные гены-мишени были успешно обнаружены этим инструментом. Недавно Sunkar и Zhu (6) идентифицировали стресс-регулируемые miRNAs из Arabidopsis. Они также предсказали потенциальные гены-мишени для этих miRNAs, используя критерии, модифицированные из Rhoades et al . (9). Новый алгоритм обнаружил все их предсказанные цели. Более того, результат показывает, что предсказание Сункара и Чжу кажется неполным. Например, всего 23 цели были предсказаны Sunkar и Zhu для десяти miRNA, идентифицированных в их эксперименте, в то время как этот сервер предсказывает в общей сложности 203 потенциальных цели (см. Дополнительный файл 3).

РЕЗЮМЕ

Сервер нацелен на предсказание мишеней миРНК растений с наивысшей чувствительностью и селективностью за счет использования алгоритма поиска, который гарантирует обнаружение всех гомологичных последовательностей в пределах заданных несовпадений, и применения текущих знаний о мишенях миРНК для минимизации ложных срабатываний. В качестве практического инструмента он должен помочь биологам в исследовании миРНК растений.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЙ МАТЕРИАЛ

Дополнительные материалы доступны в NAR Online.

Рисунок 1

Веб-интерфейс ввода данных для прогнозирования мишеней миРНК растений.

Рисунок 1

Веб-интерфейс ввода данных для прогнозирования мишени миРНК растений.

Рисунок 2

Страница результатов предсказания мишени миРНК растения.

Рисунок 2

Страница результатов предсказания мишени миРНК растения.

Автор выражает признательность докторам Ричарду А.Диксону и Патрику Чжао за критическое прочтение рукописи. Финансовую поддержку этому проекту оказал Благородный фонд Сэмюэля Робертса. Средства на оплату публикации этой статьи в открытом доступе также были предоставлены Фондом Сэмюэля Робертса Нобла.

Заявление о конфликте интересов . Ничего не объявлено.

ССЫЛКИ

1

Гриффитс-Джонс, С.

2004

Реестр микроРНК

Nucleic Acids Res.

32

D109

–D111 2

Бартель, Д.

2004

МикроРНК: геномика, биогенез, механизм и функции

Ячейка

116

281

–297 3

Кэррингтон, Дж. К. и Амброс, В.

2003

Роль микроРНК в развитии растений и животных

Наука

301

336

–338 4

Дугас, Д.В., Бартель Б.

2004

Регуляция экспрессии генов у растений с помощью микроРНК

Curr. Opin. Plant Biol.

7

512

–520 5

Амброс, В.

2004

Функции микроРНК животных

Природа

431

350

–355 6

Сункар, Р.и Чжу, Ж.-К.

2004

Новые и регулируемые стрессом микроРНК и другие малые РНК из Arabidopsis

Растительная клетка

16

2001

–2019 7

Лай, Э.

2004

Прогнозирование и проверка мишеней микроРНК

Genome Biol.

5

115

8

Ремсмайер, М., Штеффен, П., Хохсманн, М., Гигерих, Р.

2004

Быстрое и эффективное предсказание дуплексов микроРНК / мишени

РНК

10

1507

–1517 9

Роудс, М.В., Рейнхарт, Б.Дж., Лим, Л.П., Бердж, К.Б., Бартель, Б., Бартель, Д.П.

2002

Прогнозирование мишеней микроРНК растений

Ячейка

110

513

–520 10

Ван, X.Дж., Рейес, Дж. Л., Чуа, Н. Х., Гаастерленд, Т.

2004

Прогнозирование и выявление Arabidopsis thaliana микроРНК и их мРНК-мишени

Genome Biol.

5

R65

11

Джонс-Роудс, М.В. и Бартель, Д.П.

2004

Вычислительная идентификация растительных микроРНК и их мишеней, включая стресс-индуцированную миРНК

Мол.Ячейка

14

787

–799 12

Дсуза, М., Ларсен, Н., Овербек, Р.

1997

Поиск закономерностей в геномных данных

Trends Genet.

13

497

–498 13

Quackenbush, J., Liang, F., Holt, I., Pertea, G., Upton, J.

2000

Индексы генов TIGR: реконструкция и представление экспрессируемых последовательностей генов

Nucleic Acids Res.

28

141

–145 14

Альтшул, С., Томас, Л., Алехандро, А., Чжан, Дж., Чжан, З., Миллер, В., Липман, Д.

1997

Gapped BLAST и PSI-BLAST: новое поколение программ поиска в базе данных белков

Nucleic Acids Res.

25

3389

–3402 15

Мэллори, A.C., Рейнхарт, Б.Дж., Джонс-Роудс, М.В., Танг, Г., Замор, П.Д., Бартон, М.К., Бартель, Д.П.

2004

Контроль микроРНК PHABULOSA в развитии листа: важность спаривания с 5′-областью микроРНК

EMBO J.

23

3356

–3364 16

Бреннеке, Дж., Старк, А., Рассел, Р. Б., Коэн, С.

2005

Принципы распознавания микроРНК-мишени

PLoS Biol.

3

e85

17

Лим, Л.П., Лау, Северная Каролина, Гаррет-Энгеле, П., Гримсон, А., Шелтер, Дж. М., Касл, Дж., Бартель, Д. П., Линсли, П. С., Джонсон, Дж.

2005

Анализ микрочипов показывает, что некоторые микроРНК подавляют большое количество целевых мРНК.

Природа

433

769

–773 18

Старк, А., Бреннеке, Дж., Рассел, Р. Б., Коэн, С.

2003

Идентификация мишеней микроРНК дрозофилы

PLoS Biol.

1

E60

19

Хуарес, М.Т., Куи, Дж.С., Томас, Дж., Хеллер, Б.А., Тиммерманс, М.С.П.

2004

микроРНК-опосредованная репрессия свернутого листа1 определяет полярность листа кукурузы

Природа

428

84

–88 20

Бонне, Э., Wuyts, J., Rouze, P., Van de Peer, Y.

2004

Обнаружение 91 потенциально консервативной микроРНК растений в Arabidopsis thaliana а также Орыза сатива определяет важные гены-мишени

Proc. Natl Acad. Sci. США

101

11511

–11516 21

Бейтман, А., Монета, Л., Дурбин, Р., Финн, Р.Д., Холлич, В., Гриффитс-Джонс, С., Ханна, А., Маршалл, М., Моксон, С., Зоннхаммер, Э.Л. и др.

2004

База данных семейств белков Pfam

Nucleic Acids Res.

D138

–D141 22

Дурбин, Р., Эдди, С., Крог, А., Митчисон, Г.

Анализ биологической последовательности: вероятностные модели белков и нуклеиновых кислот

1998

Кембридж, Великобритания Издательство Кембриджского университета 23

Ли, Ю., Sultana, R., Pertea, G., Cho, J., Karamycheva, S., Tsai, J., Parvizi, B., Cheung, F., Antonescu, V., White, J.

2002

Перекрестные ссылки на геномы эукариот

Genome Res.

12

493

–502 © Автор 2005. Опубликовано Oxford University Press. Все права защищены. Онлайн-версия этой статьи опубликована в рамках модели открытого доступа.Пользователи имеют право использовать, воспроизводить, распространять или демонстрировать версию этой статьи в открытом доступе в некоммерческих целях при условии, что: исходное авторство правильно и полностью указано; Журнал и Издательство Оксфордского университета указываются как место первоначальной публикации с указанием правильных сведений о цитировании; если статья впоследствии воспроизводится или распространяется не полностью, а только частично или как производная работа, это должно быть четко указано. По вопросам коммерческого повторного использования обращайтесь в журналы[email protected]

miRU: автоматизированный сервер прогнозирования мишеней miRNA

Ссылки

1 сентября 1997 г. · Исследование нуклеиновых кислот · С.Ф. АльтшулД Дж. Липман

20 января 1998 г. · Тенденции в генетике: TIG · M DsouzaR Overbeek

декабря 11 , 1999 · Исследования нуклеиновых кислот · Дж. Квакенбуш, Дж. Аптон,

, 5 марта 2002 г. · Исследование генома · Юандан Ли, Джон Квакенбуш,

,

, 31 августа 2002 г. Виктор Амброс

19 декабря 2003 г. · Исследование нуклеиновых кислот · Сэм Гриффитс-Джонс

19 декабря 2003 г. · Исследование нуклеиновых кислот · Алекс Бейтман, Шон Р. Эдди

24 декабря 2003 г. · Биология PLoS · Александр СтаркСтивен М. Коэн

28 января , 2004 · Ячейка · Дэвид П. Бартель

6 марта 2004 г. · Природа · Мишель Т Хуарес Марья К. П. Тиммерманс

18 июня 2004 г. · Молекулярная ячейка · Мэтью У. Джонс-Роудс, Дэвид П. Бартель

20 июля 2004 г. · Завод Ячейка · Раманджулу Сункар, Цзянь-Кан Чжу

24 июля 2004 г. · Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки · Эрик Боннет Ив Ван де Пер

30 июля 2004 г. · Журнал EMBO · Эллисон С. Мэллори Дэвид П. Бартель

1 сентября 2004 г. · Текущее мнение в области биологии растений · Диана В. Дугас, Бонни Бартель

4 сентября 2004 г. · Биология генома · Эрик К Лай

4 сентября 2004 г. · Биология генома · Сю-Цзе Ван Терри Гаастерланд

17 сентября 2004 г. · Природа · Виктор Амброс

, 24 сентября 2004 г. · РНК · Марк Ремсмайер, Роберт Гигерих,

,

, 3 февраля 2005 г. · Природа · Ли П. Лим, Джейсон М. Джонсон,

,

, 22 февраля 2005 г. · Биология PLoS · Джулиус Бреннеке, Стивен М. 2010 · Отчеты о растительных клетках · Turgay UnverEkrem Dündar

28 июня 2011 г. · Отчеты о растительных клетках · Yurong QinWeilun Yin

26 сентября 2008 г. · Planta · Baohong ZhangEdmund J Stellwag

9 июля 2009 г. · Planta · Turgay Budakver, Hikmet

6 августа 2009 · Планта · Ицзюнь Мэн Мин Чен

17 декабря 2009 г. · Планта · Инес Триндади Дульсе Метело Дос Сантос

26 ноября 2010 г. · Планта · Сяо-Мэн ВуВэнь-Ву Го

5 февраля 2010 г. · Молекулярная генетика и геномика: MGG · Нити Санан-МишраСунил К.

8 июня 2011 г. · Молекулы и клетки · Виньеш ДхандапаниЙонг Пё Лим

18 февраля 2009 г. · Функциональная и интегративная геномика · Цинпо Лючжуджун Чжу

30 августа 2011 г. · Молекулярная биология растений · Guiling Sun

1 февраля 2012 г. · Молекулярная биология растений · Fuliang XieBaohong Zhang

10 марта 2012 г. · Молекулярная биология растений · Hua PengSheng-hua Wang

28 августа 2012 г. · Журнал биологических наук · Hongmei CaiXingming Lian

6 сентября 2011 г. · Журнал прикладной генетики W Lhakhang, M Ahmad Chaudhry

28 февраля 2009 г. · Протоколы природы · Марсело А. Герман Памела Дж. Грин

17 мая 2007 г. · ДНК и клеточная биология · Кея Чаудхури, Рагхунат Чаттерджи

31 июля 2009 г. · Брифинги по функциональной геномике и Протеомика · Франк Швахта mas Dalmay

21 декабря 2011 г. · Брифинги по функциональной геномике · Дэвид Дж. Студхолм

23 сентября 2010 г. · Брифинги по биоинформатике · Xinbin DaiPatrick Xuechun Zhao

26 января 2011 г. · Брифинги по биоинформатике · Yijun MengMing 9000 , 2012 · Брифинги по биоинформатике · Чаоган Шао Йицзюнь Мэн

6 декабря 2008 г. · Биоинформатика · Дже-Гун Джунг, Чжанцзюнь Фей

1 мая 2010 г. · Биоинформатика · Эрик Боннет Ив Ван де Пеер

23 марта 2011 г. · Chris Bioinformatics J ThiemeGünter Theissen

7 декабря 2007 г. · Исследования ДНК: Международный журнал для быстрой публикации отчетов о генах и геномах · Юко ТагамиЮичиро Ватанабе

15 апреля 2010 г. · Журнал экспериментальной ботаники · Ming ChenPing Wu

21 апреля 2011 г. · Журнал экспериментальной ботаники · Чуй Э ВонгПрем Л Бхалла

3 марта 2011 г. · Журнал экспериментальной ботаники · Яньфэй ДинЧенг Чжу

18 июля 2006 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Ян Крюгер, Марк Ремсмайер

14 мая 2008 г. · Исследование нуклеиновых кислот · Синьбинь Дай, Патрик Сюэчунь Чжао

3 апреля 2009 г. · Исследование нуклеиновых кислот · Лиам Чайлдс Дирк Вальтер

8 октября 2009 г. · Исследование нуклеиновых кислот · Чжэньхай Чжанчжэнь Су

3 ноября 2010 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Цзянь-Хуа Янлян-Ху Цюй

14 июля 2010 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Падманабхан Челлаппан Хайлин Цзинь

20 августа 2010 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Ицзюнь МэнМинг Чен

6 декабря 2011 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Юнь Чжэн Вэйсюн Чжан

31 мая 2011 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Синьбинь Дай, Патрик Сюэчунь Чжао

3 апреля 2012 г. · Исследования нуклеиновых кислот · Лейтон Фолкс Винсент Моултон

8 марта 2008 г. Исследование генома

26 мая 2009 г. · Физиология растений · Бикрам Датт ПантВольф-Рюдигер Шайбле

9 сентября 2011 г. · Физиология растений · Энн КраппФрансуаза Даниэль-Веделе

11 августа 2011 г. · Физиология растений · Азеддин Си-Аммор Франк

мая 17000 , 2008 · Наука · Питер БродерсенOlivier Voinnet

15 октября 2011 г. · Genome Génome / Conseil National De Recherches Canada · Na GuoDao-Long Dou

27 апреля 2010 г. · Годовой обзор биомедицинской инженерии · Wei SunShu Chien

18 мая 2007 г. · Ежегодный Обзор геномики и генетики человека · Цунг-Ченг Чанг, Джошуа Т. Менделл

17 октября 2009 г. · Международный журнал геномики растений · Тургай УнверХикмет Будак

28 февраля 2009 г. · BMC Bioinformatics · Дже-Гун Джунг, Чжанцзюнь Фей

5 марта 2010 г. · BMC Bioinformatics · Винод ЧандраРадхакришна М. Пиллай

Лучший рекрут: Мичиган, цель MSU Ру’Куан Бакли возглавляет район Гранд-Рапидс в Дивизионе I предлагает

BIO

Рост : 6 футов-6 футов

Вес : 260

Позиции : Защитный конец; снасти для нападения

Год : 2021

Рейтинг : 3 звезды (247 Спортивный комплекс)

Обязательство : Не выполнено

Предложения : Boston College, Bowling Green, Buffalo, Central Michigan, C Индиана, штат Айова, Кентукки, Мичиган, штат Мичиган, Миннесота, Небраска, Орегон, Пердью, Сиракузы, Техас-Кристиан, Толедо, Западный Мичиган, Западная Вирджиния.

Старший линейный монтер Годвин Хайтс Ру’Куан Бакли получил 20 предложений на стипендию Дивизиона I.

Тихий лидер

Ру’Куан Бакли не самый откровенный парень в раздевалке Годвин Хайтс в Вайоминге.

«Ему нужно много времени, чтобы стать громким, — сказал тренер Росомахи Брэндан Кимбл.

Бакли сказал, что это правильно.

«У меня есть друзья, но я тихий человек», — сказал Бакли. «Я многое держу в себе».

Бакли предпочитает, чтобы его действия говорили сами за себя, и за последние два года его послание дошло до футбольных программ Power 5 по всей стране.Он большой. Он талантливый. У него больше предложений стипендий Дивизиона I, чем у любого атлета средней школы в районе Гранд-Рапидс.

Он тоже молод. Бакли не исполнится 17 лет, пока не завершится его взрослый сезон. Это означает, что ему было 14 и 15 лет в последние два года, когда он начинал с наступательной и оборонительной линии Годвина и собирал все те предложения Дивизиона I.

Прокладывая путь

Бакли — самый востребованный игрок в истории футбола Годвина, когда дело касается рекрутеров колледжей.Защитник Годвина Маршон Ниланд, окончивший университет в 2019 году, продолжает свое образование и футбольную карьеру в Западном Мичигане. Бакли готов стать вторым игроком Годвина в Дивизионе I через три года после его выпуска следующей весной.

«Когда вы думаете о Годвине, вы думаете о баскетболе, — сказал Кимбл. «За всю историю (футбольной) программы мы никого не отправляли в Дивизион I. Но мы начали выходить, ломать землю и раскручивать свое имя.

«Маршон Ниланд помог нам начать работу два года назад.Это была большая победа для нас как программы. Он был отличным парнем, который тоже много работал. У нас появился первый игрок первого дивизиона в истории нашей программы. Теперь Ru’Quan поднял его на новый уровень с предложениями Power 5 ».

Ру’Куан Бакли, 63-й, этой осенью готовится к старшему сезону. (Фото из файла MLive)

Высокая оценка

Этой осенью Бакли заработал награды Главной команды штата Мичиган Ассошиэйтед Пресс за то, что помог закрепить наступательную линию Годвина и совершил 47 отборов мяча в обороне.Он также был выбранной командой мечты Гранд Рапидс в атакующей борьбе.

Бакли сказал, что защита — это то место, где он хочет играть в колледже, и добавил, что тренерский штаб Годвина проделал огромную работу, продвигая его среди рекрутеров колледжей.

«Мы составляем пакеты для наших детей, а также проводим родительские собрания и вечера набора для детей, у которых есть такие способности», — сказал Кимбл. «Мы обучаем их требованиям NCAA академически и продаем их. Мы хотели создать программу, чтобы люди знали, что если вы будете много работать, участвовать и обладать навыками, у вас будет возможность.«

Бакли воспользовался своими возможностями.

« Мы можем поговорить с тренерами, но если у них нет навыков, вы не сможете обмануть тренеров колледжа », — сказал Кимбл. он один из самых усердных в тренажерном зале и один из самых усердных в развитии. Он просто так сосредоточен на том, чтобы поправиться.

«Он наделен большим размером, и это автоматически помещает вас в категорию, в которой, если вы работаете, вы можете достичь чего-то. Он просто не полагается на свой размер.Он выполняет работу в тренажерном зале и работу в классе, чтобы убедиться, что он хорош в учебе ».

Линейный игрок нападения «Годвин Хайтс» Ру’Куан Бакли (2021) привлекает много внимания и предложений Дивизиона I. (Фото любезно предоставлено Rich Prepeitit) Rich Prepetit

Не торопитесь

Бакли пока не сузил свой обширный список предложений. Фактически, он сказал, что не сделает этого до августа. Он объяснил, что пандемия коронавируса является одной из причин, по которой он не решается сократить свой список.

«Это повлияло на мой процесс приема на работу», — сказал Бакли. «Я собирался совершить несколько официальных визитов весной, ближе к лету. Мы собирались взять фургон с моим тренером и нанести несколько визитов. Это отложило мое решение. Я хочу увидеть больше колледжей и посмотреть, хочу ли я жить в этом районе.

«Я ищу школу, которая дала бы мне отличное образование. Я хочу быть инженером. Я ищу школу, которая сдержит их слово. И если я решу переехать из Мичигана, я ищу семью.

ПОДРОБНЕЕ

Лучшие новобранцы: цель MSU Джейс Уильямс хорошо разбирается в баскетболе, но он предпочитает футбол

Второкурсник из Зеландии Тэг Боннема обсуждает предложение штата Мичиган

Набор игроков в футбол в Гранд-Рапидс: неподписанные игроки из Дивизиона I предлагает

Эти футболисты из района Гранд-Рапидс имеют Дивизион II, III, NAIA предлагает

В. И. Польшаков, Е. А. Батуев, А. Б. Манцызов, «ЯМР-скрининг и исследования взаимодействий мишень-лиганд» , Усп.Хим., 88: 1 (2019), 59–98; Русский Chem. Обзоры, 88: 1 (2019), 59–98

Эта публикация цитируется в 3 научных статьях (всего в 3 статьях) ЯМР-скрининг и исследования взаимодействий мишень – лиганд Большаков В.И. , Батуев Е.А. , Манцызов А.Б. Кафедра фундаментальной медицины, М.Московский государственный университет им. В. Ломоносова, Аннотация: Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) — один из ведущих биофизических методов, используемых при поиске и разработке физиологически активных соединений, рассматриваемых в качестве потенциальных лекарств. Обзор посвящен современным методам ЯМР, используемым для изучения связывания низкомолекулярных соединений с биомакромолекулярными мишенями. Обсуждаются наиболее перспективные методы ЯМР-скрининга и стратегии рационального дизайна отведений.На их основе были разработаны препараты, одобренные для использования в медицинской практике или находящиеся на завершающей стадии клинических испытаний. Приведены примеры применения методов конструирования лекарств на основе фрагментов и ЯМР-скрининга для конструирования новых лекарств. Библиография — 252 ссылки. Полный текст: http://www.uspkhim.ru/…/paper_rus.phtml?journal_id=rc&paper_id=4836 Английская версия: Russian Chemical Reviews, 2019, 88 : 1, 59–98 Библиографические базы данных: Поступила: 22.05.2018 Образец цитирования: В. И. Польшаков, Е. А. Батуев, А. Б. Манцызов, “ЯМР-скрининг и изучение взаимодействий мишень – лиганд”, Усп. Хим., 88: 1 (2019), 59–98; Русский Chem. Обзоры, 88: 1 (2019), 59–98 Цитирование в формате AMSBIB \ RBibitem {PolBatMan19} \ by В. ~ И. ~ Польшаков, Е. ~ А. ~ Батуев, А. ~ Б. ~ Манцызов \ paper ЯМР-скрининг и исследования взаимодействий мишень - лиганд \ jour Усп. . Хим. \ год 2019 \ vol 88 \ issue 1 \ pages 59--98 \ mathnet {http://mi.mathnet.ru/rcr4240} \ elib {https://elibrary.ru/item.asp ? id = 37201565} \ transl \ jour Русский хим. Обзоры \ год 2019 \ vol 88 \ issue 1 \ pages 59--98 \ crossref {https://doi.org/10.1070/RCR4836} \ isi {http://gateway.isiknowledge.com/ gateway / Gateway.cgi? GWVersion = 2 & SrcApp = PARTNER_APP & SrcAuth = LinksAMR & DestLinkType = FullRecord & DestApp = ALL_WOS & KeyUT = 000457145000003} \ scopus {https: // www.scopus.com/record/display.url?origin=inward&eid=2-s2.0-85059831172} Варианты соединения: http://mi.mathnet.ru/rus/rcr4240 http://mi.mathnet.ru/eng/rcr/v88/i1/p59 Цитирующие статьи в Google Scholar: Русские цитаты, Цитаты на английском языке Статьи по теме в Google Scholar: Русские статьи, Английские статьи Эта публикация цитируется в следующих статьях: Мариасина С.С., Чанг Ч.-Ф., Петрова О.А., Ефимов С.В., Клочков В.В., Кечко О.И., Миткевич В.А., Сергиев П.В., Донцова О.А., Польшаков В.И., FEBS J. Русина В.П., Русина И.Ю. Титов, В.М. Панова, В.С. Стройлов, Я. Р. Абдюшева, Е.Ю. Мурлатова, В. И. Свитанко, Ф. Н. Новиков, Mendeleev Commun., 30: 4 (2020), 430–432 Свитанко И., Новиков Ф. Н., Стройлов В. С., Небольсин В. Е. // Успехи химии. Chem. Ред., 89: 8 (2020), 858–878

Количество просмотров: Эта страница: 97

Произошла ошибка при настройке пользовательского файла cookie

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности.Если ваш браузер не принимает файлы cookie, вы не можете просматривать этот сайт.

---

Настройка вашего браузера для приема файлов cookie

Существует множество причин, по которым cookie не может быть установлен правильно. Ниже приведены наиболее частые причины:

• В вашем браузере отключены файлы cookie. Вам необходимо сбросить настройки вашего браузера, чтобы он принимал файлы cookie, или чтобы спросить вас, хотите ли вы принимать файлы cookie.
• Ваш браузер спрашивает вас, хотите ли вы принимать файлы cookie, и вы отказались.Чтобы принять файлы cookie с этого сайта, используйте кнопку «Назад» и примите файлы cookie.
• Ваш браузер не поддерживает файлы cookie. Если вы подозреваете это, попробуйте другой браузер.
• Дата на вашем компьютере в прошлом. Если часы вашего компьютера показывают дату до 1 января 1970 г., браузер автоматически забудет файл cookie. Чтобы исправить это, установите правильное время и дату на своем компьютере.
• Вы установили приложение, которое отслеживает или блокирует установку файлов cookie.Вы должны отключить приложение при входе в систему или проконсультироваться с системным администратором.

---

Почему этому сайту требуются файлы cookie?

Этот сайт использует файлы cookie для повышения производительности, запоминая, что вы вошли в систему, когда переходите со страницы на страницу. Чтобы предоставить доступ без файлов cookie потребует, чтобы сайт создавал новый сеанс для каждой посещаемой страницы, что замедляет работу системы до неприемлемого уровня.

---

Что сохраняется в файле cookie?

Этот сайт не хранит ничего, кроме автоматически сгенерированного идентификатора сеанса в cookie; никакая другая информация не фиксируется.

Как правило, в файлах cookie может храниться только информация, которую вы предоставляете, или выбор, который вы делаете при посещении веб-сайта. Например, сайт не может определить ваше имя электронной почты, пока вы не введете его. Разрешение веб-сайту создавать файлы cookie не дает этому или любому другому сайту доступа к остальной части вашего компьютера, и только сайт, который создал файл cookie, может его прочитать.

в нейронном машинном переводе. В материалах 2-го семинара

по нейронному машинному переводу и генерации

.С. 55-63.

Кавахара, Д. и Курохаши, С., 2001. Японский кейс

Построение фрейма путем соединения глагола и его

ближайшего к нему компонента. В материалах конференции Human

Language Technology Conference, стр.204-210.

Кавахара, Д. и Курохаши, С., 2002. Использование словаря кадров case

для надежного анализа японских случаев. В

Труды 19-й Международной конференции по компьютерной лингвистике

, страницы 425–431.

Кавахара Д. и Курохаши С., 2006a. Полностью лексикализованная вероятностная модель

для японского синтаксиса

и анализ падежной структуры. In Proceedings of the

Human Language Technology Conference of the North

American Chapter of the Association for

Computational Linguistics (HLT-NAACL2006),

pp.176-183.

Кавахара, Д. и Курохаши, С., 2006b. Case Frame

Компиляция из Интернета с использованием высокопроизводительных вычислений

, в материалах 5-й Международной конференции

по языковым ресурсам и оценке

(LREC2006).

Ким, Ю., М. Раш, А., Ю., Л., Кункоро, А., Дайер, К., и

Мелис, Г., 2019. Неконтролируемая рекуррентная нейронная сеть

грамматики. В материалах конференции 2019 года

Североамериканского отделения Ассоциации

Вычислительная лингвистика: человеческий язык

Технологии, том 1, страницы 1105–1117, 2019.

Кнезер, Р., Ней, Х. 1995. • Улучшена поддержка для моделирования языка m-

граммов. В 1995 г. Международная конференция

по акустике, речи и сигналам

Processing, Vol.1. С. 181-184.

Linzen, T., Dupoux, E., and Goldberg, Y., 2016. Оценка

способности LSTM изучать синтаксически-чувствительные

зависимости. В Трудах Ассоциации компьютерной лингвистики

(TACL), Vol. 4, pp. 521–

535.

Марвин Р., Линзен Т., 2018. Целенаправленная синтаксическая

Оценка языковых моделей. В «Эмпирических методах

в обработке естественного языка» (EMNLP), стр. 1192–

1202 Брюссель, Бельгия.

Миядзаки, Т., Симидзу, Н., 2016. Межъязыковое изображение

Генерация подписи. В материалах 54-го ежегодного собрания

Ассоциации вычислительной

лингвистики. Том 1: Длинные статьи. С. 1780-1790.

Национальный институт японского языка, 1997.

Соответствие поверхностного и глубокого падежа в

японском «, Национальный институт японского языка

Отчет; 113, Национальный институт японского языка

Репозиторий академической информации.Доступно по адресу:

http://doi.org/10.15084/00001282 (на японском языке)

Ночи, Х., Такамура, Д., 2019. Улучшение грамматических способностей

языковой модели путем отличия от явного отсутствия

приговор. В материалах 25-го числа The Association

for Natural Language Processing (NLP2019) ， No. B5-2 ，

pp.962-965． (на японском языке)

Papineni, K., Roukos, S., Ward, T ., Zhu, WJ, 2002.

BLEU: метод автоматической оценки машинного перевода

.В материалах 40-го ежегодного собрания

Ассоциации компьютерной лингвистики. С.

311-318.

Sennrich, R., 2017. Насколько грамматичен нейронный машинный перевод на уровне символов

? Оценка качества машинного перевода с помощью

пар контрастных переводов. В материалах 15-й конференции

Европейского отделения ассоциации

по компьютерной лингвистике: Том 2, Краткие статьи,

страниц 376–382.Ассоциация вычислительной

лингвистики.

Suzuki, M., Matsuda, K., Sekine, S., Okazaki, N., Inui,

Kentaro., 2016. Множественное присвоение расширенных меток выражений свойств

статьям Википедии »В

Proceedings of the 22-я Ассоциация по обработке естественного языка

(NLP2016) ， 4 страницы (на японском)

Варштадт, А., Сингх, А. и Боуман, С.Р., 2019. Neural

Суждения о приемлемости сети, транзакции ассоциации

для компьютерной лингвистики, Том 7,

с.625-641.

Цвейг, Г., Берджес, К. Дж., 2011. Исследование Майкрософт

Проблема завершения предложения. Microsoft Research,

Редмонд, Вашингтон, США, Tech. Отчет MSR-TR-2011-129.

KDIR 2020 — 12-я Международная конференция по открытию знаний и поиску информации

Оценка и стратегия использования MIRU-VNTRplus, многофункциональной базы данных для онлайн-анализа данных генотипирования и филогенетической идентификации изолятов комплекса Mycobacterium tuberculosis

Cave, R.Fleischmann, T. S. Whittam и D. Alland. 2006. Глобальная филогения

Mycobacterium tuberculosis на основе анализа однонуклеотидного полиморфизма

(SNP): понимание эволюции туберкулеза, филогенетическая точность

других систем ДНК-отпечатков и рекомендации по минимальному стандартному набору SNP

. J. Bacteriol. 188: 759–772.

11. Флорес, Л., Т. Ван, С. Нараянан, К. ДеРимер, М. Като-Маэда и С.

Гагнё. 2007. Полиморфизм больших последовательностей классифицирует штаммы Mycobacterium tu-

berculosis с предковыми паттернами сполиготипирования.J. Clin. Microbiol.

45: 3393–3395.

12. Frothingham, R., and W. A. ​​Meeker-O’Connell. 1998. Генетическое разнообразие комплекса Mycobacterium tuberculosis

на основе переменного числа повторов ДНК tan-

dem. Микробиология 144: 1189–1196.

13. Gagneux, S., K. DeRiemer, T. Van, M. Kato-Maeda, BC de Jong, S.

Narayanan, M. Nicol, S. Niemann, K. Kremer, MC Gutierrez, M. Hilty,

PC Hopewell и PM Small. 2006. Вариабельная совместимость патоген-хозяин

в Mycobacterium tuberculosis.Proc. Natl. Акад. Sci. США 103: 2869–2873.

14. Гагнё С. и П. М. Смолл. 2007. Глобальная филогеография Mycobacte-

rium tuberculosis и значение для разработки противотуберкулезных препаратов.

Ланцетная инфекция. Дис. 7: 328–337.

15. Гольдштейн, Д. Б., А. Р. Линарес, Л. Л. Кавалли-Сфорца и М. В. Фельдман.

1995. Оценка генетических расстояний для использования с микросателлитными локусами.

Генетика 139: 463–471.

16. Гутакер, М.M., B. Mathema, H. Soini, E. Shashkina, B. N. Kreiswirth,

E. A. Graviss и J. M. Musser. 2006. Однонуклеотидный полиморфизм —

на основе популяционно-генетического анализа штаммов Mycobacterium tuberculosis

из 4 географических точек. J. Infect. Дис. 193: 121–128.

17. Gutierrez, M.C., S. Brisse, R. Brosch, M. Fabre, B. Omaıs, M. Marmiesse,

P. Supply, and V. Vincent. 2005. Древнее происхождение и генный мозаицизм предка

Mycobacterium tuberculosis.PLoS Pathog. 1: e5.

18. Хан, Х., Ф. Ван, Ю. Сяо, Ю. Рен, Ю. Чао, А. Го, Л. Е. 2007. Утилита

микобактериального типирования с вкраплениями повторяющихся единиц для дифференциации изолятов My-

cobacterium tuberculosis в Ухане, Китай. J. Med. Microbiol. 56:

1219–1223.

19. Хирш, А.Э., А.Г. Цолаки, К. ДеРимер, М.В. Фельдман и П.М. Смолл.

2004. Устойчивая ассоциация между штаммами Mycobacterium tuberculosis и

их популяциями-хозяевами — людьми.Proc. Natl. Акад. Sci. USA 101: 4871–4876.

20. Камербек, Дж., Л. Шоулс, А. Колк, М. ван Агтервельд, Д. ван Соолинген, С.

Куиджпер, А. Буншотен, Х. Молхёйзен, Р. Шоу, М. Гойал и J. van

Embden. 1997. Одновременное обнаружение и штаммовая дифференциация бактерий Myco-

туберкулеза для диагностики и эпидемиологии. J. Clin. Microbiol.

35: 907–914.

21. Кейм П., А. М. Клевицка, Л. Б. Прайс, Дж. М. Шупп, Г. Зинзер, К. Л.Smith,

М. Э. Хью-Джонс, Р. Окинака, К. К. Хилл и П. Дж. Джексон. 1999. Molec-

улярное разнообразие Bacillus anthracis. J. Appl. Microbiol. 87: 215–217.

22. Клевицка А. М., Л. Б. Прайс, Дж. М. Шупп, П. Л. Уоршам, Дж. Вонг и П.

Keim. 2001. Идентификация и характеристика тандемных

повторов с переменным числом в геноме Yersinia pestis. J. Clin. Microbiol. 39: 3179–3185.

23. Koeck, J.-L., B.-M. Ньянпоп-Лафуркад, С.Cade, E. Varon, L. Sangare, S.

Valjevac, G. Vergnaud и C. Pourcel. 2005. Оценка и отбор

тандемных повторов локусов для типирования штамма MLVA Streptococcus pneumoniae.

BMC Microbiol. 5:66.

24. Линдстедт Б.-А., Э. Хейр, Э. Гьернес и Г. Капперуд. 2003. ДНК-палец —

отпечаток Salmonella enterica subsp. enterica серовар Typhimurium с

акцентом на фаге типа DT104 на основе переменного числа тандемных повторов

локусов.J. Clin. Microbiol. 41: 1469–1479.

25. Loıez, C., E. Willery, J.-L. Легран, В. Винсент, М. К. Гутьеррес, Р. Дж.

,

Куркол и П. Снабжение. 2006. Несмотря ни на что: молекулярное подтверждение

неправдоподобного случая туберкулеза костей. Clin. Заразить. Дис. 42: e86 – e88.

26. Nei, M., F. Tajima, and Y. Tateno. 1983. Точность оцененных филогенетических

деревьев по молекулярным данным. II. Данные частоты генов. J. Mol. Evol. 19: 153–

170.

27.Ниманн, С., Д. Хармзен, С. Рюш-Гердес и Э. Рихтер. 2000. Дифференц-

оценка клинических изолятов комплекса Mycobacterium tuberculosis с помощью анализа полиморфизма последовательностей ДНК gyrB

. J. Clin. Microbiol. 38: 3231–3234.

28. Николаевский В., Гопаул К., Балабанова Ю., Браун Т., Федорин И., Ф.

Дробневский. 2006. Дифференциация штаммов туберкулеза в популяции

в основном из штаммов семейства Beijing. Emerg. Заразить. Дис. 12: 1406–1413.

29. Олеманн, М. К., Р. Диль, В. Ватин, В. Хаас, С. Рюш-Гердес, К. Лохт, С.

,

Ниманн и П. Сапплай. 2007. Оценка оптимизированной системы тандемно-повторяющегося типирования

микобактерий

в сочетании со сполиготипированием для популяционной молекулярной эпидемиологии

исследований туберкулеза. J. Clin. Microbiol. 45: 691–697.

30. Онтеньенте, Л., С. Брисс, П. Т. Тассиос и Г. Верно. 2003. Оценка

полиморфизмов, связанных с тандемными повторами, для типирования штамма Pseudomonas

aeruginosa.J. Clin. Microbiol. 41: 4991–4997.

31. Пурсель К., Й. Видгоп, Ф. Рамисс, Г. Верно и К. Трамвай. 2003. Char-

Актеризация полиморфизма тандемных повторов у Legionella pneumophila

и его использование для генотипирования. J. Clin. Microbiol. 41: 1819–1826.

32. Рид, М. Б., П. Доменек, К. Манка, Х. Су, А. К. Барчак, Б. Н. Крейсвирт,

Г. Каплан и К. Э. Барри III. 2004. Гликолипид гипервирулентного штамма клубня

, подавляющий врожденный иммунный ответ.Природа 431: 84–87.

33. Роринг, С., А. Н. Скотт, Р. Г. Хьюинсон, С. Д. Нил и Р. А. Скуче. 2004.

Оценка локусов тандемных повторов с переменным числом тандемных повторов (VNTR) при молекулярном типировании

изолятов Mycobacterium bovis из Ирландии. Вет. Microbiol. 101:

65–73.

34. Сайтоу Н. и М. Ней. 1987. Метод объединения соседей: новый метод

для реконструкции филогенетических деревьев. Мол. Биол. Evol. 4: 406–425.

35. Шрайвер, М. Д., L. Jin, E. Boerwinkle, R. Deka, R. E. Ferrell и R.

Chakraborty. 1995. Новая мера генетического расстояния для локусов тандемных повторов с высокой полиморфностью

. Мол. Биол. Evol. 12: 914–920.

36. Сокал Р. Р. и К. Д. Миченер. 1958. Статистический метод оценки

систематических взаимосвязей. Univ. Kansas Sci. Бык. 28: 1409–1438.

37. Sreevatsan, S., X. Pan, K. E. Stockbauer, N. D. Connell, B. N. Kreiswirth,

T. S. Whittam, and J.М. Мюссер. 1997. Ограниченный структурный полиморфизм гена

в комплексе Mycobacterium tuberculosis указывает на эволюционное

недавнее глобальное распространение. Proc. Natl. Акад. Sci. США 94: 9869–9874.

38. Supply, P., C. Allix, S. Lesjean, M. Cardoso-Oelemann, S. Ru¨sch-Gerdes, E.

Willery, E. Savine, P. de Haas, H. van Deutekom , S. Roring, P. Bifani, N.

Kurepina, B. Kreiswirth, C. Sola, N. Rastogi, V. Vatin, MC Gutierrez, M.

Fauville, S.Ниманн, Р. Скуче, К. Кремер, К. Лохт и Д. ван Сулинген.

2006. Предложение по стандартизации оптимизированных микобактерий с вкраплениями

повторяющихся тандемных повторяющихся единиц и переменных чисел для Mycobacterium tu-

berculosis. J. Clin. Microbiol. 44: 4498–4510.

39. Supply, P., S. Lesjean, E. Savine, K. Kremer, D. van Soolingen, and C.

Locht. 2001. Автоматизированное высокопроизводительное генотипирование для изучения глобальной эпидемиологии Mycobacterium tuberculosis

на основе микобактериальных интер-

повторяющихся единиц спермы.J. Clin. Microbiol. 39: 3563–3571.

40. Supply, P., J. Magdalena, S. Himpens, and C. Locht. 1997. Идентификация

новых межгенных повторяющихся единиц в микобактериальной двухкомпонентной системе

оперона. Мол. Microbiol. 26: 991–1003.

41. Supply, P., E. Mazars, S. Lesjean, V. Vincent, B. Gicquel, and C. Locht. 2000.

Вариабельные человеческие минисателлитные области в геноме Mycobacterium tuberculosis

. Мол. Microbiol. 36: 762–771.

42.Supply, P., R.M. Warren, A. L. Ban˜uls, S. Lesjean, G. D. van der Spuy, L.-A.

Льюис, М. Тибайренк, П. Д. ван Хелден и К. Локт. 2003. Равновесие сцепления

между минисателлитными локусами поддерживает клональную эволюцию Mycobac-

terium tuberculosis в зоне высокой заболеваемости туберкулезом. Мол. Microbiol.

47: 529–538.

43. Такезаки Н. и М. Ней. 2008. Эмпирические тесты надежности генетических деревьев phylo-

, построенных с использованием микросателлитной ДНК.Генетика 178: 385–392.

44. Танака М. М. и А. Р. Фрэнсис. 2006. Выявление новых штаммов туберкулеза

с помощью сполиготипов. Proc. Natl. Акад. Sci. USA 103: 15266–

15271.

45. van Embden, JDA, MD Cave, JT Crawford, JW Dale, KD

Eisenach, B. Gicquel, P. Hermans, C. Martin, R. McAdam, TM Shinnick ,

и PM Small. 1993. Идентификация штамма Mycobacterium tuberculosis с помощью ДНК-отпечатков

: рекомендации по стандартизированной методологии.

J. Clin. Microbiol. 31: 406–409.

46. Ван Сулинген, Д., К. Кремер и Э. Винницкий. 2003. Новые перспективы в

молекулярной эпидемиологии туберкулеза, с. 17–45. В С. Х. Э. Кауфманн

и Х. Хан (ред.), Микобактерии и туберкулез: вопросы инфекционных болезней, т.

2. Каргер, Берлин, Германия.

47. van Soolingen, D., L. Qian, P. E. W. de Haas, J. T. Douglas, H. Traore, F.

Portaels, H. Z. Qing, D. Enkhsaikan, P. Nymadawa, and J.D. A. van

Embden. 1995. Преобладание одного генотипа Mycobacterium tuber-

culosis в странах Восточной Азии. J. Clin. Microbiol. 33: 3234–3238.

48. Витол И., Дж. Дрисколл, Б. Крейсвирт, Н. Курепина и К. П. Беннетт. 2006.

Идентификация семейств штаммов комплекса Mycobacterium tuberculosis с использованием готипов spoli-

. Заразить. Genet. Evol. 6: 491–504.

49. Вада Т., С. Маэда, А. Хасе и К. Кобаяши. 2007. Оценка количества тандемных повторов

как молекулярных эпидемиологических маркеров микобактерии туберкулеза

в Японии.